Plants Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of plants only.

See also: hub accessassembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq ncbiGene xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base AGP
gap
all
gaps
assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
gap
Overlap
tandem
Dups
cpg
unmasked
cpg
island
1 A.eriantha eudicots (MHT-2021 2021)
GCF_019202715.1
71,407
(11.93 %)
n/a 23,883
(3.45 %)
59,407
(13.07 %)
n/a 35.65
(99.64 %)
0
(0 %)
710
(0.36 %)
88
(100.00 %)
430,287
(3.04 %)
350,721
(4.29 %)
3,875,064
(36.80 %)
0
(0 %)
297,935
(5.94 %)
27,794
(1.97 %)
14,196
(0.90 %)
2 adzuki bean (LongXiaoDou No.4 2021)
GCF_016808095.1
50,883
(11.85 %)
n/a 16,661
(3.75 %)
45,945
(15.40 %)
n/a 33.63
(100.00 %)
0
(0 %)
32
(0.00 %)
36
(100.00 %)
263,673
(3.52 %)
264,113
(5.18 %)
2,808,981
(37.65 %)
0
(0 %)
244,636
(6.82 %)
20,402
(2.60 %)
14,051
(1.55 %)
3 adzuki bean (Jingnong 6 2015)
GCF_001190045.1
40,475
(10.62 %)
n/a 16,697
(3.71 %)
47,542
(15.07 %)
n/a 34.07
(96.37 %)
21,264
(3.63 %)
21,264
(3.63 %)
58,639
(96.37 %)
257,290
(4.08 %)
239,596
(6.43 %)
2,925,469
(36.04 %)
202
(0.09 %)
250,517
(6.42 %)
24,461
(2.99 %)
14,539
(1.51 %)
4 African boxthorn (CSIRO_LF1 2023)
GCF_029784015.1
54,359
(4.64 %)
n/a 16,693
(1.34 %)
75,114
(9.09 %)
n/a 37.42
(99.88 %)
0
(0 %)
15,111
(0.12 %)
14,905
(100.00 %)
668,488
(2.42 %)
511,720
(3.29 %)
8,110,750
(42.79 %)
2
(0.00 %)
942,647
(9.28 %)
50,821
(2.66 %)
18,184
(0.72 %)
5 African oil palm
GCF_000442705.1
51,575
(5.06 %)
n/a 16,948
(1.48 %)
76,464
(9.29 %)
n/a 37.21
(68.90 %)
162,407
(31.14 %)
166,490
(31.14 %)
202,468
(68.86 %)
580,361
(3.63 %)
445,124
(2.25 %)
5,831,606
(30.77 %)
2,228
(0.10 %)
282,030
(1.50 %)
75,576
(3.67 %)
31,746
(0.99 %)
6 African rice (2021)
GCF_000147395.1
43,755
(15.95 %)
n/a 16,224
(4.82 %)
51,031
(25.64 %)
n/a 42.87
(100.00 %)
13
(0.00 %)
21
(0.00 %)
73
(100.00 %)
178,763
(2.60 %)
125,689
(4.18 %)
1,761,585
(30.96 %)
1
(0.00 %)
127,354
(3.72 %)
60,891
(21.37 %)
40,209
(7.27 %)
7 algarrobo blanco
GCF_004799145.1
62,791
(10.08 %)
n/a 25,423
(3.34 %)
69,507
(14.55 %)
n/a 34.31
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 6,087
(100.00 %)
367,402
(2.31 %)
175,862
(2.27 %)
4,241,058
(38.29 %)
0
(0 %)
289,448
(4.63 %)
18,927
(1.15 %)
12,774
(0.78 %)
8 almond
GCF_902201215.1
37,363
(19.64 %)
n/a 14,509
(6.35 %)
33,193
(24.70 %)
n/a 37.65
(98.29 %)
1,008
(0.04 %)
6,531
(1.72 %)
1,700
(99.96 %)
137,974
(2.59 %)
100,386
(3.92 %)
1,251,126
(26.07 %)
7
(0.00 %)
114,850
(6.39 %)
10,893
(2.94 %)
5,266
(1.06 %)
9 annual mercury (primary hap 2022)
GCF_937616625.2
44,356
(10.99 %)
n/a 13,620
(2.91 %)
37,334
(14.26 %)
n/a 33.91
(100.00 %)
0
(0 %)
15
(0.00 %)
63
(100.00 %)
201,121
(2.22 %)
661,096
(20.12 %)
2,185,025
(50.59 %)
0
(0 %)
1,165,065
(19.31 %)
9,024
(2.18 %)
5,406
(0.45 %)
10 annual ryegrass (FL_2022 2022)
GCF_022539505.1
73,172
(3.41 %)
n/a 26,626
(1.10 %)
228,260
(15.00 %)
n/a 44.76
(99.87 %)
0
(0 %)
31,919
(0.13 %)
1,764
(100.00 %)
639,429
(1.31 %)
739,566
(3.57 %)
6,976,583
(59.37 %)
20
(0.00 %)
2,938,091
(54.45 %)
560,429
(28.70 %)
234,787
(7.24 %)
11 annual mercury (primary hap 2022)
GCF_937616625.1
47,801
(11.07 %)
n/a 13,620
(2.91 %)
37,334
(14.26 %)
n/a 33.91
(100.00 %)
0
(0 %)
15
(0.00 %)
63
(100.00 %)
201,121
(2.22 %)
661,096
(20.12 %)
2,185,025
(50.59 %)
0
(0 %)
1,165,065
(19.31 %)
9,024
(2.18 %)
5,406
(0.45 %)
12 apple (Golden Delicious X9273 #13 2017 refseq)
GCF_002114115.1
64,918
(11.39 %)
n/a 22,530
(3.52 %)
67,146
(16.22 %)
n/a 38.04
(88.96 %)
0
(0 %)
7,264
(11.05 %)
807
(100.00 %)
692,611
(50.77 %)
322,556
(4.41 %)
3,055,836
(35.69 %)
2
(0.00 %)
451,438
(6.86 %)
25,923
(1.76 %)
13,929
(0.88 %)
13 Asian cultivated rice (Carolina Gold Select 2019)
GCA_004007595.1
n/a 68,732
(13.79 %)
16,583
(4.58 %)
55,248
(25.46 %)
n/a 43.36
(99.98 %)
0
(0 %)
696
(0.02 %)
615
(100.00 %)
495,126
(50.28 %)
124,567
(3.20 %)
1,922,072
(32.59 %)
0
(0 %)
155,586
(4.21 %)
65,220
(23.87 %)
41,812
(7.56 %)
14 Barbados nut
GCF_014843425.1
33,622
(13.80 %)
n/a 12,687
(4.63 %)
26,511
(14.56 %)
n/a 33.40
(99.60 %)
0
(0 %)
2,151
(0.40 %)
1,232
(100.00 %)
281,490
(24.82 %)
186,260
(5.65 %)
2,028,357
(33.33 %)
0
(0 %)
87,723
(3.18 %)
8,868
(1.38 %)
5,253
(0.75 %)
15 barrel medic (A17 2014)
GCF_000219495.3
48,865
(15.69 %)
n/a 16,549
(3.99 %)
40,316
(15.41 %)
n/a 33.14
(94.48 %)
5,840
(5.53 %)
8,785
(5.53 %)
8,027
(94.47 %)
366,709
(22.34 %)
146,748
(2.80 %)
2,549,499
(32.46 %)
216
(0.08 %)
147,910
(5.33 %)
3,695
(0.65 %)
2,696
(0.57 %)
16 barrel medic (HM340 2017)
GCA_002024945.1
n/a n/a 16,672
(3.96 %)
40,032
(15.19 %)
n/a 33.05
(99.32 %)
0
(0 %)
107
(0.68 %)
909
(100.00 %)
381,065
(23.82 %)
162,402
(3.97 %)
2,490,028
(35.39 %)
0
(0 %)
206,427
(6.09 %)
3,335
(0.34 %)
2,111
(0.22 %)
17 barrel medic (2018)
GCF_003473485.1
50,905
(14.29 %)
n/a 16,712
(3.68 %)
41,041
(14.51 %)
n/a 33.43
(99.87 %)
0
(0 %)
22
(0.13 %)
42
(100.00 %)
393,909
(27.89 %)
175,427
(3.92 %)
2,532,494
(37.64 %)
0
(0 %)
222,154
(8.04 %)
3,384
(0.27 %)
2,085
(0.17 %)
18 bay (USA: Berkeley CA var. californica CCGP_DODD_UMBCAL_S1 alternate hap 2023)
GCA_028538565.1
n/a n/a 15,063
(1.43 %)
65,125
(11.47 %)
n/a 40.34
(100.00 %)
0
(0 %)
39
(0.00 %)
197
(100.00 %)
735,552
(11.30 %)
567,295
(6.87 %)
4,176,675
(45.56 %)
2
(0.00 %)
714,025
(8.90 %)
66,834
(4.90 %)
12,024
(0.59 %)
19 bay (USA: Berkeley CA var. californica CCGP_DODD_UMBCAL_S1 primary hap 2023)
GCA_028534965.1
n/a n/a 15,223
(1.43 %)
65,769
(11.33 %)
n/a 40.37
(100.00 %)
0
(0 %)
36
(0.00 %)
303
(100.00 %)
744,623
(11.37 %)
571,691
(7.15 %)
4,217,655
(45.87 %)
2
(0.00 %)
721,040
(8.85 %)
68,566
(4.96 %)
12,157
(0.60 %)
20 beet (v1 EL10 2021 USDA)
GCF_002917755.1
47,718
(9.45 %)
n/a 11,911
(2.04 %)
50,202
(16.78 %)
n/a 35.86
(99.99 %)
0
(0 %)
323
(0.01 %)
42
(100.00 %)
294,768
(3.41 %)
341,699
(6.22 %)
2,932,896
(35.20 %)
0
(0 %)
362,295
(7.68 %)
25,364
(1.79 %)
12,364
(0.80 %)
21 beet (v2 EL10 2022 USDA)
GCF_026745355.1
45,481
(9.22 %)
n/a 11,850
(2.05 %)
49,071
(15.89 %)
n/a 35.85
(94.03 %)
0
(0 %)
3,200
(5.97 %)
20
(100.00 %)
290,870
(3.40 %)
336,343
(5.76 %)
2,901,079
(33.21 %)
0
(0 %)
391,673
(6.85 %)
25,108
(1.67 %)
12,259
(0.75 %)
22 bell pepper eudicots (UCD-10X-F1 2018)
GCF_002878395.1
70,848
(2.17 %)
n/a 15,922
(0.50 %)
69,601
(2.75 %)
n/a 34.91
(97.27 %)
0
(0 %)
52,577
(2.73 %)
81,202
(100.00 %)
1,192,132
(1.94 %)
1,097,384
(4.12 %)
23,393,622
(47.64 %)
4,061
(0.30 %)
1,575,258
(3.88 %)
19,517
(0.21 %)
5,887
(0.07 %)
23 bigberry manzanita (GLNDR_RDG_Rd-6 alternate hap 2021)
GCA_019985075.1
n/a n/a 13,887
(2.34 %)
44,507
(14.12 %)
n/a 37.97
(100.00 %)
0
(0 %)
120
(0.00 %)
2,350
(100.00 %)
250,361
(2.10 %)
231,118
(13.56 %)
2,049,366
(44.58 %)
8
(0.00 %)
541,706
(10.86 %)
22,527
(6.34 %)
9,698
(0.77 %)
24 bigberry manzanita (GLNDR_RDG_Rd-6 primary hap 2022)
GCA_019985065.2
n/a n/a 15,102
(2.62 %)
47,553
(15.64 %)
n/a 38.11
(100.00 %)
0
(0 %)
82
(0.00 %)
272
(100.00 %)
257,066
(2.22 %)
226,514
(14.63 %)
2,470,334
(38.37 %)
0
(0 %)
402,921
(8.45 %)
21,415
(5.59 %)
9,843
(0.72 %)
25 birdsfoot trefoil (B-129 2022)
GCF_012489685.1
57,539
(11.82 %)
n/a 16,919
(2.98 %)
64,687
(19.59 %)
n/a 38.05
(99.97 %)
0
(0 %)
1,625
(0.04 %)
65
(100.00 %)
236,645
(2.13 %)
205,150
(5.19 %)
2,202,942
(41.60 %)
8
(0.00 %)
405,251
(12.94 %)
32,283
(3.44 %)
14,923
(1.36 %)
26 bitter melon
GCF_001995035.1
31,725
(13.80 %)
n/a 12,858
(4.62 %)
30,539
(16.85 %)
n/a 34.58
(92.32 %)
0
(0 %)
109,310
(7.74 %)
1,052
(100.00 %)
162,837
(2.82 %)
89,571
(2.03 %)
1,951,167
(30.96 %)
511
(0.13 %)
50,890
(1.69 %)
14,100
(2.00 %)
10,345
(1.39 %)
27 black cottonwood (Ptri.A.LA.226.w1 alternate hap 2023)
GCA_028534865.1
n/a n/a 20,077
(4.66 %)
43,061
(17.16 %)
n/a 34.80
(100.00 %)
0
(0 %)
33
(0.00 %)
338
(100.00 %)
267,110
(2.88 %)
173,502
(6.32 %)
2,366,759
(39.61 %)
0
(0 %)
279,214
(8.59 %)
5,093
(4.11 %)
1,729
(0.14 %)
28 black cottonwood (Ptri.A.LA.226.w1 primary hap 2023)
GCA_028534895.1
n/a n/a 19,804
(4.58 %)
42,642
(17.03 %)
n/a 34.85
(100.00 %)
0
(0 %)
26
(0.00 %)
132
(100.00 %)
265,925
(2.85 %)
174,688
(6.70 %)
2,359,101
(40.07 %)
1
(0.00 %)
298,817
(9.06 %)
4,963
(4.10 %)
1,643
(0.13 %)
29 black cottonwood (v4.1 Nisqually-1 2022)
GCF_000002775.5
59,542
(15.92 %)
n/a 19,969
(4.99 %)
41,581
(16.22 %)
n/a 33.75
(99.85 %)
59
(0.15 %)
59
(0.15 %)
106
(99.85 %)
257,833
(2.91 %)
156,371
(4.50 %)
2,423,627
(36.28 %)
0
(0 %)
202,186
(5.63 %)
3,761
(0.66 %)
1,701
(0.17 %)
30 black tea
GCF_004153795.1
101,253
(3.17 %)
n/a 20,982
(0.66 %)
156,999
(7.69 %)
n/a 37.85
(92.12 %)
0
(0 %)
79,329
(7.89 %)
14,028
(100.00 %)
1,926,995
(3.23 %)
2,024,420
(8.06 %)
17,959,098
(50.75 %)
6
(0.00 %)
3,231,864
(10.09 %)
181,027
(2.79 %)
29,897
(0.36 %)
31 blue lilly pilly tree (NSW1041296 2022)
GCF_021117445.2
46,173
(12.87 %)
n/a 15,187
(3.49 %)
50,585
(20.61 %)
n/a 40.95
(100.00 %)
0
(0 %)
13
(0.00 %)
72
(100.00 %)
494,434
(48.54 %)
