CCGP Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of CCGP only.

See also: hub access, assembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser		 ncbiRefSeq ncbiGene xenoRefGene augustus
genes		 Ensembl
genes		 gc5 base AGP
gap		 all
gaps		 assembly
sequences		 Repeat
Masker		 TRF
simpleRepeat		 window
Masker		 gap
Overlap		 tandem
Dups		 cpg
unmasked		 cpg
island
1 acorn woodpecker (bairdi alternate hap 2022)
GCA_026170555.1		 n/a n/a 12,415
(1.42 %)		 23,266
(1.78 %)		 n/a 46.76
(99.99 %)		 0
(0 %)		 1,555
(0.01 %)		 2,294
(100.00 %)		 1,077,039
(17.72 %)		 548,450
(13.79 %)		 4,965,697
(43.00 %)		 4
(0.00 %)		 1,763,118
(7.89 %)		 29,460
(3.04 %)		 18,848
(0.92 %)
2 acorn woodpecker (bairdi primary hap 2022)
GCA_026170545.1		 n/a n/a 11,832
(1.45 %)		 22,508
(1.87 %)		 n/a 46.81
(99.99 %)		 1,317
(0.01 %)		 1,317
(0.01 %)		 4,491
(99.99 %)		 980,493
(17.23 %)		 496,946
(14.39 %)		 5,155,337
(42.38 %)		 5
(0.00 %)		 1,619,528
(7.89 %)		 28,236
(3.22 %)		 18,285
(0.96 %)
3 American black bear (L20-20 alternate hap 2022)
GCA_024610745.1		 n/a n/a 22,502
(1.17 %)		 43,431
(1.28 %)		 n/a 43.14
(99.99 %)		 0
(0 %)		 n/a 77,311
(100.00 %)		 4,587,986
(32.30 %)		 773,829
(6.39 %)		 14,594,034
(35.67 %)		 0
(0 %)		 1,078,790
(3.25 %)		 78,849
(3.32 %)		 57,618
(1.17 %)
4 American black bear (L20-20 primary hap 2022)
GCA_024610735.1		 n/a n/a 18,458
(1.52 %)		 21,049
(1.43 %)		 n/a 42.93
(100.00 %)		 0
(0 %)		 22
(0.00 %)		 317
(100.00 %)		 4,000,508
(32.69 %)		 641,903
(5.91 %)		 13,210,530
(35.54 %)		 0
(0 %)		 996,585
(3.22 %)		 68,981
(3.00 %)		 52,140
(1.23 %)
5 American ruby spot damselfly (1083.01 alternate hap 2022)
GCA_022747625.1		 n/a n/a 3,675
(0.24 %)		 33,858
(2.52 %)		 n/a 39.41
(100.00 %)		 0
(0 %)		 275
(0.00 %)		 434
(100.00 %)		 463,699
(1.98 %)		 257,776
(2.34 %)		 8,739,499
(35.06 %)		 3
(0.00 %)		 316,937
(2.30 %)		 201,740
(9.34 %)		 100,221
(3.11 %)
6 American ruby spot damselfly (1083.01 primary hap 2022)
GCA_022747635.1		 n/a n/a 4,050
(0.23 %)		 36,621
(2.36 %)		 n/a 39.19
(100.00 %)		 0
(0 %)		 300
(0.00 %)		 1,583
(100.00 %)		 512,232
(1.96 %)		 298,634
(6.12 %)		 9,487,572
(38.81 %)		 2
(0.00 %)		 730,443
(4.19 %)		 220,796
(9.19 %)		 110,552
(2.99 %)
7 ant C.vicinus (PSW18456_S1 2022)
GCA_025532165.1		 n/a n/a 4,276
(1.43 %)		 33,329
(10.19 %)		 n/a 34.73
(100.00 %)		 0
(0 %)		 24
(0.00 %)		 38
(100.00 %)		 262,917
(4.71 %)		 237,812
(4.84 %)		 1,978,871
(41.33 %)		 1
(0.00 %)		 183,111
(7.00 %)		 12,644
(3.51 %)		 13,607
(3.00 %)
8 arroyo chub (AC-1 alternate hap 2022)
GCA_026230005.1		 n/a n/a 17,862
(2.29 %)		 70,667
(5.50 %)		 n/a 40.01
(100.00 %)		 0
(0 %)		 327
(0.00 %)		 179
(100.00 %)		 2,876,989
(50.39 %)		 700,511
(9.88 %)		 5,977,913
(44.08 %)		 2
(0.00 %)		 1,066,043
(6.53 %)		 104,320
(8.02 %)		 23,254
(0.86 %)
9 arroyo chub (AC-1 primary hap 2022)
GCA_026230025.1		 n/a n/a 18,025
(2.28 %)		 71,255
(5.50 %)		 n/a 40.03
(100.00 %)		 0
(0 %)		 318
(0.00 %)		 341
(100.00 %)		 2,884,301
(50.42 %)		 702,464
(9.98 %)		 5,989,299
(44.18 %)		 2