220,571
(4.98 %)
1,866,530
(29.09 %)
0
(0 %)
302,589
(7.56 %)
59,325
(10.76 %)
28,053
(3.71 %)
32 bread wheat (Chinese Spring 2020)
GCA_002220415.3
n/a 138,090
(1.09 %)
46,431
(0.31 %)
805,204
(7.93 %)
n/a 46.09
(99.87 %)
0
(0 %)
211,982
(0.14 %)
70,316
(100.00 %)
9,191,325
(44.14 %)
5,086,953
(4.53 %)
282,298
(99.86 %)
316
(0.00 %)
19,425,363
(15.62 %)
3,241,124
(28.06 %)
2,065,976
(13.12 %)
33 bread wheat (Fielder 2021)
GCA_907166925.1
n/a n/a n/a 773,766
(8.20 %)
n/a 46.05
(100.00 %)
0
(0 %)
1,407
(0.00 %)
3,795
(100.00 %)
8,703,192
(44.57 %)
4,569,103
(5.20 %)
5,202
(100.00 %)
12
(0.00 %)
n/a 3,001,896
(28.00 %)
0
(0.00 %)
34 bread wheat (Chinese Spring 2021, UC Davis)
GCF_018294505.1
221,449
(1.62 %)
n/a n/a 763,380
(8.08 %)
n/a 46.14
(98.27 %)
0
(0 %)
214,799
(1.73 %)
91,589
(100.00 %)
8,660,189
(44.94 %)
4,402,049
(3.94 %)
306,386
(98.27 %)
434
(0.02 %)
17,440,813
(14.18 %)
3,040,030
(27.48 %)
0
(0.00 %)
35 cacao
GCF_000208745.1
34,727
(13.67 %)
n/a 14,294
(4.65 %)
29,216
(14.38 %)
n/a 34.09
(94.31 %)
0
(0 %)
11,787
(5.70 %)
431
(100.00 %)
206,049
(15.64 %)
99,229
(2.66 %)
1,933,579
(33.24 %)
175
(0.02 %)
138,327
(4.02 %)
2,964
(0.34 %)
2,376
(0.27 %)
36 California black walnut (Jcal.S.LA.6 alternate hap 2022)
GCA_023349545.1
n/a n/a 18,729
(3.22 %)
57,374
(16.70 %)
n/a 36.81
(100.00 %)
0
(0 %)
78
(0.00 %)
915
(100.00 %)
421,731
(3.42 %)
300,957
(5.54 %)
2,794,242
(34.11 %)
1
(0.00 %)
264,077
(5.33 %)
25,348
(3.39 %)
12,668
(0.88 %)
37 California black walnut (Jcal.S.LA.6 primary hap 2022)
GCA_023349395.1
n/a n/a 18,579
(3.26 %)
56,295
(16.71 %)
n/a 36.92
(100.00 %)
0
(0 %)
11
(0.00 %)
138
(100.00 %)
414,129
(3.48 %)
293,951
(5.95 %)
3,055,420
(34.96 %)
0
(0 %)
267,374
(5.36 %)
24,749
(4.05 %)
12,091
(0.87 %)
38 California scrub oak (Qber.S.LA.60 alternate hap 2023)
GCA_028535905.1
n/a n/a 16,153
(1.86 %)
68,653
(14.03 %)
n/a 35.79
(100.00 %)
0
(0 %)
43
(0.00 %)
807
(100.00 %)
783,798
(4.17 %)
456,025
(10.87 %)
4,951,918
(40.76 %)
2
(0.00 %)
725,680
(8.19 %)
21,783
(2.16 %)
9,330
(0.43 %)
39 California scrub oak (Qber.S.LA.60 primary hap 2023)
GCA_028535815.1
n/a n/a 15,836
(1.90 %)
66,803
(13.99 %)
n/a 35.77
(100.00 %)
0
(0 %)
32
(0.00 %)
283
(100.00 %)
762,029
(4.24 %)
448,099
(10.97 %)
4,784,968
(41.07 %)
0
(0 %)
695,512
(8.10 %)
20,384
(2.28 %)
8,472
(0.39 %)
40 Cannabis sativa (Harvard OEB 2019)
GCF_900626175.2
39,696
(6.07 %)
n/a 13,883
(1.80 %)
50,556
(11.19 %)
n/a 33.51
(84.07 %)
843
(15.93 %)
843
(15.93 %)
1,052
(84.07 %)
496,648
(3.63 %)
258,281
(2.28 %)
3,594,433
(47.71 %)
1
(0.00 %)
755,100
(9.25 %)
22,750
(1.69 %)
7,799
(0.33 %)
41 Cannabis sativa (Cannatonic 2016)
GCA_001865755.1
n/a n/a 10,725
(1.71 %)
41,537
(11.41 %)
n/a 33.68
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 11,110
(100.00 %)
396,112
(4.11 %)
221,932
(3.23 %)
2,389,229
(59.21 %)
0
(0 %)
623,084
(13.50 %)
17,045
(1.23 %)
4,584
(0.35 %)
42 Cannabis sativa (Jamaican Lion DASH 2019)
GCA_003660325.2
n/a n/a 24,975
(1.79 %)
113,252
(15.69 %)
n/a 34.00
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 3,372
(100.00 %)
936,351
(4.13 %)
520,230
(3.65 %)
5,183,602
(58.66 %)
0
(0 %)
1,449,890
(14.90 %)
47,327
(1.58 %)
8,921
(0.24 %)
43 capsicum (Zunla-1 2015 refseq)
GCF_000710875.1
57,769
(2.07 %)
n/a 16,114
(0.55 %)
62,579
(2.93 %)
n/a 34.94
(96.78 %)
107,172
(3.23 %)
107,172
(3.23 %)
108,799
(96.77 %)
968,939
(3.15 %)
948,741
(4.39 %)
21,535,213
(46.15 %)
331
(0.03 %)
1,512,422
(5.05 %)
16,685
(0.21 %)
5,036
(0.06 %)
44 carrot
GCF_001625215.1
51,773
(15.95 %)
n/a 16,649
(3.96 %)
50,187
(20.50 %)
n/a 34.79
(91.77 %)
0
(0 %)
26,112
(8.24 %)
4,826
(100.00 %)
179,630
(2.41 %)
166,060
(4.97 %)
1,981,148
(31.51 %)
1,240
(0.20 %)
243,624
(9.01 %)
8,564
(0.85 %)
5,080
(0.52 %)
45 cassava (v8 AM560-2 2021 DOE)
GCF_001659605.2
56,386
(9.38 %)
n/a 18,790
(2.86 %)
49,944
(11.73 %)
n/a 37.52
(99.61 %)
672
(0.39 %)
672
(0.39 %)
758
(99.61 %)
377,964
(3.52 %)
356,023
(4.79 %)
2,560,255
(56.85 %)
5
(0.00 %)
693,966
(16.79 %)
52,506
(2.50 %)
5,169
(0.28 %)
46 castor bean (Hale 2011 JCVI)
GCF_000151685.1
33,377
(11.52 %)
n/a 13,874
(4.00 %)
33,656
(13.67 %)
n/a 33.84
(96.11 %)
23,305
(3.90 %)
23,313
(3.90 %)
49,406
(96.10 %)
207,850
(3.52 %)
166,467
(10.85 %)
1,676,921
(43.19 %)
41
(0.02 %)
430,309
(7.84 %)
12,838
(2.54 %)
5,339
(1.40 %)
47 castor bean (wild-type WT05 2021)
GCF_019578655.1
39,358
(13.36 %)
n/a 13,841
(4.31 %)
29,805
(14.24 %)
n/a 33.03
(99.95 %)
0
(0 %)
331
(0.05 %)
140
(100.00 %)
205,974
(3.02 %)
128,354
(6.37 %)
1,998,066
(39.24 %)
0
(0 %)
259,147
(6.26 %)
7,216
(0.99 %)
2,812
(0.36 %)
48 chia eudicots (TCC Black 2014 2022)
GCF_023119035.1
53,262
(17.46 %)
n/a 17,642
(4.97 %)
49,474
(23.85 %)
n/a 36.14
(99.81 %)
0
(0 %)
3,756
(0.19 %)
1,556
(100.00 %)
156,083
(2.30 %)
128,904
(3.10 %)
2,112,137
(31.93 %)
71
(0.02 %)
137,558
(5.10 %)
31,157
(5.92 %)
23,418
(3.74 %)
49 chickpea
GCF_000331145.1
41,971
(9.82 %)
n/a 15,685
(3.16 %)
30,411
(8.82 %)
n/a 31.04
(90.95 %)
31,897
(9.07 %)
31,897
(9.07 %)
39,024
(90.93 %)
339,564
(10.51 %)
318,439
(11.48 %)
2,929,750
(43.82 %)
304
(0.08 %)
536,078
(8.47 %)
3,488
(0.28 %)
2,503
(0.18 %)
50 China rose (Old Blush v2 2019)
GCF_002994745.2
66,337
(12.31 %)
n/a 15,432
(2.83 %)
67,569
(21.71 %)
n/a 38.83
(100.00 %)
0
(0 %)
33
(0.00 %)
53
(100.00 %)
275,878
(2.26 %)
229,333
(3.98 %)
2,244,200
(35.17 %)
0
(0 %)
277,187
(7.19 %)
37,317
(4.17 %)
22,646
(1.74 %)
51 Chinese keys (BR_CEBAR01 2022)
GCA_024364735.1
n/a n/a 23,898
(0.89 %)
138,156
(8.52 %)
n/a 40.10
(96.58 %)
25,154
(3.42 %)
25,154
(3.42 %)
35,781
(96.58 %)
829,613
(1.78 %)
1,793,985
(6.94 %)
8,707,237
(62.53 %)
41
(0.01 %)
2,679,318
(12.88 %)
317,707
(8.50 %)
99,451
(2.46 %)
52 Chinese white pear (Dangshansuli 2012)
GCF_000315295.1
54,029
(12.78 %)
n/a 22,400
(4.38 %)
57,140
(17.42 %)
n/a 37.29
(97.86 %)
24,384
(2.15 %)
24,384
(2.15 %)
26,566
(97.85 %)
368,808
(18.26 %)
218,013
(4.36 %)
2,456,496
(34.15 %)
105
(0.03 %)
322,129
(7.53 %)
18,367
(1.88 %)
11,851
(1.15 %)
53 Chinese white pear (Hongxiangsu 2021)
GCF_019419815.1
62,514
(13.83 %)
n/a 22,289
(4.29 %)
57,502
(17.16 %)
n/a 37.35
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 452
(100.00 %)
290,077
(2.40 %)
209,363
(3.56 %)
2,519,627
(35.77 %)
0
(0 %)
352,108
(8.82 %)
19,299
(1.84 %)
11,854
(1.08 %)
54 clementine
GCF_000493195.1
36,454
(14.29 %)
n/a 14,126
(4.66 %)
32,820
(18.34 %)
n/a 34.96
(97.94 %)
7,564
(2.07 %)
7,564
(2.07 %)
8,962
(97.93 %)
178,443
(2.76 %)
104,853
(5.57 %)
1,933,079
(33.91 %)
29
(0.01 %)
205,572
(6.24 %)
7,930
(3.80 %)
4,793
(0.70 %)
55 climbing nightshade (primary hap 2022)
GCF_947179165.1
44,646
(5.40 %)
n/a 15,784
(1.70 %)
48,875
(7.66 %)
n/a 35.83
(100.00 %)
0
(0 %)
38
(0.00 %)
105
(100.00 %)
347,467
(1.98 %)
290,488
(4.50 %)
6,293,084
(43.53 %)
0
(0 %)
770,795
(8.60 %)
8,929
(0.83 %)
2,434
(0.09 %)
56 club-mosses (2010)
GCF_000143415.4
49,382
(28.03 %)
n/a 11,312
(4.28 %)
36,277
(36.82 %)
n/a 45.22
(98.15 %)
4,395
(1.86 %)
4,395
(1.86 %)
5,152
(98.14 %)
138,958
(36.90 %)
77,054
(2.71 %)
802,227
(32.19 %)
8
(0.01 %)
146,035
(8.10 %)
34,479
(27.80 %)
23,866
(22.56 %)
57 club-mosses (Aurea 2015)
GCA_001021135.1
n/a n/a 6,316
(4.02 %)
55,013
(41.57 %)
n/a 44.70
(99.81 %)
351
(0.00 %)
351
(0.00 %)
106,265
(100.00 %)
29,218
(1.24 %)
29,377
(1.67 %)
480,195
(13.66 %)
1
(0.00 %)
n/a 19,392
(13.60 %)
14,620
(8.38 %)
58 coffee C.arabica
GCF_003713225.1
80,738
(8.03 %)
n/a 23,574
(2.02 %)
85,662
(13.32 %)
n/a 36.94
(99.79 %)
0
(0 %)
691
(0.21 %)
2,833
(100.00 %)
501,414
(2.11 %)
386,209
(3.95 %)
5,652,743
(41.66 %)
0
(0 %)
1,077,929
(15.36 %)
36,398
(1.62 %)
13,210
(0.76 %)
59 coffee C.eugenioides
GCF_003713205.1
43,829
(7.69 %)
n/a 14,911
(2.02 %)
57,408
(14.42 %)
n/a 36.89
(97.92 %)
0
(0 %)
3,482
(2.08 %)
3,530
(100.00 %)
312,360
(2.09 %)
234,658
(3.24 %)
3,464,594
(38.91 %)
5
(0.00 %)
573,244
(14.34 %)
21,553
(1.54 %)
8,893
(0.82 %)
60 common bean
GCF_000499845.1
32,720
(9.56 %)
n/a 16,474
(3.53 %)
45,055
(14.46 %)
n/a 34.96
(90.70 %)
40,860
(9.33 %)
40,860
(9.33 %)
41,568
(90.67 %)
233,709
(2.97 %)
208,045
(3.61 %)
2,886,693
(37.28 %)
77
(0.03 %)
225,586
(4.20 %)
38,054
(5.05 %)
10,671
(0.95 %)
61 common jujube (Dongzao 2015)
GCF_000826755.1
49,976
(13.24 %)
n/a 16,949
(3.79 %)
38,488
(13.47 %)
n/a 33.40
(95.35 %)
24,158
(4.67 %)
24,158
(4.67 %)
28,947
(95.33 %)
525,525
(5.37 %)
246,475
(5.25 %)
2,603,240
(38.46 %)
78
(0.04 %)
256,779
(9.85 %)
13,597
(2.11 %)
5,462
(1.04 %)
62 common jujube (AT0 2021)
GCF_020796205.1
49,622
(12.72 %)
n/a 14,929
(3.58 %)
32,981
(12.20 %)
n/a 33.07
(99.99 %)
0
(0 %)
381
(0.01 %)
538
(100.00 %)
525,520
(5.43 %)
225,151
(3.91 %)
2,463,587
(42.86 %)
0
(0 %)
240,039
(5.90 %)
13,018
(1.79 %)
4,271
(0.48 %)
63 common sunflower
GCF_002127325.2
133,319
(3.74 %)
n/a 19,514
(0.59 %)
166,187
(9.16 %)
n/a 38.59
(97.94 %)
0
(0 %)
2,384
(2.06 %)
334
(100.00 %)
1,263,836
(2.20 %)
1,549,598
(4.15 %)
12,728,097