(0.00 %)		 1,090,542
(6.63 %)		 105,945
(8.03 %)		 23,683
(0.88 %)
10 bay (USA: Berkeley CA var. californica CCGP_DODD_UMBCAL_S1 alternate hap 2023)
GCA_028538565.1		 n/a n/a 15,063
(1.43 %)		 65,125
(11.47 %)		 n/a 40.34
(100.00 %)		 0
(0 %)		 39
(0.00 %)		 197
(100.00 %)		 735,552
(11.30 %)		 567,295
(6.87 %)		 4,176,675
(45.56 %)		 2
(0.00 %)		 714,025
(8.90 %)		 66,834
(4.90 %)		 12,024
(0.59 %)
11 bay (USA: Berkeley CA var. californica CCGP_DODD_UMBCAL_S1 primary hap 2023)
GCA_028534965.1		 n/a n/a 15,223
(1.43 %)		 65,769
(11.33 %)		 n/a 40.37
(100.00 %)		 0
(0 %)		 36
(0.00 %)		 303
(100.00 %)		 744,623
(11.37 %)		 571,691
(7.15 %)		 4,217,655
(45.87 %)		 2
(0.00 %)		 721,040
(8.85 %)		 68,566
(4.96 %)		 12,157
(0.60 %)
12 bigberry manzanita (GLNDR_RDG_Rd-6 2022)
GCA_019985065.2		 n/a n/a 15,102
(2.62 %)		 47,553
(15.64 %)		 n/a 38.11
(100.00 %)		 0
(0 %)		 82
(0.00 %)		 272
(100.00 %)		 257,066
(2.22 %)		 226,514
(14.63 %)		 2,470,334
(38.37 %)		 0
(0 %)		 402,921
(8.45 %)		 21,415
(5.59 %)		 9,843
(0.72 %)
13 bigberry manzanita (GLNDR_RDG_Rd-6 alternate hap 2021)
GCA_019985075.1		 n/a n/a 13,887
(2.34 %)		 44,507
(14.12 %)		 n/a 37.97
(100.00 %)		 0
(0 %)		 120
(0.00 %)		 2,350
(100.00 %)		 250,361
(2.10 %)		 231,118
(13.56 %)		 2,049,366
(44.58 %)		 8
(0.00 %)		 541,706
(10.86 %)		 22,527
(6.34 %)		 9,698
(0.77 %)
14 black abalone (W230 alternate hap 2022)
GCA_022045225.1		 n/a n/a 4,296
(0.30 %)		 40,034
(6.36 %)		 n/a 40.56
(99.99 %)		 0
(0 %)		 732
(0.01 %)		 1,215
(100.00 %)		 403,535
(1.97 %)		 752,639
(17.06 %)		 6,120,213
(35.12 %)		 11
(0.00 %)		 2,239,518
(11.74 %)		 76,007
(2.75 %)		 16,083
(0.58 %)
15 black abalone (W230 primary hap 2022)
GCA_022045235.1		 n/a n/a 4,302
(0.30 %)		 39,190
(6.35 %)		 n/a 40.58
(100.00 %)		 0
(0 %)		 78
(0.00 %)		 81
(100.00 %)		 394,478
(1.94 %)		 742,250
(16.38 %)		 6,127,971
(34.84 %)		 1
(0.00 %)		 2,185,397
(11.44 %)		 75,200
(2.69 %)		 16,174
(0.59 %)
16 black cottonwood (Ptri.A.LA.226.w1 alternate hap 2023)
GCA_028534865.1		 n/a n/a 20,077
(4.66 %)		 43,061
(17.16 %)		 n/a 34.80
(100.00 %)		 0
(0 %)		 33
(0.00 %)		 338
(100.00 %)		 267,110
(2.88 %)		 173,502
(6.32 %)		 2,366,759
(39.61 %)		 0
(0 %)		 279,214
(8.59 %)		 5,093
(4.11 %)		 1,729
(0.14 %)
17 black cottonwood (Ptri.A.LA.226.w1 primary hap 2023)
GCA_028534895.1		 n/a n/a 19,804
(4.58 %)		 42,642
(17.03 %)		 n/a 34.85
(100.00 %)		 0
(0 %)		 26
(0.00 %)		 132
(100.00 %)		 265,925
(2.85 %)		 174,688
(6.70 %)		 2,359,101
(40.07 %)		 1
(0.00 %)		 298,817
(9.06 %)		 4,963
(4.10 %)		 1,643
(0.13 %)
18 black perch (LCO1_2020_lvr alternate hap 2022)
GCA_022578405.1		 n/a n/a 31,847
(2.01 %)		 153,565
(6.53 %)		 n/a 41.78
(99.99 %)		 639
(0.00 %)		 639
(0.00 %)		 63,422
(100.00 %)		 2,786,840
(18.28 %)		 1,016,389
(7.50 %)		 8,844,631
(26.90 %)		 18
(0.00 %)		 1,160,777
(4.13 %)		 130,556
(4.42 %)		 82,861
(2.07 %)
19 black perch (LCO1_2020_lvr primary hap 2022)
GCA_022577435.1		 n/a n/a 14,991
(3.02 %)		 47,106
(6.98 %)		 n/a 41.61
(100.00 %)		 0
(0 %)		 234
(0.00 %)		 230
(100.00 %)		 1,017,149