(58.39 %)
0
(0 %)
3,080,461
(20.20 %)
170,287
(2.39 %)
34,569
(0.41 %)
64 common tobacco
GCF_000715135.1
100,805
(3.09 %)
n/a 29,968
(0.80 %)
184,998
(7.05 %)
n/a 38.95
(97.11 %)
124,354
(2.89 %)
292,325
(2.90 %)
292,601
(97.11 %)
1,134,202
(3.09 %)
1,268,208
(4.45 %)
24,013,710
(52.08 %)
127
(0.00 %)
2,554,031
(5.85 %)
204,914
(1.84 %)
31,402
(0.30 %)
65 cork oak (v2 HL8 2018)
GCF_002906115.2
53,587
(7.04 %)
n/a 17,804
(1.85 %)
77,741
(13.65 %)
n/a 35.35
(97.95 %)
0
(0 %)
25,649
(2.05 %)
22,642
(100.00 %)
860,049
(3.78 %)
485,854
(6.14 %)
5,989,180
(36.35 %)
218
(0.02 %)
685,954
(9.84 %)
20,674
(1.12 %)
10,386
(0.56 %)
66 cotton G.hirsutum (BGI 2015)
GCF_000987745.1
112,410
(5.51 %)
n/a 35,047
(1.61 %)
101,814
(6.75 %)
n/a 34.45
(97.16 %)
48,736
(2.84 %)
48,742
(2.84 %)
57,884
(97.16 %)
829,774
(2.69 %)
808,839
(3.64 %)
12,556,104
(52.01 %)
202
(0.01 %)
1,489,112
(8.44 %)
31,946
(0.61 %)
9,983
(0.20 %)
67 cotton G.hirsutum (HudsonAlpha 2021)
GCF_007990345.1
154,180
(6.02 %)
n/a 37,839
(1.61 %)
107,764
(6.56 %)
n/a 34.36
(99.87 %)
5,708
(0.13 %)
5,708
(0.13 %)
6,735
(99.87 %)
996,701
(2.36 %)
903,817
(3.56 %)
13,123,355
(54.75 %)
6
(0.00 %)
2,053,660
(12.23 %)
35,220
(0.59 %)
11,349
(0.19 %)
68 cotton G.raimondii
GCF_000327365.1
72,590
(8.99 %)
n/a 20,368
(2.64 %)
86,941
(18.36 %)
n/a 33.22
(98.25 %)
19,717
(1.76 %)
19,717
(1.76 %)
20,751
(98.24 %)
367,610
(3.53 %)
300,200
(3.32 %)
5,199,574
(40.83 %)
36
(0.01 %)
386,729
(4.92 %)
10,926
(0.55 %)
5,495
(0.26 %)
69 cowpea (IT97K-499-35 v2 2019)
GCF_004118075.2
48,519
(10.54 %)
n/a 16,925
(3.30 %)
44,689
(13.01 %)
n/a 32.95
(99.48 %)
0
(0 %)
68
(0.52 %)
676
(100.00 %)
344,688
(3.92 %)
283,941
(8.14 %)
3,091,888
(41.66 %)
1
(0.00 %)
420,714
(7.57 %)
24,507
(2.34 %)
11,817
(1.10 %)
70 crookneck pumpkin
GCF_002738365.1
49,636
(19.79 %)
n/a 18,863
(6.83 %)
34,588
(19.24 %)
n/a 36.43
(97.43 %)
0
(0 %)
13,813
(2.58 %)
3,500
(100.00 %)
181,838
(3.12 %)
140,936
(7.42 %)
1,550,544
(33.30 %)
519
(0.13 %)
210,153
(7.41 %)
13,714
(2.69 %)
9,612
(1.52 %)
71 cucumber
GCF_000004075.3
37,079
(18.45 %)
n/a 13,349
(5.61 %)
23,889
(15.73 %)
n/a 32.84
(99.98 %)
0
(0 %)
89
(0.02 %)
88
(100.00 %)
158,454
(3.72 %)
77,247
(3.20 %)
1,739,467
(33.72 %)
0
(0 %)
67,519
(3.18 %)
5,730
(1.35 %)
4,446
(0.78 %)
72 damask rose (2016)
GCA_001662545.1
n/a n/a 16,060
(1.87 %)
117,610
(18.87 %)
n/a 38.73
(97.06 %)
101,982
(2.91 %)
101,982
(2.91 %)
409,854
(97.09 %)
329,911
(1.95 %)
258,478
(2.82 %)
3,747,902
(31.42 %)
54
(0.00 %)
n/a 48,987
(3.05 %)
30,432
(1.60 %)
73 date palm (Barhee BC4 2019)
GCF_009389715.1
61,678
(8.40 %)
n/a 18,582
(2.20 %)
70,121
(14.29 %)
n/a 40.29
(100.00 %)
0
(0 %)
317
(0.00 %)
2,391
(100.00 %)
431,923
(8.92 %)
371,389
(4.19 %)
2,721,501
(44.16 %)
0
(0 %)
589,858
(11.41 %)
89,481
(12.47 %)
43,324
(3.17 %)
74 date palm (Khalas 2013)
GCF_000413155.1
48,949
(10.55 %)
n/a 16,697
(2.99 %)
64,523
(16.24 %)
n/a 39.33
(91.22 %)
63,065
(8.79 %)
64,723
(8.79 %)
143,382
(91.21 %)
284,003
(7.58 %)
185,641
(2.23 %)
2,574,645
(27.52 %)
1,389
(0.09 %)
103,949
(2.07 %)
62,332
(7.21 %)
34,074
(3.23 %)
75 date-plum (Yz01 2020)
GCF_014633365.1
48,204
(8.04 %)
n/a 15,110
(2.28 %)
57,536
(14.48 %)
n/a 36.57
(99.99 %)
0
(0 %)
606
(0.01 %)
43
(100.00 %)
445,970
(3.39 %)
319,468
(5.39 %)
3,687,072
(36.31 %)
0
(0 %)
392,987
(6.21 %)
41,402
(3.02 %)
25,722
(1.62 %)
76 domesticated barley (H.vulgare 2021 refseq)
GCF_904849725.1
63,294
(1.67 %)
n/a 17,849
(0.43 %)
260,921
(9.04 %)
n/a 44.46
(99.97 %)
0
(0 %)
162
(0.03 %)
291
(100.00 %)
2,720,197
(55.13 %)
1,726,335
(5.40 %)
14,010,390
(72.58 %)
0
(0 %)
5,823,234
(14.08 %)
732,834
(17.24 %)
271,782
(4.92 %)
77 durian
GCF_002303985.1
68,467
(10.35 %)
n/a 24,627
(3.34 %)
48,130
(9.41 %)
n/a 32.64
(99.58 %)
0
(0 %)
3,044
(0.43 %)
677
(100.00 %)
490,482
(3.80 %)
509,842
(12.92 %)
4,397,155
(48.22 %)
4
(0.00 %)
1,062,720
(8.92 %)
56,957
(6.23 %)
3,948
(0.21 %)
78 eggplant (2014)
GCA_000787875.1
n/a n/a 15,481
(1.92 %)
48,974
(7.98 %)
n/a 35.72
(95.30 %)
109,175
(4.75 %)
118,249
(4.75 %)
143,048
(95.25 %)
317,711
(2.21 %)
307,772
(4.55 %)
6,006,653
(38.61 %)
139
(0.00 %)
405,018
(4.41 %)
7,570
(0.50 %)
3,023
(0.14 %)
79 English oak (primary hap 2022)
GCF_932294415.1
69,123
(8.58 %)
n/a 15,792
(1.92 %)
66,872
(14.31 %)
n/a 35.68
(100.00 %)
0
(0 %)
119
(0.00 %)
96
(100.00 %)
773,652
(4.18 %)
429,695
(8.87 %)
4,823,216
(39.65 %)
0
(0 %)
671,979
(7.81 %)
21,654
(2.15 %)
8,337
(0.38 %)
80 English walnut
GCF_001411555.2
52,962
(10.18 %)
n/a 18,927
(3.19 %)
60,210
(17.37 %)
n/a 36.21
(99.89 %)
0
(0 %)
1,051
(0.11 %)
24,757
(100.00 %)
434,989
(3.86 %)
303,673
(3.70 %)
3,318,114
(33.94 %)
1
(0.00 %)
243,788
(4.94 %)
24,028
(1.83 %)
12,484
(0.84 %)
81 European hazelnut (Tombul 2020)
GCF_901000735.1
39,127
(13.03 %)
n/a 15,600
(4.11 %)
42,096
(18.23 %)
n/a 35.90
(99.54 %)
0
(0 %)
14,532
(0.48 %)
12
(100.00 %)
358,479
(3.69 %)
179,807
(3.40 %)
2,234,313
(32.05 %)
66
(0.01 %)
338,416
(13.59 %)
12,963
(1.47 %)
9,205
(1.06 %)
82 European mistletoe (primary hap 2023)
GCA_963277665.1
n/a n/a 12,110
(0.01 %)
960,545
(1.07 %)
n/a 31.25
(100.00 %)
855
(0.00 %)
6,368
(0.00 %)
5,951
(100.00 %)
61,111,090
(11.87 %)
29,667,857
(2.75 %)
11,464
(100.00 %)
81
(0.00 %)
60,812,395
(6.42 %)
1,680,995
(2.36 %)
239,293
(0.15 %)
83 J.microcarpa x regia eudicots (UCDavis 2019)
GCF_004785595.1
50,504
(10.14 %)
n/a 18,451
(3.41 %)
55,094
(16.89 %)
n/a 36.30
(99.18 %)
0
(0 %)
54
(0.82 %)
154
(100.00 %)
411,290
(3.65 %)
260,413
(3.49 %)
3,023,907
(31.93 %)
0
(0 %)
195,435
(3.60 %)
23,270
(1.88 %)
11,316
(0.85 %)
84 S.splendens huo1 eudicots (BFU 2021)
GCF_004379255.1
94,413
(12.61 %)
n/a 31,218
(3.57 %)
108,219
(21.49 %)
n/a 38.83
(100.00 %)
0
(0 %)
471
(0.00 %)
1,178
(100.00 %)
360,314
(2.17 %)
419,051
(4.85 %)
3,875,932
(41.07 %)
0
(0 %)
569,178
(10.09 %)
105,227
(10.14 %)
53,473
(3.53 %)
85 Euphrates poplar (v2 2014)
GCF_000495115.2
56,366
(12.92 %)
n/a 20,853
(4.29 %)
41,483
(12.40 %)
n/a 32.05
(95.31 %)
22,764
(4.70 %)
22,764
(4.70 %)
32,266
(95.30 %)
357,310
(3.64 %)
246,638
(4.06 %)
2,660,781
(43.22 %)
21
(0.01 %)
283,033
(6.42 %)
2,691
(0.38 %)
1,682
(0.12 %)
86 European crab apple (2022)
GCF_916048215.2
77,682
(12.36 %)
n/a 22,539
(3.42 %)
67,761
(16.26 %)
n/a 38.07
(99.99 %)
0
(0 %)
101
(0.01 %)
34
(100.00 %)
309,302
(2.18 %)
331,724
(5.06 %)
2,996,468
(41.19 %)
1
(0.00 %)
501,459
(8.86 %)
25,597
(2.08 %)
15,213
(1.03 %)
87 European hop (Shinshu Wase 2014)
GCA_000831365.1
n/a n/a 17,158
(0.86 %)
191,202
(13.47 %)
n/a 38.57
(86.69 %)
160,222
(13.33 %)
530,762
(13.34 %)
292,698
(86.67 %)
770,031
(2.12 %)
637,135
(3.75 %)
13,484,203
(41.57 %)
8,594
(0.10 %)
n/a 81,500
(2.36 %)
40,113
(1.30 %)
88 false flax
GCF_000633955.1
123,030
(22.63 %)
n/a 61,894
(13.77 %)
113,219
(31.09 %)
n/a 36.55
(92.99 %)
568
(0.01 %)
74,428
(7.02 %)
37,780
(99.99 %)
346,267
(2.46 %)
233,837
(5.56 %)
3,452,066
(27.34 %)
8,995
(2.52 %)
326,960
(10.10 %)
32,235
(2.62 %)
20,198
(1.48 %)
89 field mustard
GCF_000309985.2
73,446
(34.56 %)
n/a 30,193
(10.12 %)
57,010
(25.57 %)
n/a 36.83
(99.39 %)
0
(0 %)
408
(0.61 %)
1,100
(100.00 %)
261,522
(15.13 %)
196,553
(8.43 %)
1,533,242
(38.01 %)
0
(0 %)
376,874
(10.72 %)
24,895
(5.44 %)
14,510
(1.98 %)
90 finger millet (ML-365 2017)
GCA_002180455.1
n/a n/a 30,000
(2.41 %)
346,692
(27.97 %)
n/a 45.34
(98.74 %)
507,646
(1.30 %)
507,646
(1.30 %)
1,033,269
(98.70 %)
323,234
(1.19 %)
394,943
(6.28 %)
6,129,348
(33.00 %)
116,821
(2.67 %)
n/a 325,103
(21.18 %)
245,703
(14.05 %)
91 flowering dogwood (Cherokee Brave 2023)
GCF_030987335.1
63,465
(6.03 %)
n/a 17,263
(1.31 %)
78,564
(9.37 %)
n/a 35.95
(100.00 %)
96
(0.00 %)
96
(0.00 %)
459
(100.00 %)
982,341
(3.33 %)
719,891
(7.87 %)
6,810,592
(50.46 %)
0
(0 %)
1,484,349
(12.26 %)
27,883
(2.10 %)
14,303
(0.44 %)
92 foxtail millet
GCF_000263155.2
40,951
(13.47 %)
n/a 17,758
(5.07 %)
60,598
(30.59 %)
n/a 46.14
(98.82 %)
6,442
(1.19 %)
6,442
(1.19 %)
6,779
(98.81 %)
115,365
(1.46 %)
116,980
(2.45 %)
1,691,260
(29.31 %)
8
(0.00 %)
160,655
(4.99 %)
78,297
(28.27 %)
56,591
(11.82 %)
93 garden asparagus (2017)
GCF_001876935.1
45,159
(4.02 %)
n/a 13,440
(1.02 %)
85,207
(11.07 %)
n/a 39.02
(97.02 %)
44,390
(2.99 %)
47,391
(2.99 %)
56,182
(97.01 %)
427,496
(2.02 %)
885,946
(8.32 %)
6,075,356
(46.49 %)
46
(0.01 %)
1,014,228
(9.26 %)
111,109
(6.80 %)
35,931
(1.35 %)
94 garden pea (Zhongwan6 2022)
GCF_024323335.1
74,264
(1.88 %)
n/a 17,744
(0.43 %)
129,692
(4.97 %)
n/a 37.94
(99.73 %)
0
(0 %)
826
(0.27 %)
1,566
(100.00 %)
1,517,586
(2.16 %)
1,541,702
(5.89 %)
13,206,825
(66.95 %)
4
(0.00 %)
n/a 105,766
(0.97 %)
9,528
(0.15 %)
95 garlic-fruit tree (guangnan 2023)
GCF_029873635.1
43,473
(2.84 %)
n/a 13,544
(0.88 %)
64,877
(5.24 %)
n/a 36.06
(100.00 %)
0
(0 %)
596
(0.00 %)
510
(100.00 %)
1,556,970
(22.50 %)
788,188
(5.25 %)
10,081,845
(53.72 %)
1
(0.00 %)
1,139,226
(6.25 %)
41,032
(1.09 %)
17,380
(0.48 %)
96 ghaf (Desert tree PC_DT_omini 2023)
GCF_029017545.1
59,652
(8.73 %)
n/a 18,917
(2.55 %)
47,052
(9.22 %)
n/a 32.09
(99.98 %)
0
(0 %)
1,693
(0.02 %)
2,266
(100.00 %)
452,206
(3.00 %)
195,931
(2.27 %)
4,921,469
(39.63 %)
1
(0.00 %)
167,024
(3.12 %)
9,731
(0.69 %)
8,007
(0.51 %)
97 ginger
GCF_018446385.1
127,579
(4.07 %)
n/a 33,995
(0.96 %)
186,756
(7.79 %)
n/a 39.16
(100.00 %)
0
(0 %)
901
(0.00 %)
211
(100.00 %)
1,187,168
(2.18 %)
2,088,683
(6.47 %)
12,917,773
(61.42 %)
1
(0.00 %)
3,992,139
(15.45 %)
398,512
(10.38 %)
143,324
(2.40 %)
98 globe artichoke (v1.1 2C 2018)
GCF_001531365.2
42,106
(6.72 %)
n/a 15,819
(2.23 %)
49,753
(11.10 %)
n/a 35.35
(90.31 %)
5,305
(0.07 %)
310,402
(9.76 %)
13,479
(99.93 %)
394,793
(2.75 %)
364,336
(3.37 %)
4,190,750
(39.49 %)
3,050
(0.15 %)
283,527
(3.56 %)
12,198
(0.64 %)
7,327
(0.39 %)
99 goatgrass A.strangulata
GCF_002575655.1
87,385
(2.18 %)
n/a 17,963
(0.44 %)
263,708
(10.29 %)
n/a 46.32
(97.73 %)
0
(0 %)
107,163
(2.27 %)
109,126
(100.00 %)
1,490,873
(15.60 %)
1,415,562
(5.65 %)
12,540,551
(71.59 %)
522
(0.02 %)
5,380,929
(14.74 %)
881,849
(29.81 %)
257,498
(5.22 %)
100 goatgrass A.tauschii
GCF_001957025.1
69,195
(1.77 %)
n/a 18,614
(0.43 %)
300,274
(11.28 %)
n/a 46.38
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 68,537
(100.00 %)
1,555,328
(15.65 %)
1,485,488
(4.71 %)
13,133,338
(73.17 %)
0
(0 %)
4,874,338
(13.46 %)
928,327
(30.84 %)
269,584
(5.36 %)
101 goji berry (Lr01 2021)
GCF_019175385.1
69,722
(4.35 %)
n/a 17,353
(1.01 %)
81,347
(7.68 %)
n/a 38.10
(99.95 %)
0
(0 %)
1,565
(0.05 %)
166
(100.00 %)
816,909
(2.29 %)
708,412
(4.09 %)
8,106,901
(53.67 %)
0
(0 %)
1,891,734
(16.01 %)
66,433
(1.82 %)
7,517
(0.15 %)
102 golden kiwifruit (Red5 2018)
GCA_003024255.1
n/a 33,115
(10.82 %)
22,332
(3.88 %)
51,709
(13.62 %)
n/a 35.31
(96.44 %)
0
(0 %)
25,521
(3.57 %)
1,234
(100.00 %)
347,035
(2.87 %)
241,862
(4.11 %)
3,578,217
(30.95 %)
1,207
(0.28 %)
151,895
(5.62 %)
19,259
(1.41 %)
12,861
(0.94 %)
103 great duckweed (9509 2017)
GCA_001981405.1
n/a n/a 10,023
(7.00 %)
16,353
(26.89 %)
n/a 42.30
(92.78 %)
89,257
(7.32 %)
89,257
(7.32 %)
89,277
(92.68 %)
80,787
(2.86 %)
45,432
(1.93 %)
786,155
(19.70 %)
95
(0.04 %)
26,883
(1.77 %)
19,057
(20.99 %)
16,325
(10.84 %)
104 green algae A.protothecoides (0710 2014)
GCF_000733215.1
7,014
(37.71 %)
n/a 966
(2.72 %)
2,947
(70.38 %)
n/a 63.54
(95.35 %)
1,012
(4.66 %)
1,012
(4.66 %)
1,386
(95.34 %)
8,655
(1.88 %)
3,803
(1.89 %)
147,537
(20.31 %)
4
(0.02 %)
1,495
(1.63 %)
604
(53.91 %)
7,583
(28.42 %)
105 green algae B.prasinos (RCC1105 2012)
GCF_002220235.1
7,852
(82.09 %)
n/a 1,231
(6.04 %)
4,460
(76.24 %)
n/a 48.02
(99.76 %)
0
(0 %)
20
(0.24 %)
21
(100.00 %)
17,900
(4.88 %)
5,674
(1.75 %)
113,699
(21.91 %)
0
(0 %)
1,171
(0.89 %)
7
(0.01 %)
10
(0.02 %)
106 green algae C.reinhardtii (v2 CC-503 cw92 mt+ 2018 refseq)
GCF_000002595.2
19,527
(53.99 %)
n/a 990
(0.56 %)
9,689
(59.71 %)
n/a 64.08
(96.36 %)
1,459
(3.65 %)
1,459
(3.65 %)
1,512
(96.35 %)
174,119
(17.13 %)
110,553
(6.12 %)
748,240
(34.06 %)
26
(0.03 %)
48,564
(5.08 %)
92
(46.06 %)
15,883
(12.21 %)
107 green algae C.reinhardtii (CC-5816 2022)
GCA_026108075.1
n/a n/a 1,057
(0.55 %)
9,735
(58.02 %)
n/a 64.03
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 17
(100.00 %)
166,909
(9.00 %)
120,034
(10.13 %)
750,946
(37.60 %)
0
(0 %)
64,728
(6.10 %)
166
(99.31 %)
15,012
(11.67 %)
108 green algae C.subellipsoidea (C-169 2012)
GCF_000258705.1
9,839
(29.70 %)
n/a 1,307
(1.78 %)
8,108
(53.71 %)
n/a 52.94
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 29
(100.00 %)
8,446
(0.85 %)
5,471
(0.85 %)
265,761
(14.34 %)
0
(0 %)
3,585
(1.15 %)
11,329
(19.64 %)
6,821
(5.93 %)
109 green algae C.variabilis (NC64A 2010 refseq)
GCF_000147415.1
9,780
(32.79 %)
n/a 744
(1.00 %)
4,520
(67.55 %)
n/a 67.14
(91.48 %)
3,396
(8.55 %)
3,543
(8.55 %)
3,810
(91.45 %)
64,770
(8.22 %)
28,736
(2.86 %)
416,740
(37.15 %)
0
(0 %)
6,856
(2.06 %)
756
(45.48 %)
9,593
(9.00 %)
110 green algae K.nitens (NIES-2285 2014)
GCA_000708835.1
n/a 16,374
(32.04 %)
2,471
(1.78 %)
14,771
(54.27 %)
n/a 52.42
(98.98 %)
1,917
(1.02 %)
2,081
(1.02 %)
3,731
(98.98 %)
10,051
(0.46 %)
14,278
(1.14 %)
388,120
(8.55 %)
82
(0.05 %)
6,137
(0.53 %)
8,698
(83.31 %)
13,320
(16.04 %)
111 green algae M.commoda (RCC299 2009)
GCF_000090985.2
n/a 10,212
(72.56 %)
1,301
(4.51 %)
5,667
(86.20 %)
n/a 63.82
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 19
(100.00 %)
14,619
(3.58 %)
8,937
(2.75 %)
178,499
(27.69 %)
0
(0 %)
2,391
(1.08 %)
10
(25.23 %)
9
(0.01 %)
112 green algae M.neglectum (SAG 48.87 2015)
GCF_000611645.1
16,734
(25.96 %)
n/a 666
(0.47 %)
12,122
(60.02 %)
n/a 64.75
(96.59 %)
5,358
(3.43 %)
5,358
(3.43 %)
12,077
(96.57 %)
73,343
(6.73 %)
43,518
(3.04 %)
568,630
(31.80 %)
611
(0.45 %)
8,128
(0.78 %)
7,776
(96.69 %)
18,971
(14.42 %)
113 green algae M.pusilla (CCMP1545 2009)
GCF_000151265.2
10,242
(66.86 %)
n/a 990
(3.27 %)
4,789
(69.24 %)
n/a 65.94
(98.86 %)
476
(1.14 %)
583
(1.14 %)
497
(98.86 %)
36,818
(8.73 %)
20,399
(4.09 %)
206,658
(48.59 %)
10
(0.02 %)
8,269
(2.70 %)
32
(47.70 %)
317
(0.67 %)
114 green algae O.lucimarinus (CCE9901 2007)
GCF_000092065.1
7,603
(72.01 %)
n/a 1,064
(6.25 %)
3,493
(72.08 %)
n/a 60.44
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 21
(100.00 %)
11,026
(5.45 %)
11,732
(3.90 %)
107,661
(34.88 %)
0
(0 %)
1,022
(1.03 %)
12
(61.27 %)
2
(0.00 %)
115 green algae O.tauri (RCC4221 2014)
GCF_000214015.3
7,766
(82.33 %)
n/a 1,131
(6.60 %)
3,714
(76.22 %)
n/a 59.21
(99.94 %)
0
(0 %)
477
(0.07 %)
22
(100.00 %)
8,503
(3.84 %)
4,946
(2.16 %)
102,428
(27.87 %)
3
(0.01 %)
1,462
(1.34 %)
16
(57.14 %)
6
(0.02 %)
116 green algae V.carteri (Eve 2010)
GCF_000143455.1
14,436
(21.51 %)
n/a 1,411
(0.77 %)
13,095
(47.93 %)
n/a 55.97
(91.15 %)
10,101
(8.87 %)
12,014
(8.87 %)
11,352
(91.13 %)
175,729
(14.69 %)
105,113
(5.10 %)
667,226
(23.91 %)
10
(0.01 %)
60,616
(5.34 %)
4,325
(42.65 %)
20,517
(13.87 %)
117 green chiretta (2019)
GCF_009805555.1
46,021
(16.54 %)
n/a 14,632
(4.66 %)
34,242
(19.36 %)
n/a 33.53
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 271
(100.00 %)
293,800
(4.64 %)
151,157
(7.38 %)
1,732,880
(41.88 %)
0
(0 %)
175,025
(5.40 %)
21,835
(6.05 %)
15,493
(3.32 %)
118 green foxtail
GCF_005286985.1
47,022
(14.66 %)
n/a 17,750
(5.12 %)
60,106
(30.88 %)
n/a 46.17
(99.85 %)
61
(0.15 %)
61
(0.15 %)
76
(99.85 %)
116,493
(1.51 %)
120,039
(2.72 %)
1,676,017
(29.11 %)
0
(0 %)
157,544
(4.99 %)
75,497
(29.44 %)
55,605
(12.11 %)
119 Guinea yam (TDr96_F1 2017)
GCA_002240015.2
n/a n/a 11,944
(2.63 %)
37,372
(13.64 %)
n/a 35.58
(88.95 %)
0
(0 %)
1,032,823
(11.31 %)
21
(100.00 %)
293,868
(3.21 %)
174,614
(3.18 %)
2,690,184
(32.53 %)
1,884
(0.17 %)
180,755
(4.15 %)
15,323
(1.42 %)
8,394
(0.81 %)
120 hairy vetch (HV-30 2023)
GCF_029867415.1
88,183
(5.03 %)
n/a 22,129
(1.02 %)
118,243
(9.15 %)
n/a 35.63
(99.98 %)
0
(0 %)
3,486
(0.02 %)
1,888
(100.00 %)
1,001,308
(2.63 %)
1,132,664
(5.72 %)
8,340,755
(56.16 %)
24
(0.00 %)
1,749,179
(17.10 %)
43,665
(1.21 %)
15,567
(0.31 %)
121 Hall's panicgrass
GCF_002211085.1
43,787
(9.63 %)
n/a 17,635
(3.85 %)
66,270
(23.98 %)
n/a 46.87
(98.63 %)
736
(1.37 %)
736
(1.37 %)
1,027
(98.63 %)
157,811
(1.55 %)
119,571
(2.57 %)
2,107,254
(45.30 %)
0
(0 %)
384,333
(11.74 %)
102,278
(32.16 %)
57,387
(11.00 %)
122 Himalayan balsam (dImpGla2.1 2021)
GCF_907164915.1
40,307
(7.38 %)
n/a 16,711
(2.29 %)
50,292
(11.24 %)
n/a 32.12
(99.95 %)
0
(0 %)
858
(0.05 %)
1,115
(100.00 %)
439,789
(3.56 %)
574,639
(8.97 %)
4,147,814
(47.01 %)
3
(0.00 %)
679,567
(9.30 %)
16,291
(1.13 %)
7,961
(0.43 %)
123 horseweed
GCF_010389155.1
39,621
(11.54 %)
n/a 14,718
(3.15 %)
42,194
(16.23 %)
n/a 34.08
(99.99 %)
0
(0 %)
502
(0.01 %)
357
(100.00 %)
267,124
(2.84 %)
155,729
(2.71 %)
2,475,353
(36.48 %)
0
(0 %)
170,084
(5.26 %)
5,205
(0.40 %)
2,461
(0.20 %)
124 Indian licorice
GCF_003935025.1
44,610
(13.60 %)
n/a 17,108
(4.95 %)
34,097
(14.33 %)
n/a 31.84
(100.00 %)
0
(0 %)
184
(0.00 %)
160
(100.00 %)
217,674
(3.40 %)
106,243
(4.04 %)
2,232,509
(38.91 %)
0
(0 %)
136,457
(3.95 %)
5,438
(1.06 %)
4,124
(0.55 %)
125 interior live oak (QUWIS_CCGP_1 alternate hap 2022)
GCA_023055485.1
n/a n/a 16,184
(2.02 %)
66,215
(14.16 %)
n/a 35.37
(100.00 %)
0
(0 %)
82
(0.00 %)
689
(100.00 %)
739,891
(4.58 %)
435,389
(7.62 %)
4,843,419
(38.03 %)
1
(0.00 %)
573,724
(7.60 %)
13,298
(2.56 %)
7,653
(0.38 %)
126 interior live oak (QUWIS_CCGP_1 primary hap 2022)
GCA_023055345.1
n/a n/a 15,832
(2.09 %)
63,488
(14.36 %)
n/a 35.19
(100.00 %)
0
(0 %)
81
(0.00 %)
358
(100.00 %)
703,028
(4.29 %)
399,798
(6.48 %)
4,662,881
(36.96 %)
1
(0.00 %)
508,474
(6.86 %)
12,534
(1.92 %)
7,167
(0.36 %)
127 island oak (RSA801373 alternate hap 2023)
GCA_028535165.1
n/a n/a 15,893
(1.97 %)
68,998
(15.27 %)
n/a 35.87
(100.00 %)
0
(0 %)
53
(0.00 %)
156
(100.00 %)
746,424
(4.43 %)
451,117
(7.39 %)
4,820,434
(38.55 %)
0
(0 %)
642,456
(7.81 %)
20,367
(2.62 %)
9,619
(0.45 %)