(18.99 %)		 360,899
(8.75 %)		 3,761,526
(28.91 %)		 0
(0 %)		 469,043
(4.64 %)		 48,360
(4.43 %)		 30,659
(2.05 %)
20 Blainville's horned lizard (alternate hap 2022)
GCA_026167975.1		 n/a n/a 12,696
(0.93 %)		 14,818
(1.50 %)		 n/a 41.27
(100.00 %)		 0
(0 %)		 64
(0.00 %)		 52
(100.00 %)		 1,468,805
(6.73 %)		 739,796
(3.28 %)		 10,900,584
(40.56 %)		 1
(0.00 %)		 625,575
(2.40 %)		 76,786
(1.60 %)		 9,543
(0.21 %)
21 Blainville's horned lizard (primary hap 2022)
GCA_026167985.1		 n/a n/a 13,944
(0.92 %)		 16,009
(1.45 %)		 n/a 41.21
(100.00 %)		 0
(0 %)		 73
(0.00 %)		 78
(100.00 %)		 1,636,825
(6.67 %)		 826,053
(3.24 %)		 12,398,166
(40.90 %)		 0
(0 %)		 690,267
(2.36 %)		 86,825
(1.61 %)		 10,396
(0.20 %)
22 bobcat (Redwood Valley CCGP_SWC_20201006 alternate hap 2022)
GCA_022079275.1		 n/a n/a 24,877
(1.23 %)		 48,382
(1.39 %)		 n/a 42.05
(99.98 %)		 4,716
(0.01 %)		 4,716
(0.01 %)		 72,827
(99.99 %)		 6,403,412
(33.31 %)		 1,269,531
(1.94 %)		 17,771,689
(33.82 %)		 79
(0.00 %)		 706,367
(3.07 %)		 100,915
(3.00 %)		 90,223
(2.05 %)
23 bobcat (Redwood Valley CCGP_SWC_20201006 primary hap 2022)
GCF_022079265.1		 45,362
(2.39 %)		 n/a 18,576
(1.65 %)		 20,510
(1.41 %)		 n/a 41.80
(100.00 %)		 0
(0 %)		 24
(0.00 %)		 75
(100.00 %)		 4,970,082
(43.28 %)		 894,002
(1.80 %)		 13,648,384
(34.21 %)		 0
(0 %)		 602,631
(1.69 %)		 69,211
(2.68 %)		 63,384
(2.18 %)
24 Botta's pocket gopher (bottae MVZ:Mamm:240275 alternate hap 2022)
GCA_024803775.1		 n/a n/a 18,647
(0.96 %)		 23,998
(1.13 %)		 n/a 41.67
(100.00 %)		 0
(0 %)		 124
(0.00 %)		 3,340
(100.00 %)		 3,775,862
(22.40 %)		 1,257,803
(21.71 %)		 9,347,543
(61.85 %)		 0
(0 %)		 9,701,648
(16.46 %)		 33,757
(1.35 %)		 24,065
(0.48 %)
25 Botta's pocket gopher (bottae MVZ:Mamm:240275 primary hap 2022)
GCA_024803745.1		 n/a n/a 17,791
(1.12 %)		 22,667
(1.29 %)		 n/a 41.66
(100.00 %)		 106
(0.00 %)		 106
(0.00 %)		 2,898
(100.00 %)		 6,293,452
(41.30 %)		 1,076,688
(17.94 %)		 8,553,272
(57.13 %)		 1
(0.00 %)		 6,983,927
(14.02 %)		 31,102
(1.31 %)		 23,419
(0.57 %)
26 California black rail (168171201 alternate hap 2022)
GCA_022605925.1		 n/a n/a 11,551
(1.57 %)		 22,390
(2.09 %)		 n/a 44.21
(99.99 %)		 0
(0 %)		 1,672
(0.01 %)		 3,563
(100.00 %)		 465,417
(6.39 %)		 218,050
(11.40 %)		 4,588,632
(30.42 %)		 22
(0.00 %)		 672,136
(5.44 %)		 22,622
(2.16 %)		 17,533
(1.11 %)
27 California black rail (168171201 primary hap 2022)
GCA_022605575.1		 n/a n/a 12,725
(1.54 %)		 24,572
(2.13 %)		 n/a 43.81
(100.00 %)		 319
(0.00 %)		 319
(0.00 %)		 964
(100.00 %)		 522,782
(6.36 %)		 226,563
(14.09 %)		 5,497,483
(32.27 %)		 2
(0.00 %)		 642,907
(3.88 %)		 24,529
(1.77 %)		 18,290
(0.98 %)
28 California black walnut (Jcal.S.LA.6 alternate hap 2022)
GCA_023349545.1		 n/a n/a 18,729
(3.22 %)		 57,374
(16.70 %)		 n/a 36.81
(100.00 %)		 0
(0 %)		 78
(0.00 %)		 915
(100.00 %)		 421,731
(3.42 %)		 300,957
(5.54 %)		 2,794,242
(34.11 %)		 1
(0.00 %)		 264,077
(5.33 %)		 25,348
(3.39 %)		 12,668
(0.88 %)
29 California black walnut (Jcal.S.LA.6 primary hap 2022)
GCA_023349395.1		 n/a n/a 18,579
(3.26 %)		 56,295
(16.71 %)		 n/a 36.92
(100.00 %)		 0
(0 %)		 11
(0.00 %)		 138
(100.00 %)		 414,129
(3.48 %)		 293,951
(5.95 %)		 3,055,420
(34.96 %)		 0
(0 %)		 267,374
(5.36 %)		 24,749
(4.05 %)		 12,091
(0.87 %)
30 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 alternate hap 2022)
GCA_022578425.1		 n/a n/a 13,973
(0.70 %)		 47,231
(2.71 %)		 n/a 41.26
(99.97 %)		 5,955
(0.03 %)		 5,955
(0.03 %)		 60,824
(99.97 %)		 1,793,416
(10.43 %)		 1,374,078
(8.30 %)		 10,043,407
(46.03 %)		 154
(0.01 %)		 1,546,579
(5.96 %)		 89,437
(4.63 %)		 31,854
(0.83 %)
31 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 primary hap 2022)
GCA_022577455.1		 n/a n/a 13,386
(1.04 %)		 21,767
(2.35 %)		 n/a 40.56
(100.00 %)		 0
(0 %)		 256
(0.00 %)		 140
(100.00 %)		 1,354,500
(9.93 %)		 998,712
(8.21 %)		 8,504,468
(46.70 %)		 1
(0.00 %)		 1,050,266
(4.14 %)		 78,768
(3.37 %)		 28,516
(0.88 %)
32 California mussel (2022)
GCF_021869535.1		 69,448
(5.73 %)		 n/a 3,748
(0.18 %)		 14,386
(2.51 %)		 n/a 32.57
(100.00 %)		 0
(0 %)		 324
(0.00 %)		 175
(100.00 %)		 561,079
(1.48 %)		 717,508
(12.92 %)		 10,426,901
(47.53 %)		 8
(0.00 %)		 1,743,633
(8.60 %)		 1,981
(0.06 %)		 675
(0.02 %)
33 California mussel (M0D057914Y alternate hap 2022)
GCA_021869935.1		 n/a n/a 4,619
(0.15 %)		 33,711
(2.56 %)		 n/a 32.57
(100.00 %)		 140
(0.00 %)		 140
(0.00 %)		 38,455
(100.00 %)		 779,750
(1.60 %)		 999,035
(14.00 %)		 13,721,847
(48.79 %)		 0
(0 %)		 2,254,767
(8.49 %)		 2,226
(0.11 %)		 900
(0.02 %)
34 California quail (MVZ:Bird:193975 alternate hap 2022)
GCA_023055725.1		 n/a n/a 12,948
(1.71 %)		 24,838
(2.01 %)		 n/a 43.36
(100.00 %)		 0
(0 %)		 248
(0.00 %)		 1,601
(100.00 %)		 1,359,516
(35.69 %)		 599,039
(11.78 %)		 3,454,101
(36.94 %)		 0
(0 %)		 1,581,379
(8.33 %)		 36,496
(2.55 %)		 20,012
(1.18 %)
35 California quail (MVZ:Bird:193975 primary hap 2022)
GCA_023055505.1		 n/a n/a 12,718
(2.12 %)		 23,363
(2.40 %)		 n/a 42.23
(100.00 %)		 287
(0.00 %)		 287
(0.00 %)		 608
(100.00 %)		 881,563
(19.85 %)		 308,707
(5.50 %)		 5,409,060
(25.34 %)		 1
(0.00 %)		 573,425
(4.09 %)		 25,268
(2.42 %)		 19,569
(1.39 %)
36 California scrub oak (Qber.S.LA.60 alternate hap 2023)
GCA_028535905.1		 n/a n/a 16,153
(1.86 %)		 68,653
(14.03 %)		 n/a 35.79
(100.00 %)		 0
(0 %)		 43
(0.00 %)		 807
(100.00 %)		 783,798
(4.17 %)		 456,025
(10.87 %)		 4,951,918
(40.76 %)		 2
(0.00 %)		 725,680
(8.19 %)		 21,783
(2.16 %)		 9,330
(0.43 %)
37 California scrub oak (Qber.S.LA.60 primary hap 2023)
GCA_028535815.1		 n/a n/a 15,836
(1.90 %)		 66,803
(13.99 %)		 n/a 35.77
(100.00 %)		 0
(0 %)		 32
(0.00 %)		 283
(100.00 %)		 762,029
(4.24 %)		 448,099
(10.97 %)		 4,784,968
(41.07 %)		 0
(0 %)		 695,512
(8.10 %)		 20,384
(2.28 %)		 8,472
(0.39 %)
38 California sheephead (SPU_LCO1_2020_fin alternate hap 2022)
GCA_022749735.1		 n/a n/a 19,842
(2.16 %)		 72,007
(6.04 %)		 n/a 41.70
(99.97 %)		 2,679
(0.02 %)		 2,679
(0.02 %)		 15,877
(99.98 %)		 1,911,945
(24.70 %)		 364,933
(8.56 %)		 6,201,042