128 island oak (RSA801373 primary hap 2023)
GCA_028535515.1
n/a n/a 15,880
(1.95 %)
69,093
(15.25 %)
n/a 35.97
(100.00 %)
0
(0 %)
53
(0.00 %)
274
(100.00 %)
751,691
(4.60 %)
457,914
(7.61 %)
4,850,082
(38.95 %)
0
(0 %)
656,668
(8.21 %)
20,561
(3.01 %)
9,683
(0.46 %)
129 Japanese apricot
GCF_000346735.1
32,312
(19.60 %)
n/a 14,463
(6.46 %)
33,049
(23.94 %)
n/a 37.45
(92.82 %)
15,597
(7.20 %)
15,597
(7.20 %)
23,761
(92.80 %)
118,757
(2.25 %)
84,983
(4.53 %)
1,374,244
(23.24 %)
87
(0.15 %)
129,116
(6.07 %)
7,808
(1.87 %)
5,295
(1.28 %)
130 Japanese morning glory
GCF_001879475.1
58,978
(8.37 %)
n/a 16,977
(2.14 %)
77,626
(18.21 %)
n/a 37.61
(99.97 %)
0
(0 %)
449
(0.03 %)
3,418
(100.00 %)
641,896
(6.26 %)
639,051
(8.97 %)
3,622,236
(46.63 %)
0
(0 %)
878,090
(12.19 %)
77,860
(10.47 %)
41,089
(3.11 %)
131 Japanese rice
GCF_001433935.1
53,556
(17.24 %)
47,331
(15.87 %)
16,804
(4.69 %)
53,712
(24.95 %)
n/a 43.57
(99.97 %)
0
(0 %)
925
(0.03 %)
58
(100.00 %)
402,182
(39.07 %)
138,035
(3.47 %)
1,719,939
(33.46 %)
4
(0.00 %)
142,261
(5.16 %)
63,485
(25.25 %)
49,534
(9.51 %)
132 Joseph's coat eudicots (Red AtriRed21 2022)
GCF_026212465.1
44,669
(10.38 %)
n/a 13,649
(2.41 %)
38,664
(12.08 %)
n/a 31.93
(99.74 %)
0
(0 %)
2,496
(0.26 %)
49
(100.00 %)
270,085
(9.40 %)
247,307
(22.95 %)
2,428,999
(49.81 %)
12
(0.00 %)
797,844
(12.43 %)
5,914
(1.27 %)
1,633
(0.12 %)
133 Korean lawngrass (Nagirizaki 2016)
GCA_001602275.1
n/a n/a 21,051
(6.88 %)
57,023
(32.54 %)
n/a 44.09
(96.75 %)
14,848
(3.26 %)
14,848
(3.26 %)
26,634
(96.74 %)
101,349
(1.46 %)
71,657
(2.17 %)
1,693,252
(21.97 %)
640
(0.13 %)
78,613
(2.03 %)
60,198
(24.06 %)
53,023
(14.28 %)
134 garden lettuce (Salinas v11 2022)
GCF_002870075.4
69,048
(2.69 %)
n/a 16,407
(0.56 %)
105,654
(5.75 %)
n/a 37.92
(99.95 %)
0
(0 %)
384
(0.05 %)
93
(100.00 %)
1,192,578
(2.37 %)
1,282,344
(4.72 %)
12,843,881
(61.50 %)
2
(0.00 %)
2,596,117
(14.22 %)
160,781
(2.86 %)
21,226
(0.27 %)
135 lettuce eudicots (Salinas 2011)
GCA_000227445.1
n/a n/a 15,031
(1.06 %)
140,751
(10.18 %)
n/a 36.82
(99.85 %)
0
(0 %)
n/a 876,110
(100.00 %)
505,796
(3.85 %)
318,171
(2.09 %)
9,808,138
(33.85 %)
0
(0 %)
n/a 30,057
(0.85 %)
16,755
(0.48 %)
136 lyrate rockcress
GCF_000004255.2
44,525
(28.52 %)
n/a 25,416
(19.36 %)
34,938
(31.66 %)
n/a 36.08
(88.90 %)
2,950
(11.10 %)
2,950
(11.10 %)
3,646
(88.90 %)
141,441
(20.58 %)
72,583
(3.25 %)
1,012,438
(24.68 %)
6
(0.00 %)
85,990
(5.46 %)
8,053
(2.48 %)
5,275
(1.16 %)
137 macadamia nut
GCF_013358625.1
58,226
(8.43 %)
n/a 16,723
(2.11 %)
62,465
(13.23 %)
n/a 39.13
(98.51 %)
0
(0 %)
22,059
(1.50 %)
2,644
(100.00 %)
463,575
(3.09 %)
304,057
(3.39 %)
4,183,445
(34.36 %)
8
(0.00 %)
364,799
(4.77 %)
18,956
(1.40 %)
5,087
(0.27 %)
138 Madagascar periwinkle (Sunstorm Apricot 2015)
GCA_000949345.1
n/a n/a 13,013
(2.26 %)
38,671
(8.42 %)
n/a 33.59
(99.19 %)
123,798
(0.85 %)
123,798
(0.85 %)
203,100
(99.15 %)
329,865
(3.57 %)
244,018
(4.63 %)
3,737,818
(40.09 %)
5,255
(0.16 %)
167,323
(2.37 %)
4,827
(0.29 %)
3,120
(0.19 %)
139 Magnolia sinica (HGM2019 2023)
GCF_029962835.1
69,307
(3.21 %)
n/a 14,466
(0.72 %)
84,219
(6.52 %)
n/a 40.18
(100.00 %)
0
(0 %)
73
(0.00 %)
127
(100.00 %)
1,415,484
(14.07 %)
1,154,832
(6.29 %)
10,231,412
(50.86 %)
0
(0 %)
1,584,398
(7.44 %)
107,342
(2.63 %)
20,756
(0.44 %)
140 maize
GCF_902167145.1
76,921
(3.66 %)
n/a 23,553
(1.55 %)
154,773
(10.70 %)
n/a 46.77
(99.83 %)
10
(0.00 %)
708
(0.17 %)
697
(100.00 %)
1,340,549
(78.65 %)
843,168
(5.20 %)
5,886,498
(69.23 %)
11
(0.00 %)
2,444,910
(17.04 %)
372,641
(31.10 %)
154,423
(5.59 %)
141 malo sina (v2 2021)
GCF_000231095.2
34,262
(16.98 %)
n/a 15,545
(6.13 %)
36,746
(24.10 %)
n/a 41.55
(100.00 %)
14
(0.00 %)
14
(0.00 %)
74
(100.00 %)
140,519
(2.59 %)
67,337
(3.89 %)
1,493,779
(29.32 %)
0
(0 %)
94,864
(3.66 %)
41,044
(18.43 %)
30,094
(7.78 %)
142 mango
GCF_011075055.1
60,349
(16.06 %)
n/a 20,653
(5.13 %)
40,887
(15.20 %)
n/a 32.71
(99.98 %)
0
(0 %)
169
(0.02 %)
250
(100.00 %)
213,445
(3.09 %)
125,929
(3.29 %)
2,447,401
(32.63 %)
0
(0 %)
235,235
(5.50 %)
7,059
(0.98 %)
3,330
(0.31 %)
143 monocots
GCF_002575655.2
84,263
(2.17 %)
n/a 17,888
(0.44 %)
263,541
(10.26 %)
n/a 46.33
(97.97 %)
0
(0 %)
69,858
(2.04 %)
109,197
(100.00 %)
1,492,485
(15.65 %)
1,422,870
(5.39 %)
12,521,384
(71.80 %)
234
(0.01 %)
n/a 881,939
(30.07 %)
257,833
(5.24 %)
144 mosses
GCF_000002425.4
55,129
(11.87 %)
n/a 8,425
(1.46 %)
30,452
(12.55 %)
n/a 33.69
(98.74 %)
0
(0 %)
2,645
(1.27 %)
359
(100.00 %)
454,786
(48.35 %)
241,826
(2.56 %)
2,413,326
(52.52 %)
8
(0.00 %)
165,635
(4.02 %)
22,664
(3.06 %)
20,673
(2.66 %)
145 mulberry M.notabilis
GCF_000414095.1
29,893
(12.15 %)
n/a 14,092
(4.40 %)
37,376
(17.73 %)
n/a 34.86
(94.92 %)
15,541
(5.08 %)
15,541
(5.08 %)
46,842
(94.92 %)
317,532
(5.00 %)
190,192
(6.25 %)
2,095,631
(34.49 %)
23
(0.02 %)
174,377
(5.38 %)
20,490
(3.43 %)
14,377
(2.15 %)
146 mung bean (VC1973A 2015 refseq)
GCF_000741045.1
47,653
(11.89 %)
n/a 16,644
(3.87 %)
43,967
(14.67 %)
n/a 33.18
(92.80 %)
0
(0 %)
96,870
(7.24 %)
2,465
(100.00 %)
264,597
(3.31 %)
198,963
(3.34 %)
2,842,720
(34.86 %)
1,607
(0.24 %)
171,020
(3.41 %)
13,975
(1.49 %)
11,070
(1.19 %)
147 muskmelon (AY 2022)
GCF_025177605.1
46,975
(10.56 %)
n/a 13,502
(2.95 %)
32,332
(13.20 %)
n/a 36.06
(99.99 %)
0
(0 %)
239
(0.01 %)
1,310
(100.00 %)
282,171
(3.23 %)
229,959
(11.70 %)
2,016,709
(43.94 %)
2
(0.00 %)
208,817
(5.97 %)
18,232
(10.96 %)
10,389
(0.88 %)
148 muskmelon (DHL92 2012)
GCF_000313045.1
35,384
(11.55 %)
n/a 13,191
(3.74 %)
28,295
(11.09 %)
n/a 33.23
(89.51 %)
28,289
(10.51 %)
29,172
(10.51 %)
60,751
(89.49 %)
239,295
(7.85 %)
172,598
(3.17 %)
2,304,858
(33.21 %)
2,241
(0.31 %)
65,619
(1.53 %)
12,855
(1.38 %)
8,985
(0.89 %)
149 narrow-leaved blue lupine
GCF_001865875.1
57,263
(9.83 %)
n/a 22,097
(3.53 %)
51,774
(13.22 %)
n/a 33.46
(99.34 %)
41,534
(0.68 %)
44,657
(0.68 %)
55,107
(99.32 %)
280,867
(4.25 %)
210,750
(5.67 %)
3,920,315
(38.10 %)
91
(0.01 %)
317,435
(5.80 %)
6,462
(0.46 %)
4,024
(0.30 %)
150 New South Wales waratah (Mountain lineage 2021)
GCF_018873765.1
44,477
(5.41 %)
n/a 16,928
(1.94 %)
77,682
(16.06 %)
n/a 40.12
(100.00 %)
0
(0 %)
2,037
(0.00 %)
1,289
(100.00 %)
437,997
(2.33 %)
266,149
(5.08 %)
4,764,252
(34.25 %)
0
(0 %)
733,036
(7.03 %)
20,667
(1.81 %)
10,430
(0.52 %)
151 opium poppy
GCF_003573695.1
127,893
(4.57 %)
n/a 25,532
(0.85 %)
162,032
(9.31 %)
n/a 37.28
(99.80 %)
0
(0 %)
31,183
(0.20 %)
34,381
(100.00 %)
819,294
(1.49 %)
1,050,181
(6.80 %)
10,625,631
(55.85 %)
1,258
(0.01 %)
3,892,620
(14.88 %)
67,521
(1.21 %)
8,156
(0.11 %)
152 orchid D.catenatum
GCF_001605985.2
39,386
(3.85 %)
n/a 12,208
(0.99 %)
72,906
(8.22 %)
n/a 34.70
(96.03 %)
25,751
(3.92 %)
25,751
(3.92 %)
311,841
(96.08 %)
506,361
(2.45 %)
413,770
(3.23 %)
8,074,114
(39.07 %)
30
(0.00 %)
333,128
(2.81 %)
56,900
(2.34 %)
33,146
(1.22 %)
153 orchid P.equestris
GCF_001263595.1
32,146
(3.36 %)
n/a 11,541
(1.01 %)
54,049
(6.11 %)
n/a 34.46
(92.46 %)
98,814
(7.56 %)
98,814
(7.56 %)
188,398
(92.44 %)
487,071
(2.96 %)
511,903
(4.00 %)
7,060,408
(42.20 %)
338
(0.01 %)
299,811
(3.23 %)
31,179
(1.22 %)
24,162
(0.91 %)
154 papaya
GCF_000150535.2
29,883
(11.99 %)
n/a 12,860
(4.47 %)
24,403
(11.58 %)
n/a 35.31
(73.55 %)
29,719
(26.47 %)
29,719
(26.47 %)
47,485
(73.53 %)
260,082
(34.69 %)
101,644
(3.59 %)
1,640,647
(28.88 %)
27
(0.03 %)
104,755
(2.22 %)
21,200
(2.95 %)
7,379
(0.74 %)
155 peach
GCF_000346465.2
36,201
(20.87 %)
n/a 14,368
(6.26 %)
32,245
(24.09 %)
n/a 37.51
(98.79 %)
2,339
(1.22 %)
2,368
(1.22 %)
2,531
(98.78 %)
150,957
(10.06 %)
96,381
(5.52 %)
1,221,263
(28.72 %)
5
(0.00 %)
160,697
(6.34 %)
7,885
(2.07 %)
5,236
(1.25 %)
156 peanut
GCF_003086295.2
155,835
(5.15 %)
n/a 31,810
(1.19 %)
160,574
(8.81 %)
n/a 36.33
(99.85 %)
0
(0 %)
3,655
(0.15 %)
385
(100.00 %)
1,684,814
(3.52 %)
1,488,297
(4.81 %)
11,059,688
(62.32 %)
4
(0.00 %)
2,758,605
(13.90 %)
140,570
(2.45 %)
53,465
(0.84 %)
157 pearl millet (Tift 23D2B1-P1-P5 2018)
GCA_002174835.2
n/a n/a 17,949
(1.26 %)
134,829
(14.30 %)
n/a 47.95
(86.95 %)
0
(0 %)
156,852
(13.08 %)
52,033
(100.00 %)
380,858
(1.16 %)
466,997
(2.83 %)
5,117,134
(56.89 %)
67
(0.01 %)
1,301,284
(8.79 %)
380,989
(29.47 %)
133,080
(5.69 %)
158 pecan
GCF_018687715.1
71,340
(9.93 %)
n/a 18,671
(2.67 %)
60,632
(15.16 %)
n/a 36.30
(99.97 %)
22
(0.03 %)
22
(0.03 %)
39
(99.97 %)
473,853
(3.66 %)
367,846
(6.75 %)
3,301,121
(39.03 %)
0
(0 %)
415,847
(6.45 %)
27,274
(2.22 %)
9,483
(0.57 %)
159 perennial ryegrass (Kyuss_39 2021)
GCF_019359855.1
89,789
(3.75 %)
n/a 17,693
(0.79 %)
174,787
(12.15 %)
n/a 44.32
(100.00 %)
0
(0 %)
238
(0.00 %)
1,677
(100.00 %)
605,852
(1.36 %)
760,915
(5.68 %)
5,216,229
(69.24 %)
1
(0.00 %)
3,457,114
(21.97 %)
542,998
(24.23 %)
170,460
(5.85 %)
160 Peruvian cotton (G.raimondii 2012 DOE)
GCF_000327365.2
72,518
(8.99 %)
n/a 20,368
(2.64 %)
52,295
(10.15 %)
n/a 33.21
(98.25 %)
19,685
(1.76 %)
19,685
(1.76 %)
20,680