(32.00 %)		 26
(0.00 %)		 834,109
(8.34 %)		 39,114
(1.56 %)		 17,823
(0.57 %)
39 California sheephead (SPU_LCO1_2020_fin primary hap 2022)
GCA_022749685.1		 n/a n/a 15,277
(2.46 %)		 46,371
(5.95 %)		 n/a 41.58
(100.00 %)		 0
(0 %)		 8
(0.00 %)		 179
(100.00 %)		 1,369,186
(24.73 %)		 232,889
(8.56 %)		 4,426,065
(31.90 %)		 0
(0 %)		 469,842
(4.88 %)		 27,134
(1.64 %)		 12,518
(0.55 %)
40 California vole (kernensis MVZ Mamm 240107 primary hap 2023)
GCA_028537955.1		 n/a n/a 19,681
(1.86 %)		 21,257
(1.62 %)		 n/a 42.24
(100.00 %)		 0
(0 %)		 51
(0.00 %)		 350
(100.00 %)		 4,957,057
(42.33 %)		 943,226
(5.63 %)		 11,695,871
(33.83 %)		 0
(0 %)		 1,058,642
(2.90 %)		 20,062
(0.64 %)		 18,632
(0.53 %)
41 California vole (kernensis MVZ Mamm 240107 alternate hap 2023)
GCA_028537755.1		 n/a n/a 19,409
(1.86 %)		 20,578
(1.69 %)		 n/a 42.43
(100.00 %)		 0
(0 %)		 43
(0.00 %)		 310
(100.00 %)		 3,161,054
(22.60 %)		 891,453
(5.62 %)		 11,087,206
(33.12 %)		 0
(0 %)		 957,188
(2.77 %)		 19,104
(0.65 %)		 16,548
(0.48 %)
42 gopher snake (HBS135680 alternate hap 2023)
GCA_029215685.1		 n/a n/a 12,291
(1.06 %)		 19,125
(2.02 %)		 n/a 40.55
(100.00 %)		 584
(0.00 %)		 584
(0.00 %)		 1,233
(100.00 %)		 1,259,781
(7.92 %)		 925,571
(7.56 %)		 7,739,320
(45.92 %)		 3
(0.00 %)		 840,495
(4.04 %)		 73,681
(2.81 %)		 26,366
(0.92 %)
43 gopher snake (HBS135680 primary hap 2023)
GCA_029215655.1		 n/a n/a 13,289
(1.09 %)		 20,513
(2.09 %)		 n/a 40.35
(100.00 %)		 603
(0.00 %)		 603
(0.00 %)		 1,029
(100.00 %)		 1,325,747
(8.26 %)		 973,338
(7.56 %)		 8,352,703
(45.38 %)		 4
(0.00 %)		 888,155
(3.86 %)		 72,941
(2.59 %)		 27,387
(0.91 %)
44 interior live oak (QUWIS_CCGP_1 alternate hap 2022)
GCA_023055485.1		 n/a n/a 16,184
(2.02 %)		 66,215
(14.16 %)		 n/a 35.37
(100.00 %)		 0
(0 %)		 82
(0.00 %)		 689
(100.00 %)		 739,891
(4.58 %)		 435,389
(7.62 %)		 4,843,419
(38.03 %)		 1
(0.00 %)		 573,724
(7.60 %)		 13,298
(2.56 %)		 7,653
(0.38 %)
45 interior live oak (QUWIS_CCGP_1 primary hap 2022)
GCA_023055345.1		 n/a n/a 15,832
(2.09 %)		 63,488
(14.36 %)		 n/a 35.19
(100.00 %)		 0
(0 %)		 81
(0.00 %)		 358
(100.00 %)		 703,028
(4.29 %)		 399,798
(6.48 %)		 4,662,881
(36.96 %)		 1
(0.00 %)		 508,474
(6.86 %)		 12,534
(1.92 %)		 7,167
(0.36 %)
46 island oak (RSA801373 alternate hap 2023)
GCA_028535165.1		 n/a n/a 15,893
(1.97 %)		 68,998
(15.27 %)		 n/a 35.87
(100.00 %)		 0
(0 %)		 53
(0.00 %)		 156
(100.00 %)		 746,424
(4.43 %)		 451,117
(7.39 %)		 4,820,434
(38.55 %)		 0
(0 %)		 642,456
(7.81 %)		 20,367
(2.62 %)		 9,619
(0.45 %)
47 island oak (RSA801373 primary hap 2023)
GCA_028535515.1		 n/a n/a 15,880
(1.95 %)		 69,093
(15.25 %)		 n/a 35.97
(100.00 %)		 0
(0 %)		 53
(0.00 %)		 274
(100.00 %)		 751,691
(4.60 %)		 457,914
(7.61 %)		 4,850,082
(38.95 %)		 0
(0 %)		 656,668
(8.21 %)		 20,561
(3.01 %)		 9,683
(0.46 %)
48 little pocket mouse (longimembris alternate hap 2022)
GCA_024363435.1		 n/a n/a 19,150
(1.52 %)		 23,435
(1.64 %)		 n/a 42.08
(100.00 %)		 0
(0 %)		 229
(0.00 %)		 718
(100.00 %)		 n/a 1,051,300
(12.43 %)		 9,858,628
(43.20 %)		 3
(0.00 %)		 1,828,018
(5.83 %)		 48,101
(2.62 %)		 48,908
(1.62 %)
49 little pocket mouse (longimembris primary hap 2022)
GCA_024363575.1		 n/a n/a 19,760
(1.50 %)		 24,317
(1.63 %)		 n/a 42.09
(100.00 %)		 0
(0 %)		 215
(0.00 %)		 1,135
(100.00 %)		 3,913,744
(28.43 %)		 1,095,577
(12.70 %)		 10,273,833
(43.74 %)		 2
(0.00 %)		 1,919,880
(5.85 %)		 49,636
(2.61 %)		 49,755
(1.59 %)
50 longjawed orb weaver (CCGP_RG_IND1 alternate hap 2022)
GCA_024610695.1		 n/a n/a 4,122
(0.31 %)		 22,945
(4.19 %)		 n/a 33.56
(100.00 %)		 0
(0 %)		 122
(0.00 %)		 539
(100.00 %)		 279,359
(1.39 %)		 338,628
(6.57 %)		 6,819,372
(52.63 %)		 1
(0.00 %)		 397,528
(4.16 %)		 33,186
(1.59 %)		 22,665
(0.86 %)
51 longjawed orb weaver (CCGP_RG_IND1 primary hap 2022)
GCA_024610705.1		 n/a n/a 3,914
(0.31 %)		 23,705
(4.23 %)		 n/a 33.54
(100.00 %)		 127
(0.00 %)		 127
(0.00 %)		 301
(100.00 %)		 276,088
(1.30 %)		 326,785
(6.20 %)		 7,053,429
(52.56 %)		 6
(0.00 %)		 384,265
(3.73 %)		 34,376
(1.62 %)		 22,881
(0.88 %)
52 Merriam's kangaroo rat (MVZ:Mamm:240054 alternate hap 2022)
GCA_024711525.1		 n/a n/a 18,555
(1.22 %)		 24,508
(1.35 %)		 n/a 42.04
(100.00 %)		 0
(0 %)		 181
(0.00 %)		 3,482
(100.00 %)		 6,419,007
(53.84 %)		 1,384,128
(15.63 %)		 11,486,822
(50.51 %)		 2
(0.00 %)		 4,107,493
(7.03 %)		 38,521
(1.60 %)		 33,680
(1.03 %)
53 Merriam's kangaroo rat (MVZ:Mamm:240054 primary hap 2022)
GCA_024711535.1		 n/a n/a 21,281
(1.16 %)		 28,592
(1.34 %)		 n/a 42.27
(100.00 %)		 0
(0 %)		 182
(0.00 %)		 4,354
(100.00 %)		 4,378,955
(29.66 %)		 1,568,842
(17.75 %)		 12,889,786
(51.96 %)		 1
(0.00 %)		 5,252,588
(7.78 %)		 46,167
(1.71 %)		 38,895
(0.74 %)
54 monkeyface prickleback (CVI_PGR_0920_01 alternate hap 2022)
GCA_023349535.1		 n/a n/a 15,176
(3.17 %)		 47,458
(7.48 %)		 n/a 42.05
(99.99 %)		 0
(0 %)		 927
(0.02 %)		 486
(100.00 %)		 1,167,409
(26.98 %)		 438,114
(8.08 %)		 3,351,987
(27.25 %)		 3
(0.00 %)		 441,989
(4.98 %)		 45,298
(3.39 %)		 29,915
(1.90 %)
55 monkeyface prickleback (CVI_PGR_0920_01 primary hap 2022)
GCA_023349555.1		 n/a n/a 14,480
(3.19 %)		 44,951
(7.47 %)		 n/a 42.05
(99.98 %)		 0
(0 %)		 936
(0.02 %)		 725
(100.00 %)		 1,101,582
(26.86 %)		 415,846
(8.16 %)		 3,162,480
(27.08 %)		 5
(0.00 %)		 417,783
(4.94 %)		 42,657
(3.44 %)		 28,222
(1.89 %)
56 North American deer mouse (MVZ:Mamm:240117 alternate hap 2022)
GCA_026167925.1		 n/a n/a 19,342
(1.57 %)		 20,947
(1.48 %)		 n/a 42.40
(100.00 %)		 0
(0 %)		 229
(0.00 %)		 1,006
(100.00 %)		 4,161,568
(23.13 %)		 1,278,205
(8.22 %)		 13,148,019
(37.60 %)		 1
(0.00 %)		 1,208,815
(3.32 %)		 23,523
(0.71 %)		 19,170
(0.46 %)
57 North American deer mouse (MVZ:Mamm:240117 primary hap 2022)
GCA_026229955.1		 n/a n/a 19,700
(1.54 %)		 22,354
(1.46 %)		 n/a 42.19
(100.00 %)		 244
(0.00 %)		 244
(0.00 %)		 2,082
(100.00 %)		 6,089,884
(47.99 %)		 1,358,786
(9.39 %)		 13,799,349
(39.08 %)		 3
(0.00 %)		 1,511,691
(3.84 %)		 24,733
(0.70 %)		 22,588
(0.58 %)
58 northern elephant seal (CCGP_5_RB_7025 alternate hap 2023)