(98.24 %)
404,885
(2.81 %)
300,062
(3.31 %)
5,198,170
(40.84 %)
35
(0.01 %)
386,235
(4.92 %)
10,912
(0.59 %)
5,481
(0.26 %)
161 Peruvian cotton (GPD5lz 2022)
GCF_025698545.1
63,476
(8.67 %)
n/a 20,265
(2.62 %)
51,815
(10.02 %)
n/a 33.24
(100.00 %)
0
(0 %)
79
(0.00 %)
289
(100.00 %)
405,385
(2.83 %)
306,302
(3.81 %)
5,192,105
(41.79 %)
0
(0 %)
459,153
(6.01 %)
10,481
(0.65 %)
5,557
(0.30 %)
162 pigeon pea (v2 2016 BGI)
GCF_000340665.2
46,412
(9.42 %)
n/a 17,396
(3.13 %)
49,710
(12.66 %)
n/a 32.76
(94.18 %)
36,323
(5.83 %)
36,323
(5.83 %)
67,834
(94.17 %)
395,663
(3.40 %)
306,602
(4.71 %)
3,749,364
(39.19 %)
431
(0.18 %)
218,995
(6.80 %)
26,504
(2.90 %)
13,804
(1.15 %)
163 pineapple
GCF_001540865.1
43,024
(11.65 %)
n/a 13,649
(3.36 %)
38,917
(14.95 %)
n/a 38.34
(98.23 %)
0
(0 %)
25,542
(1.78 %)
3,129
(100.00 %)
352,802
(7.31 %)
274,578
(4.75 %)
2,360,455
(38.94 %)
1,024
(0.08 %)
181,776
(4.90 %)
56,724
(11.73 %)
25,940
(3.75 %)
164 pink shepherd's-purse
GCF_000375325.1
37,318
(33.25 %)
n/a 22,836
(23.08 %)
26,822
(33.93 %)
n/a 35.63
(97.53 %)
6,294
(2.49 %)
6,294
(2.49 %)
7,067
(97.51 %)
74,470
(2.42 %)
42,509
(3.39 %)
814,442
(24.99 %)
17
(0.02 %)
72,030
(4.47 %)
5,817
(2.14 %)
4,656
(1.61 %)
165 pistachio
GCF_008641045.1
47,948
(7.92 %)
n/a 18,462
(2.58 %)
62,898
(14.05 %)
n/a 35.95
(99.84 %)
0
(0 %)
16,367
(0.16 %)
1,865
(100.00 %)
363,793
(2.43 %)
253,408
(4.08 %)
4,200,417
(36.34 %)
328
(0.03 %)
912,368
(13.98 %)
22,340
(1.78 %)
7,227
(0.40 %)
166 pocket water lily (Beijing-Zhang1983 2022)
GCF_008831285.2
41,101
(10.95 %)
n/a 11,576
(2.50 %)
38,220
(15.70 %)
n/a 38.61
(99.84 %)
624
(0.16 %)
626
(0.16 %)
1,409
(99.84 %)
236,190
(2.95 %)
153,746
(4.02 %)
2,151,579
(26.72 %)
1
(0.00 %)
233,307
(6.34 %)
24,561
(4.48 %)
18,159
(2.45 %)
167 pomegranate
GCF_007655135.1
43,277
(14.87 %)
n/a 14,635
(4.26 %)
39,381
(19.97 %)
n/a 40.38
(99.99 %)
0
(0 %)
188
(0.01 %)
474
(100.00 %)
173,182
(2.28 %)
174,872
(6.81 %)
1,640,973
(32.89 %)
0
(0 %)
305,785
(9.75 %)
26,506
(9.18 %)
19,716
(2.82 %)
168 potato S.stenotomum (F172 2021)
GCF_019186545.1
43,670
(6.66 %)
n/a 16,547
(2.25 %)
54,186
(11.30 %)
n/a 34.71
(88.41 %)
0
(0 %)
37,060
(11.60 %)
17,084
(100.00 %)
321,938
(2.14 %)
250,793
(4.04 %)
5,136,691
(33.92 %)
622
(0.03 %)
635,238
(7.14 %)
8,536
(0.30 %)
2,755
(0.11 %)
169 potato S.tuberosum (Dihaploid 'C-13' 2020)
GCA_010127505.1
n/a n/a 17,614
(2.86 %)
45,684
(10.75 %)
n/a 34.49
(83.57 %)
0
(0 %)
10,041,161
(17.84 %)
12
(100.00 %)
606,573
(40.80 %)
168,871
(2.58 %)
5,508,800
(26.36 %)
2,083
(0.22 %)
353,156
(3.75 %)
5,550
(0.22 %)
1,730
(0.08 %)
170 potato S.tuberosum (DM 1-3 516 R44 2011)
GCF_000226075.1
43,155
(20.86 %)
n/a 16,423
(2.55 %)
50,333
(11.79 %)
n/a 34.83
(93.98 %)
45,215
(6.04 %)
45,215
(6.04 %)
60,069
(93.96 %)
662,626
(43.42 %)
212,315
(4.38 %)
4,691,843
(34.91 %)
197
(0.07 %)
495,920
(6.36 %)
9,851
(0.45 %)
2,428
(0.13 %)
171 potato S.tuberosum (hap 1 of 4 Otava Stieglitz 2021)
GCA_020169555.1
n/a 38,210
(5.48 %)
16,415
(2.15 %)
54,766
(12.48 %)
n/a 35.21
(99.98 %)
0
(0 %)
1,476
(0.02 %)
25
(100.00 %)
329,233
(2.28 %)
285,101
(5.66 %)
4,832,189
(40.28 %)
7
(0.00 %)
779,042
(9.76 %)
12,944
(0.99 %)
3,186
(0.15 %)
172 potato S.tuberosum (hap 2 of 4 Otava Stieglitz 2021)
GCA_020169535.1
n/a 38,661
(5.67 %)
16,694
(2.26 %)
53,990
(12.60 %)
n/a 35.20
(99.98 %)
0
(0 %)
1,499
(0.02 %)
28
(100.00 %)
323,447
(2.25 %)
283,098
(5.39 %)
4,727,964
(39.87 %)
9
(0.00 %)
709,848
(9.38 %)
12,316
(1.34 %)
3,210
(0.16 %)
173 potato S.tuberosum (hap 3 of 4 Otava Hera 2021)
GCA_020169585.1
n/a 37,965
(5.56 %)
16,713
(2.23 %)
54,380
(12.60 %)
n/a 35.20
(99.98 %)
0
(0 %)
1,299
(0.02 %)
27
(100.00 %)
329,807
(2.31 %)
282,372
(6.11 %)
4,718,807
(40.25 %)
6
(0.00 %)
757,191
(9.75 %)
11,812
(1.00 %)
3,132
(0.16 %)
174 potato S.tuberosum (hap 4 of 4 Otava Hera 2021)
GCA_020169575.1
n/a 37,999
(5.47 %)
16,640
(2.18 %)
54,937
(12.38 %)
n/a 35.18
(99.98 %)
0
(0 %)
1,383
(0.02 %)
26
(100.00 %)
329,665
(2.30 %)
285,993
(6.03 %)
4,858,802
(40.32 %)
5
(0.00 %)
770,923
(9.65 %)
12,792
(1.32 %)
3,224
(0.15 %)
175 potato S.tuberosum (RH89-039-16 2020)
GCA_014189475.1
n/a n/a 16,312
(2.05 %)
54,438
(12.18 %)
n/a 35.23
(99.95 %)
0
(0 %)
4,448
(0.05 %)
12
(100.00 %)
730,464
(46.17 %)
338,389
(7.95 %)
4,903,557
(41.90 %)
3
(0.00 %)
602,727
(6.48 %)
12,226
(0.72 %)
3,229
(0.36 %)
176 potato S.tuberosum (alt pseudohaplotype RH89-039-16 2020)
GCA_014189305.1
n/a n/a 16,861
(1.98 %)
58,882
(12.19 %)
n/a 35.40
(99.95 %)
0
(0 %)
4,397
(0.05 %)
3,012
(100.00 %)
774,417
(46.83 %)
392,378
(8.45 %)
5,068,449
(42.72 %)
5
(0.00 %)
683,257
(6.89 %)
14,548
(1.32 %)
5,450
(0.63 %)
177 potato S.verrucosum (2019)
GCF_900185275.1
35,762
(6.74 %)
n/a 16,408
(2.54 %)
48,924
(11.75 %)
n/a 34.59
(99.55 %)
0
(0 %)
1,612
(0.45 %)
1,332
(100.00 %)
297,683
(2.31 %)
234,616
(4.68 %)
4,308,149
(38.02 %)
6
(0.00 %)
555,565
(8.09 %)
8,192
(0.47 %)
2,567
(0.16 %)
178 quinoa
GCF_001683475.1
74,918
(7.49 %)
n/a 22,914
(1.61 %)
105,619
(12.97 %)
n/a 36.87
(99.16 %)
0
(0 %)
725
(0.84 %)
3,487
(100.00 %)
810,277
(3.58 %)
762,903
(10.88 %)
6,551,884
(49.49 %)
4
(0.00 %)
1,419,103
(10.00 %)
93,630
(2.98 %)
16,962
(0.42 %)
179 radish (v2 WK10039 2023)
GCF_000801105.2
80,563
(20.51 %)
n/a 36,039
(9.58 %)
74,081
(26.98 %)
n/a 36.00
(99.94 %)
0
(0 %)
2,853
(0.06 %)
6,424
(100.00 %)
224,524
(2.48 %)
193,525
(5.49 %)
2,234,480
(35.04 %)
14
(0.00 %)
283,224
(8.64 %)
25,972
(4.13 %)
19,291
(2.12 %)
180 rape (ZS11 2017)
GCF_000686985.2
144,997
(17.51 %)
n/a 59,743
(7.71 %)
146,391
(26.97 %)
n/a 36.47
(92.96 %)
32,639
(7.05 %)
32,639
(7.05 %)
34,110
(92.95 %)
449,257
(2.67 %)
441,269
(5.84 %)
4,867,601
(32.91 %)
89
(0.03 %)
658,497
(14.71 %)
60,082
(3.53 %)
39,673
(1.84 %)
181 rape (Da-Ae 2021)
GCF_020379485.1
152,583
(19.25 %)
n/a 57,668
(6.87 %)
143,092
(23.51 %)
n/a 37.13
(99.99 %)
0
(0 %)
840
(0.01 %)
3,167
(100.00 %)
470,302
(2.29 %)
578,281
(9.24 %)
4,662,467
(42.41 %)
1
(0.00 %)
1,025,228
(11.11 %)
64,287
(5.62 %)
37,609
(1.71 %)
182 red clover eudicots (HEN17-A07 2021)
GCF_020283565.1
63,238
(17.01 %)
n/a 17,857
(4.13 %)
43,079
(17.27 %)
n/a 33.71
(99.97 %)
0
(0 %)
231
(0.03 %)
90
(100.00 %)
241,481
(2.65 %)
187,674
(4.85 %)
2,251,582
(37.03 %)
1
(0.00 %)
244,435
(10.76 %)
6,474
(1.93 %)
2,754
(0.26 %)
183 red sage (Shanhuang shh 2023)
GCF_028751815.1
62,516
(12.25 %)
n/a 15,176
(2.61 %)
67,175
(21.50 %)
n/a 37.47
(99.58 %)
0
(0 %)
695
(0.42 %)
173
(100.00 %)
377,231
(3.52 %)
364,027
(5.05 %)
2,679,528
(42.07 %)
0
(0 %)
345,738
(11.98 %)
64,243
(6.17 %)
38,544
(3.36 %)
184 red wild einkorn wheat (G1812 2018)
GCF_003073215.2
71,107
(1.58 %)
n/a 18,911
(0.39 %)
321,741
(10.16 %)
n/a 45.91
(99.38 %)
0
(0 %)
33,814
(0.62 %)
10,205
(100.00 %)
1,208,165
(1.25 %)
1,319,817
(2.96 %)
15,480,313
(71.93 %)
63
(0.00 %)
4,311,556
(9.89 %)
975,234
(26.52 %)
315,788
(5.36 %)
185 Rhododendron vialii eudicots (Sample 1 2023)
GCF_030253575.1
62,168
(11.90 %)
n/a 15,363
(2.73 %)
54,203
(18.86 %)
n/a 39.52
(100.00 %)
5
(0.00 %)
5
(0.00 %)
18
(100.00 %)
253,965
(2.10 %)
235,379
(9.36 %)
2,668,584
(34.08 %)
0
(0 %)
473,456
(8.03 %)
31,789
(3.72 %)
15,314
(1.18 %)
186 rice bean eudicots (VRB-3 Himshakti 2021)
GCF_018835915.1
38,736
(11.89 %)
n/a 16,669
(4.18 %)
43,369
(14.64 %)
n/a 32.90
(93.47 %)
0
(0 %)
20,717
(6.53 %)
15,445
(100.00 %)
233,635
(3.33 %)
204,141
(4.85 %)
2,682,022
(32.58 %)
1,663
(0.61 %)
168,485
(17.02 %)
16,828
(2.07 %)
12,921
(1.48 %)
187 riverbank grape
GCF_004353265.1
44,851
(10.22 %)
n/a 15,302
(3.01 %)
46,011
(14.96 %)
n/a 34.32
(98.79 %)
0
(0 %)
1,095
(1.21 %)
175
(100.00 %)
339,984
(3.03 %)
233,259
(4.71 %)
2,925,914
(35.27 %)
0
(0 %)
315,118
(6.27 %)
11,055
(0.93 %)
6,847
(0.55 %)
188 rose gum (2021)
GCF_016545825.1
54,676
(10.44 %)
n/a 16,291
(2.42 %)
69,492
(17.92 %)
n/a 39.39
(99.97 %)
0
(0 %)
1,712
(0.03 %)
37
(100.00 %)
358,171
(2.83 %)
259,031
(3.65 %)
3,353,128
(29.52 %)
0
(0 %)
415,146
(6.29 %)
78,731
(7.66 %)
52,846
(4.32 %)
189 rose gum (BRASUZ1 2014)
GCF_000612305.1
65,107
(11.08 %)
n/a 16,389
(2.33 %)
74,557
(18.16 %)
n/a 39.28
(92.69 %)
27,773
(7.32 %)
27,773
(7.32 %)
32,724
(92.68 %)
357,835
(2.50 %)
266,806
(3.22 %)
3,496,176
(27.34 %)
26
(0.01 %)
382,719
(5.52 %)
79,393
(6.54 %)
53,321
(3.81 %)
190 rose of Sharon
GCF_006381635.1
91,942
(5.18 %)
n/a 44,363
(2.23 %)
136,768
(10.14 %)
n/a 34.23
(100.00 %)
0
(0 %)
2
(0.00 %)
1,789
(100.00 %)
889,945
(2.72 %)
968,890
(4.91 %)
9,836,479
(51.73 %)
0
(0 %)
1,733,920
(9.74 %)
42,560
(0.89 %)
24,846
(0.50 %)
191 rubber tree (MT/VB/25A 57/8 2023)
GCF_030052815.1
71,175
(4.21 %)
n/a 22,208
(1.24 %)
63,302
(5.13 %)
n/a 34.70
(91.68 %)
0
(0 %)
1,428
(8.32 %)
755
(100.00 %)
1,078,590
(2.96 %)
730,314
(3.70 %)
6,031,831
(65.59 %)
1
(0.00 %)
2,789,876
(17.34 %)
24,263
(0.70 %)
3,609
(0.09 %)
192 rubber tree (reyan7-33-97 2016)
GCF_001654055.1
66,125
(5.23 %)
n/a 22,033
(1.63 %)
59,727
(6.42 %)
n/a 34.84
(94.20 %)
0
(0 %)
40,863
(5.81 %)
7,453
(100.00 %)
827,088
(3.02 %)
565,394
(5.23 %)
5,065,470
(61.59 %)
175
(0.01 %)
1,757,812
(14.15 %)
13,573
(0.45 %)
3,195
(0.09 %)
193 sacred lotus
GCF_000365185.1
43,140
(7.01 %)
n/a 15,920
(2.13 %)
61,231
(13.11 %)
n/a 38.30
(87.98 %)
54,825
(12.04 %)
175,846
(12.06 %)
58,428
(87.96 %)
408,351
(2.83 %)
275,384
(2.52 %)
4,643,876
(30.20 %)
1,786
(0.17 %)
181,461
(2.08 %)
40,599
(2.68 %)
14,757
(0.70 %)
194 saltwater cress
GCF_000478725.1
38,705
(18.07 %)
n/a 21,851
(11.68 %)
39,487
(28.65 %)
n/a 37.71
(98.09 %)
3,020
(1.92 %)
3,020
(1.92 %)
3,658
(98.08 %)
102,162
(1.93 %)
70,755
(3.25 %)
1,162,538
(32.09 %)
12
(0.00 %)
173,482
(8.35 %)
15,272
(3.87 %)
8,448
(1.72 %)
195 sandblossoms (Phelan CA IGA184 alternate hap 2022)
GCA_023055565.1
n/a n/a 14,138
(0.74 %)
125,370
(12.27 %)
n/a 40.18
(100.00 %)
0
(0 %)
149
(0.00 %)
581
(100.00 %)
655,331
(1.73 %)
500,899
(4.88 %)
7,172,490
(54.24 %)
0
(0 %)
1,964,428
(14.05 %)
140,800
(5.87 %)
37,685
(0.83 %)
196 sandblossoms (Phelan CA IGA184 primary hap 2022)
GCA_023055425.1
n/a n/a 15,588
(0.93 %)
117,831
(12.94 %)
n/a 40.08
(100.00 %)
0
(0 %)
85
(0.00 %)
123
(100.00 %)
597,532
(1.81 %)
430,194
(3.80 %)
6,075,115
(49.91 %)
0
(0 %)
1,442,089
(12.90 %)
129,512
(5.41 %)
37,172
(1.01 %)
197 scarlet sage (huo1 2021)
GCF_004379255.2
94,251
(12.60 %)
n/a 31,266
(3.58 %)
108,141
(21.47 %)
n/a 38.83
(100.00 %)
0
(0 %)
471
(0.00 %)
1,162
(100.00 %)
357,482
(2.10 %)
419,009
(4.86 %)
3,874,047
(41.08 %)
0
(0 %)
569,081
(10.09 %)
105,216
(10.11 %)
53,473
(3.50 %)
198 scented satinash
GCF_900635055.1
42,531
(12.21 %)
n/a 15,353
(3.67 %)
53,811
(20.61 %)
n/a 40.64
(89.65 %)
0
(0 %)
11,862
(10.35 %)
19,039
(100.00 %)
179,421
(2.10 %)
174,902
(3.34 %)
1,785,894
(25.35 %)
754
(0.12 %)
147,815
(3.18 %)
55,685
(7.69 %)
32,621
(3.67 %)
199 sesame
GCF_000512975.1
38,693
(16.95 %)
n/a 15,555
(5.41 %)
35,316
(19.66 %)
n/a 35.00
(98.34 %)
9,940
(1.66 %)
9,940
(1.66 %)
26,176
(98.34 %)
161,123
(2.85 %)
79,750
(3.97 %)
1,807,029
(31.02 %)
30
(0.02 %)
138,850
(4.01 %)
9,873
(1.80 %)
8,633
(1.51 %)
200 silver malletwood (14919 2019)
GCF_900635035.1
46,475
(12.62 %)
n/a 17,469
(4.11 %)
51,531
(21.75 %)
n/a 40.30
(93.72 %)
0
(0 %)
7,529
(6.28 %)
15,781
(100.00 %)
194,855
(2.07 %)
116,828
(2.25 %)
1,801,472
(25.38 %)
688
(0.10 %)
103,430
(2.38 %)
44,191
(5.74 %)
32,233
(3.75 %)
201 silver malletwood (NSW1041297 2021)
GCF_020921035.1
43,419
(12.78 %)
n/a 14,758
(4.01 %)
41,180
(19.74 %)
n/a 40.38
(100.00 %)
0
(0 %)
36
(0.00 %)
75
(100.00 %)
160,749
(1.91 %)
114,741
(3.07 %)
1,619,569
(28.25 %)
0
(0 %)
213,237
(6.51 %)
43,290
(7.15 %)
31,834
(4.39 %)
202 silver poplar
GCF_005239225.1
53,068
(14.65 %)
n/a 20,299
(4.74 %)
44,556
(16.36 %)
n/a 33.75
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 1,287
(100.00 %)
309,097
(3.34 %)
175,288
(4.77 %)
2,457,634
(38.38 %)
0
(0 %)
273,621
(6.75 %)
4,613
(0.67 %)
2,159
(0.21 %)
203 silverweed cinquefoil (primary hap 2022)
GCF_933775445.1
28,735
(15.21 %)
n/a 13,143
(5.29 %)
32,007
(22.39 %)
n/a 37.81
(100.00 %)
0
(0 %)
8
(0.00 %)
147
(100.00 %)
89,958
(1.86 %)
351,649
(15.29 %)
884,646
(35.58 %)
1
(0.00 %)
145,999
(6.99 %)
14,711
(4.52 %)
10,781
(1.93 %)
204 sorghum (BTx623 2017)
GCF_000003195.3
48,290
(8.57 %)
n/a 17,901
(3.45 %)
73,969
(19.64 %)
n/a 43.88
(95.30 %)
3,906
(4.70 %)
3,906
(4.70 %)
4,775
(95.30 %)
556,607
(65.39 %)
177,271
(4.54 %)
2,371,199
(48.20 %)
8
(0.00 %)
681,841
(11.76 %)
110,115
(18.82 %)
53,717
(5.80 %)
205 sorghum (Tx430 2018)
GCA_003482435.1
n/a n/a 18,138
(3.63 %)
75,180
(20.67 %)
n/a 43.67
(97.96 %)
0
(0 %)
2,108
(2.04 %)
308
(100.00 %)
559,950
(63.17 %)
156,952
(3.01 %)
2,481,716
(46.70 %)
0
(0 %)
578,722
(10.40 %)
109,923
(19.06 %)
54,889
(6.80 %)
206 soybean (US DOE JGI-PGF v2 2021)
GCF_000004515.6
88,003
(9.85 %)
n/a 27,705
(3.08 %)
77,033
(11.88 %)
n/a 34.74
(97.36 %)
8,916
(2.65 %)
8,918
(2.65 %)
9,199
(97.35 %)
848,398
(38.02 %)
434,042
(5.29 %)
5,346,884
(45.07 %)
27
(0.00 %)
622,402
(6.12 %)
35,893
(1.55 %)
13,146
(0.57 %)
207 spider flower
GCF_000463585.1
45,524
(22.00 %)
n/a 21,103
(10.40 %)
38,184
(27.17 %)
n/a 39.40
(87.71 %)
24,824
(12.32 %)
24,824
(12.32 %)
37,073
(87.68 %)
144,827
(3.22 %)
103,970
(4.10 %)
1,118,840
(31.64 %)
50
(0.05 %)
164,935
(7.42 %)
29,313
(6.47 %)
16,566
(3.30 %)
208 spinach (Sp75 2017)
GCF_002007265.1
41,494
(5.76 %)
n/a 12,540
(1.38 %)
68,522
(12.26 %)
n/a 37.82
(95.53 %)
0
(0 %)
137,086
(4.48 %)
78,263
(100.00 %)
374,336
(2.48 %)
670,331
(6.78 %)
3,213,561
(52.82 %)
65,364
(1.04 %)
758,332
(10.61 %)
89,520
(4.54 %)
17,491
(0.71 %)
209 spinach (Varoflay 2021)
GCF_020520425.1
58,405
(7.11 %)
n/a 12,431
(1.27 %)
61,084
(11.35 %)
n/a 37.89
(100.00 %)
0
(0 %)
63
(0.00 %)
246
(100.00 %)
378,521
(2.27 %)
722,814
(6.29 %)
2,950,586
(58.17 %)
0
(0 %)
972,333
(15.38 %)
92,256
(5.21 %)
18,749
(0.72 %)
210 spotted monkey flower
GCF_000504015.1
34,441
(15.56 %)
n/a 14,508
(4.41 %)
34,904
(18.83 %)
n/a 35.50
(93.50 %)
15,528
(6.52 %)
15,528
(6.52 %)
17,740
(93.48 %)
227,143
(4.28 %)
204,234
(11.85 %)
1,776,879
(40.60 %)
19
(0.01 %)
338,940
(10.42 %)
21,718
(3.89 %)
14,899
(2.46 %)
211 stiff brome
GCF_000005505.3
47,531
(20.35 %)
n/a 15,530
(6.01 %)
45,735
(34.29 %)
n/a 46.40
(99.84 %)
25
(0.16 %)
27
(0.16 %)
36
(99.84 %)
108,976
(17.41 %)
54,391
(1.94 %)
1,197,052
(21.34 %)
0
(0 %)
71,157
(2.72 %)
48,209
(34.43 %)
42,088
(12.51 %)
212 strawberry (Reikou 2013)
GCA_000511835.1
n/a n/a 15,045
(1.35 %)
164,045
(15.16 %)
n/a 38.82
(94.24 %)
88,316
(5.63 %)
89,898
(5.63 %)
714,282
(94.37 %)
278,640
(1.91 %)
388,660
(6.94 %)
3,639,568
(28.92 %)
271
(0.01 %)
n/a 64,180
(3.80 %)
21,117
(1.05 %)
213 sweet cherry
GCF_002207925.1
39,968
(19.06 %)
n/a 15,007
(5.83 %)
38,107
(23.61 %)
n/a 37.72
(90.64 %)
0
(0 %)
22,628
(9.39 %)
10,148
(100.00 %)
136,700
(2.47 %)
104,376
(7.20 %)
1,484,591
(25.20 %)
40
(0.03 %)
225,280
(8.38 %)
9,956
(2.27 %)
6,378
(1.39 %)
214 sweet orange
GCF_000317415.1
46,820
(15.94 %)
n/a 14,390
(4.63 %)
34,480
(18.04 %)
n/a 34.07
(91.90 %)
12,539
(8.11 %)
12,539
(8.11 %)
17,383
(91.89 %)
185,212
(2.95 %)
104,182
(4.92 %)
2,119,183
(29.53 %)
106
(0.11 %)
143,275
(8.59 %)
6,540
(0.93 %)
4,953
(0.65 %)
215 sweet potato (Taizhong6 2017)
GCA_002525835.2
n/a n/a 23,319
(2.45 %)
98,107
(18.19 %)
n/a 35.14
(88.01 %)
0
(0 %)
171,925
(12.06 %)
28,461
(100.00 %)
579,745
(3.87 %)
473,175
(3.79 %)
4,850,126
(32.44 %)
96
(0.01 %)
493,077
(6.15 %)
52,715
(3.15 %)
42,259
(2.50 %)
216 switchgrass
GCF_016808335.1
114,876
(10.54 %)
n/a 31,534
(3.21 %)
152,844
(27.54 %)
n/a 46.79
(99.59 %)
464
(0.41 %)
464
(0.41 %)
1,091
(99.59 %)
395,905
(1.77 %)
323,173
(5.10 %)
4,922,182
(39.47 %)
0
(0 %)
921,472
(10.02 %)
213,249
(32.45 %)
151,346
(11.21 %)
217 Tartarian buckwheat (Pinku1 2017)
GCA_002319775.1
n/a n/a 15,605
(2.84 %)
50,437
(14.57 %)
n/a 38.53
(96.71 %)
0
(0 %)
2,456
(3.29 %)
7,020
(100.00 %)
257,784
(2.74 %)
211,756
(3.88 %)
2,209,417
(41.80 %)
2
(0.00 %)
363,246
(7.54 %)
54,125
(5.80 %)
14,956
(1.19 %)
218 thale cress (tair10.1 Columbia 2018)
GCF_000001735.4
53,928
(40.16 %)
n/a 26,582
(34.47 %)
11,416
(18.70 %)
n/a 36.06
(99.85 %)
0
(0 %)
357
(0.16 %)
7
(100.00 %)
68,517
(16.50 %)
27,064
(2.77 %)
749,005
(22.64 %)
1
(0.00 %)
42,547
(3.36 %)
4,601
(1.63 %)
3,518
(1.15 %)
219 thunder duke vine
GCF_013401445.1
56,436
(17.59 %)
n/a 20,174
(5.61 %)
42,326
(19.85 %)
n/a 37.58
(99.96 %)
0
(0 %)
146
(0.04 %)
321
(100.00 %)
125,395
(2.23 %)
102,179
(22.89 %)
1,226,273
(38.50 %)
0
(0 %)
599,313
(13.69 %)
6,893
(1.71 %)
5,408
(0.61 %)
220 tobacco N.attenuata
GCF_001879085.1
50,668
(2.79 %)
n/a 17,479
(0.82 %)
117,543
(8.63 %)
n/a 40.23
(88.38 %)
0
(0 %)
119,817
(11.63 %)
37,194
(100.00 %)
622,838
(1.51 %)
788,520
(3.46 %)
11,822,060
(48.66 %)
133
(0.01 %)
2,124,644
(8.96 %)
174,838
(3.17 %)
26,771
(0.55 %)
221 tobacco N.tomentosiformis
GCF_000390325.2
66,966
(3.67 %)
n/a 17,141
(1.02 %)
81,513
(6.82 %)
n/a 38.89
(97.29 %)
56,061
(2.71 %)
213,074
(2.72 %)
215,609
(97.29 %)
486,556
(1.53 %)
669,040
(5.52 %)
10,446,746
(53.83 %)
19,953
(0.37 %)
1,327,454
(6.88 %)
118,807
(2.33 %)
10,195
(0.20 %)
222 tomato (v3.1 Heinz 1706 2018)
GCF_000188115.5
45,847
(6.92 %)
n/a 15,425
(2.15 %)
38,319
(7.54 %)
n/a 34.12
(90.19 %)
0
(0 %)
19,539
(9.82 %)
3,066
(100.00 %)
311,852
(2.14 %)
229,773
(3.18 %)
5,390,626
(35.26 %)
224
(0.02 %)
412,055
(4.41 %)
25,196
(1.27 %)
2,324
(0.10 %)
223 toyon (HeAr 88 alternate hap 2022)
GCA_024363235.1
n/a n/a 22,795
(3.47 %)
67,418
(16.40 %)
n/a 38.17
(100.00 %)
0
(0 %)
11
(0.00 %)
75
(100.00 %)
347,375
(3.07 %)
304,988
(3.96 %)
3,119,641
(40.22 %)
0
(0 %)
481,094
(9.09 %)
30,300
(3.29 %)
15,155
(0.98 %)
224 toyon (HeAr 88 primary hap 2022)
GCA_024362995.1
n/a n/a 22,897
(3.50 %)
67,595
(16.43 %)
n/a 38.12
(100.00 %)
0
(0 %)
5
(0.00 %)
118
(100.00 %)
344,928
(2.90 %)
299,566
(3.87 %)
3,139,734
(39.86 %)
0
(0 %)
474,790
(8.82 %)
30,533