GCA_029215635.1		 n/a n/a 19,340
(1.59 %)		 19,732
(1.37 %)		 n/a 41.91
(100.00 %)		 60
(0.00 %)		 60
(0.00 %)		 482
(100.00 %)		 4,365,070
(34.26 %)		 627,639
(2.43 %)		 13,174,494
(35.47 %)		 2
(0.00 %)		 866,044
(2.39 %)		 74,314
(2.49 %)		 44,405
(1.17 %)
59 northern elephant seal (CCGP_5_RB_7025 primary hap 2023)
GCA_029215605.1		 n/a n/a 19,278
(1.60 %)		 19,908
(1.39 %)		 n/a 41.84
(100.00 %)		 98
(0.00 %)		 98
(0.00 %)		 596
(100.00 %)		 4,348,333
(34.40 %)		 621,985
(2.21 %)		 13,251,768
(35.32 %)		 0
(0 %)		 811,715
(2.28 %)		 69,898
(2.38 %)		 44,044
(1.16 %)
60 northern rubber boa (HBS 135849 alternate hap 2022)
GCA_023362785.1		 n/a n/a 12,816
(1.09 %)		 18,099
(1.83 %)		 n/a 41.86
(100.00 %)		 0
(0 %)		 84
(0.00 %)		 224
(100.00 %)		 1,081,107
(4.01 %)		 728,703
(4.64 %)		 6,961,724
(42.46 %)		 1
(0.00 %)		 702,049
(3.73 %)		 128,617
(3.90 %)		 25,981
(1.05 %)
61 northern rubber boa (HBS 135849 primary hap 2022)
GCA_023362775.1		 n/a n/a 13,531
(1.08 %)		 18,971
(1.81 %)		 n/a 41.83
(100.00 %)		 0
(0 %)		 85
(0.00 %)		 289
(100.00 %)		 1,138,891
(3.99 %)		 798,941
(5.00 %)		 7,476,142
(42.85 %)		 1
(0.00 %)		 757,393
(3.80 %)		 135,874
(3.88 %)		 27,035
(1.02 %)
62 Northwestern pond turtle (WTP2003 alternate hap 2022)
GCA_022086895.1		 n/a n/a 14,212
(1.00 %)		 20,203
(1.65 %)		 n/a 44.72
(99.99 %)		 0
(0 %)		 1,800
(0.01 %)		 2,508
(100.00 %)		 4,246,095
(48.91 %)		 442,393
(1.88 %)		 10,453,096
(35.71 %)		 43
(0.00 %)		 450,873
(2.62 %)		 134,572
(3.12 %)		 28,350
(0.78 %)
63 Northwestern pond turtle (WTP2003 primary hap 2022)
GCA_022086475.1		 n/a n/a 14,862
(1.02 %)		 19,830
(1.62 %)		 n/a 44.76
(100.00 %)		 0
(0 %)		 148
(0.00 %)		 48
(100.00 %)		 4,413,681
(48.88 %)		 459,701
(1.92 %)		 11,014,102
(35.89 %)		 1
(0.00 %)		 468,618
(2.09 %)		 141,800
(3.08 %)		 30,071
(0.78 %)
64 puma (L17-30 alternate hap 2023)
GCA_028749965.1		 n/a n/a 18,380
(1.53 %)		 20,701
(1.40 %)		 n/a 41.91
(100.00 %)		 96
(0.00 %)		 96
(0.00 %)		 304
(100.00 %)		 4,881,674
(33.96 %)		 978,817
(2.17 %)		 13,422,986
(35.08 %)		 0
(0 %)		 741,350
(2.01 %)		 69,437
(2.62 %)		 59,105
(1.71 %)
65 puma (L17-30 primary hap 2023)
GCA_028749985.1		 n/a n/a 17,553
(1.53 %)		 19,299
(1.39 %)		 n/a 41.89
(100.00 %)		 134
(0.00 %)		 134
(0.00 %)		 390
(100.00 %)		 4,629,539
(33.53 %)		 919,008
(2.02 %)		 12,766,157
(34.70 %)		 0
(0 %)		 673,940
(1.93 %)		 65,437
(2.53 %)		 55,660
(1.67 %)
66 red abalone (VD_foot alternate hap 2022)
GCA_023055495.1		 n/a n/a 4,327
(0.26 %)		 45,506
(6.24 %)		 n/a 40.83
(100.00 %)		 0
(0 %)		 132
(0.00 %)		 362
(100.00 %)		 448,911
(2.00 %)		 879,664
(20.84 %)		 6,092,284
(40.01 %)		 5
(0.00 %)		 3,019,705
(13.55 %)		 91,283
(2.95 %)		 16,130
(0.49 %)
67 red abalone (VD_foot primary hap 2022)
GCF_023055435.1		 63,228
(7.41 %)		 n/a 4,344
(0.27 %)		 44,681
(6.50 %)		 70,020
(7.48 %)		 40.86
(100.00 %)		 0
(0 %)		 154
(0.00 %)		 615
(100.00 %)		 439,431
(2.00 %)		 849,933
(20.72 %)		 6,526,155
(36.38 %)		 1
(0.00 %)		 2,915,220
(13.49 %)		 89,108
(2.99 %)		 18,130
(0.64 %)