(2.95 %)
15,260
(0.99 %)
225 tree cotton (Shixiya1 2015 BGI)
GCF_000612285.1
53,446
(3.92 %)
n/a 20,707
(1.29 %)
56,318
(5.01 %)
n/a 35.03
(92.12 %)
45,766
(7.88 %)
45,768
(7.88 %)
121,185
(92.12 %)
618,119
(2.07 %)
589,954
(3.54 %)
8,098,351
(55.57 %)
587
(0.14 %)
1,280,735
(10.74 %)
28,949
(0.57 %)
5,345
(0.12 %)
226 tree cotton (Shixiya-1 2022)
GCF_025698485.1
69,030
(4.11 %)
n/a 20,169
(1.21 %)
55,515
(4.75 %)
n/a 35.17
(100.00 %)
0
(0 %)
225
(0.00 %)
948
(100.00 %)
618,195
(1.97 %)
622,748
(3.28 %)
8,002,633
(61.80 %)
0
(0 %)
1,982,971
(15.63 %)
27,646
(0.67 %)
5,410
(0.15 %)
227 trilobed morning glory
GCF_003576645.1
49,472
(13.00 %)
n/a 16,803
(3.58 %)
50,448
(18.68 %)
n/a 35.68
(94.76 %)
0
(0 %)
31,256
(5.25 %)
17
(100.00 %)
333,211
(3.67 %)
335,317
(10.66 %)
2,341,085
(36.54 %)
1,908
(0.26 %)
378,228
(11.60 %)
27,290
(3.24 %)
20,629
(2.28 %)
228 Valencia sweet orange 2022
GCF_022201045.2
49,094
(16.30 %)
n/a 14,451
(4.70 %)
33,670
(18.59 %)
n/a 34.22
(100.00 %)
0
(0 %)
8
(0.00 %)
11
(100.00 %)
184,421
(2.80 %)
106,732
(3.28 %)
1,996,057
(33.86 %)
0
(0 %)
138,933
(5.87 %)
6,824
(1.28 %)
4,933
(0.78 %)
229 valley oak (v3.2 2019)
GCF_001633185.2
63,531
(8.16 %)
n/a 16,883
(1.90 %)
72,901
(14.48 %)
n/a 35.38
(99.77 %)
0
(0 %)
1,673
(0.23 %)
2,002
(100.00 %)
800,288
(3.71 %)
460,119
(7.41 %)
5,438,715
(37.84 %)
3
(0.00 %)
746,272
(7.48 %)
19,628
(1.10 %)
9,136
(0.41 %)
230 Van Houtte's columbine (PFEx6 2022)
GCA_023053565.1
n/a n/a 13,575
(3.44 %)
38,113
(17.59 %)
n/a 37.58
(100.00 %)
0
(0 %)
62
(0.00 %)
463
(100.00 %)
245,892
(11.25 %)
158,855
(13.35 %)
1,221,056
(41.58 %)
0
(0 %)
400,137
(11.97 %)
6,436
(2.63 %)
718
(0.10 %)
231 Van Houtte's columbine (alt pseudohaplotype PFEx6 2022)
GCA_023053535.1
n/a n/a 13,357
(3.39 %)
37,446
(17.24 %)
n/a 37.56
(100.00 %)
0
(0 %)
63
(0.00 %)
249
(100.00 %)
244,573
(10.74 %)
180,141
(13.98 %)
1,184,686
(42.28 %)
0
(0 %)
428,570
(12.48 %)
6,470
(2.86 %)
617
(0.10 %)
232 vegetable marrow (v2 mu-cu-16 2017)
GCF_002806865.2
48,839
(21.95 %)
n/a 19,452
(7.44 %)
35,987
(20.77 %)
n/a 36.49
(94.38 %)
0
(0 %)
49,199
(5.63 %)
24,194
(100.00 %)
181,473
(3.18 %)
143,114
(7.42 %)
1,614,901
(29.14 %)
3,445
(0.84 %)
135,437
(7.93 %)
13,094
(2.48 %)
9,563
(1.55 %)
233 wax gourd
GCF_009727055.1
40,406
(4.66 %)
n/a 13,481
(1.43 %)
43,071
(6.68 %)
n/a 34.85
(98.39 %)
0
(0 %)
24,524
(1.62 %)
1,791
(100.00 %)
481,638
(2.55 %)
364,998
(3.11 %)
6,236,506
(49.68 %)
4,691
(0.08 %)
383,939
(3.89 %)
21,741
(0.93 %)
14,484
(0.55 %)
234 white yam
GCF_009730915.1
43,902
(7.41 %)
n/a 13,647
(2.09 %)
49,877
(12.79 %)
n/a 36.25
(99.19 %)
0
(0 %)
4,760
(0.81 %)
2,254
(100.00 %)
391,299
(3.19 %)
258,918
(3.96 %)
3,588,023
(40.59 %)
0
(0 %)
287,001
(4.23 %)
28,929
(2.37 %)
14,044
(1.13 %)
235 wild cabbage
GCF_000695525.1
66,717
(15.60 %)
n/a 31,142
(8.08 %)
103,348
(35.10 %)
n/a 36.11
(91.23 %)
874
(0.02 %)
52,140
(8.80 %)
33,760
(99.98 %)
197,515
(3.12 %)
214,463
(4.43 %)
2,535,207
(31.20 %)
226
(0.10 %)
221,975
(4.62 %)
29,995
(2.99 %)
19,922
(1.82 %)
236 wild Colombian cocoa
GCF_002168275.1
29,804
(16.68 %)
n/a 13,252
(5.90 %)
22,247
(14.89 %)
n/a 32.94
(94.65 %)
0
(0 %)
119,056
(5.55 %)
6,074
(100.00 %)
107,979
(2.19 %)
67,029
(6.76 %)
1,525,353
(32.45 %)
62
(0.01 %)
137,522
(3.41 %)
2,481
(0.48 %)
2,112
(0.40 %)
237 wild emmer wheat (Zavitan Atlit2015 v2.1 2019)
GCF_002162155.2
131,285
(1.34 %)
n/a n/a 567,570
(8.14 %)
n/a 45.99
(96.70 %)
0
(0 %)
344,589
(3.31 %)
148,296
(100.00 %)
2,573,102
(1.23 %)
2,990,888
(3.37 %)
492,885
(96.69 %)
210
(0.02 %)
n/a 2,220,880
(25.34 %)
0
(0.00 %)
238 wild Malaysian banana
GCF_000313855.2
53,171
(14.87 %)
n/a 18,878
(4.31 %)
45,554
(18.36 %)
n/a 38.87
(82.70 %)
17,164
(17.29 %)
22,178
(17.31 %)
24,423
(82.71 %)
214,040
(7.81 %)
136,453
(2.42 %)
1,656,678
(31.15 %)
1,372
(0.30 %)
160,195
(3.00 %)
53,687
(8.28 %)
32,795
(5.44 %)
239 wild olive
GCF_002742605.1
67,081
(6.69 %)
n/a 19,793
(1.69 %)
68,749
(9.17 %)
n/a 35.40
(90.41 %)
0
(0 %)
47,638
(9.59 %)
41,226
(100.00 %)
425,922
(1.79 %)
378,656
(18.98 %)
5,982,070
(40.81 %)
1,739
(0.11 %)
2,654,630
(14.57 %)
12,534
(0.42 %)
7,470
(0.21 %)
240 wild peanut A.duranensis (v2 V14167 2020)
GCF_000817695.3
57,082
(6.20 %)
n/a 17,102
(1.68 %)
76,760
(11.48 %)
n/a 35.80
(88.03 %)
8
(0.00 %)
135,554
(12.02 %)
1,589
(100.00 %)
596,136
(3.37 %)
499,251
(3.39 %)
5,279,103
(45.94 %)
66
(0.02 %)
723,949
(6.61 %)
48,556
(1.91 %)
22,182
(0.85 %)
241 wild peanut A.ipaensis (K30076 2017)
GCF_000816755.2
78,441
(5.58 %)
n/a 16,952
(1.26 %)
89,380
(9.95 %)
n/a 36.84
(92.91 %)
449
(0.33 %)
122,617
(7.13 %)
997
(99.67 %)
777,978
(3.35 %)
619,944
(3.82 %)
5,823,472
(53.61 %)
535
(0.10 %)
1,221,848
(10.04 %)
79,537
(2.58 %)
30,634
(0.87 %)
242 wild peanut A.stenosperma (V10309 2020)
GCF_014773155.1
67,384
(5.06 %)
n/a 16,850
(1.28 %)
83,780
(9.77 %)
n/a 36.78
(93.48 %)
0
(0 %)
14,157
(6.52 %)
30
(100.00 %)
767,054
(3.15 %)
754,355
(3.89 %)
5,146,558
(56.74 %)
4
(0.00 %)
1,299,909
(14.23 %)
71,885
(2.45 %)
24,953
(0.81 %)
243 wild soybean
GCF_004193775.1
81,537
(9.20 %)
n/a 27,977
(2.99 %)
78,144
(11.64 %)
n/a 34.88
(97.58 %)
0
(0 %)
752
(2.42 %)
1,120
(100.00 %)
551,217
(2.79 %)
450,287
(6.65 %)
5,379,409
(46.22 %)
5
(0.01 %)
778,567
(7.38 %)
37,183
(1.52 %)
13,293
(0.57 %)
244 wild strawberry (2011 refseq)
GCF_000184155.1
36,435
(23.91 %)
n/a 13,996
(6.63 %)
46,505
(35.89 %)
n/a 38.40
(94.27 %)
13,412
(5.75 %)
16,253
(5.76 %)
16,460
(94.25 %)
71,057
(1.51 %)
74,581
(2.78 %)
1,034,180
(21.44 %)
25
(0.01 %)
71,241
(3.11 %)
14,806
(3.21 %)
9,028
(1.93 %)
245 wild tomato S.pennellii
GCF_001406875.1
46,114
(5.99 %)
n/a 15,458
(1.87 %)
42,907
(7.63 %)
n/a 34.50
(92.34 %)
41,684
(7.67 %)
41,684
(7.67 %)
41,696
(92.33 %)
363,460
(2.48 %)
271,129
(4.15 %)
6,330,153
(36.93 %)
559
(0.10 %)
539,878
(5.37 %)
19,639
(1.20 %)
3,088
(0.12 %)
246 wine grape (PN40024 2009)
GCF_000003745.3
46,797
(11.01 %)
n/a 14,907
(3.07 %)
44,949
(15.02 %)
n/a 34.56
(96.91 %)
12,727
(3.10 %)
13,440
(3.10 %)
14,644
(96.90 %)
462,807
(35.59 %)
222,647
(4.83 %)
2,745,513
(34.80 %)
345
(0.04 %)
302,175
(5.97 %)
11,591
(1.00 %)
6,661
(0.55 %)
247 wine grape (Chkhaveri 2017)
GCA_002922885.1
n/a n/a 14,109
(3.33 %)
40,033
(15.32 %)
n/a 34.56
(97.67 %)
0
(0 %)
9,429
(2.34 %)
21
(100.00 %)
410,680
(35.69 %)
189,467
(4.45 %)
2,405,053
(34.36 %)
236
(0.04 %)
246,055
(5.81 %)
10,620
(1.04 %)
5,070
(0.52 %)
248 wine grape (Pinot Noir 40024 2023)
GCF_030704535.1
46,287
(10.68 %)
n/a 14,823
(2.93 %)
44,674
(15.11 %)
n/a 35.08
(100.00 %)
0
(0 %)
n/a 21
(100.00 %)
310,377
(2.83 %)
242,451
(9.17 %)
2,706,407
(38.52 %)
0
(0 %)
369,814
(7.00 %)
11,751
(1.05 %)
6,644
(0.55 %)
249 winter cress (G-type 2016)
GCA_001920985.1
n/a n/a 22,511
(18.61 %)
30,519
(28.94 %)
n/a 35.60
(90.69 %)
22,839
(9.35 %)
22,839
(9.35 %)
30,649
(90.65 %)
86,568
(2.39 %)
44,616
(2.78 %)
1,035,105
(23.86 %)
13
(0.01 %)
47,590
(2.53 %)
6,701
(1.74 %)
5,207
(1.30 %)
250 winter squash
GCF_002738345.1
49,714
(19.34 %)
n/a 18,860
(6.74 %)
33,884
(18.55 %)
n/a 36.33
(97.81 %)
0
(0 %)
17,224
(2.20 %)
8,299
(100.00 %)
169,605
(3.09 %)
134,380
(10.82 %)
1,493,623
(35.66 %)
439
(0.08 %)
282,805
(8.27 %)
12,619
(2.64 %)
9,029
(1.47 %)
251 wood tobacco
GCF_000393655.1
58,358
(2.93 %)
n/a 17,332
(0.82 %)
111,663
(7.17 %)
n/a 39.09
(92.17 %)
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(7.84 %)
338,901
(7.84 %)
392,998
(92.16 %)
598,929
(1.44 %)
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(4.57 %)
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(49.11 %)
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(0.88 %)
1,444,692
(6.99 %)
100,864
(1.49 %)
21,222
(0.32 %)
252 zha cai (T84-66 inbred line 2016)
GCA_001687265.1
n/a n/a 56,069
(8.51 %)
138,660
(27.88 %)
n/a 36.22
(79.66 %)
0
(0 %)
22,714
(20.35 %)
9,746
(100.00 %)
367,321
(2.38 %)
303,381
(3.03 %)
4,551,648
(26.34 %)
264
(0.05 %)
380,691
(8.39 %)
50,430
(3.81 %)
37,478
(1.85 %)
TOTALS:total assembly count 252

Additional hubs with collections of assemblies
Collection Hub index pages: Assembly statistics: Track statistics:
Primates 207 assemblies assembly stats track stats
Mammals 506 assemblies assembly stats track stats
Birds 327 assemblies assembly stats track stats
Fishes 357 assemblies assembly stats track stats
other vertebrates 198 assemblies assembly stats track stats
Invertebrates 642 assemblies assembly stats track stats
Plants 252 assemblies assembly stats track stats
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Viruses 265 assemblies assembly stats track stats
Bacteria 74 assemblies assembly stats track stats
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VGP - Vertebrate Genome Project 798 assemblies assembly stats track stats
CCGP - The California Conservation Genomics Project 126 assemblies assembly stats track stats
HPRC - Human Pangenome Reference Consortium 96 assemblies assembly stats track stats