68 Ringneck snake (HBS135679 primary hap 2022)
GCA_023053685.1		 n/a n/a 13,357
(1.06 %)		 20,426
(1.94 %)		 n/a 41.20
(100.00 %)		 0
(0 %)		 723
(0.00 %)		 444
(100.00 %)		 1,451,537
(9.36 %)		 1,095,484
(10.35 %)		 7,870,309
(48.66 %)		 4
(0.00 %)		 1,107,317
(4.55 %)		 142,495
(4.04 %)		 27,514
(0.84 %)
69 sage sparrow (canescens MVZ Bird 192114 alternate hap 2022)
GCA_021966175.1		 n/a n/a 16,893
(1.07 %)		 43,426
(1.70 %)		 n/a 44.67
(100.00 %)		 12
(0.00 %)		 12
(0.00 %)		 43,047
(100.00 %)		 1,180,596
(3.55 %)		 1,932,696
(16.57 %)		 6,340,063
(43.85 %)		 0
(0 %)		 3,356,221
(11.63 %)		 66,996
(3.45 %)		 35,172
(0.95 %)
70 sage sparrow (canescens MVZ Bird 192114 primary hap 2022)
GCA_021963965.1		 n/a n/a 12,804
(1.50 %)		 25,425
(1.97 %)		 n/a 43.46
(100.00 %)		 0
(0 %)		 200
(0.00 %)		 1,339
(100.00 %)		 699,755
(3.36 %)		 1,030,540
(15.69 %)		 5,226,748
(36.13 %)		 1
(0.00 %)		 1,577,345
(8.39 %)		 36,539
(2.71 %)		 22,856
(0.98 %)
71 San Diegan legless lizard (HBS135921 alternate hap 2023)
GCA_029215795.1		 n/a n/a 14,039
(1.09 %)		 19,528
(1.85 %)		 n/a 43.71
(100.00 %)		 31
(0.00 %)		 31
(0.00 %)		 122
(100.00 %)		 1,307,065
(5.31 %)		 672,219
(3.50 %)		 9,949,858
(39.30 %)		 0
(0 %)		 671,520
(3.09 %)		 83,890
(3.97 %)		 26,657
(0.80 %)
72 San Diegan legless lizard (HBS135921 primary hap 2023)
GCA_029215775.1		 n/a n/a 14,065
(1.09 %)		 19,430
(1.84 %)		 n/a 43.71
(100.00 %)		 21
(0.00 %)		 21
(0.00 %)		 155
(100.00 %)		 1,307,771
(5.32 %)		 672,054
(3.42 %)		 9,846,806
(39.03 %)		 0
(0 %)		 665,794
(3.10 %)		 83,805
(3.99 %)		 26,762
(0.80 %)
73 San Diegan tiger whiptail (HBS 135688 alternate hap 2022)
GCA_023333555.1		 n/a n/a 13,288
(1.15 %)		 18,137
(1.98 %)		 n/a 43.29
(100.00 %)		 0
(0 %)		 44
(0.00 %)		 227
(100.00 %)		 909,096
(6.37 %)		 544,302
(5.70 %)		 8,280,652
(39.20 %)		 3
(0.00 %)		 970,374
(3.95 %)		 51,923
(2.21 %)		 19,861
(0.82 %)
74 San Diegan tiger whiptail (HBS 135688 primary hap 2022)
GCA_023333525.1		 n/a n/a 10,727
(1.18 %)		 14,669
(1.99 %)		 n/a 43.32
(100.00 %)		 39
(0.00 %)		 39
(0.00 %)		 113
(100.00 %)		 741,937
(6.29 %)		 448,194
(5.60 %)		 7,227,870
(36.97 %)		 0
(0 %)		 769,111
(3.76 %)		 42,621
(2.15 %)		 17,889
(0.90 %)
75 San Diego alligator lizard (HBS135686 alternate hap 2022)
GCA_023053675.1		 n/a n/a 14,107
(1.14 %)		 19,600
(1.95 %)		 n/a 43.58
(100.00 %)		 0
(0 %)		 27
(0.00 %)		 627
(100.00 %)		 1,563,836
(7.79 %)		 758,521
(4.15 %)		 9,213,810
(40.44 %)		 0
(0 %)		 884,432
(3.64 %)		 81,126
(2.79 %)		 27,960
(0.83 %)
76 San Diego alligator lizard (HBS135686 primary hap 2022)
GCA_023053635.1		 n/a n/a 14,075
(1.15 %)		 19,587
(1.99 %)		 n/a 43.52
(100.00 %)		 0
(0 %)		 23
(0.00 %)		 85
(100.00 %)		 1,577,744
(7.81 %)		 774,690
(3.78 %)		 9,248,062
(40.42 %)		 0
(0 %)		 832,326
(3.45 %)		 80,183
(2.48 %)		 27,587
(0.82 %)
77 San Diego ringneck snake (HBS135679 alternate hap 2022)
GCA_023053665.1		 n/a n/a 10,911
(1.00 %)		 17,586
(1.79 %)		 n/a 41.17
(100.00 %)		 0
(0 %)		 572
(0.00 %)		 2,064
(100.00 %)		 1,265,045
(10.30 %)		 989,149
(13.38 %)		 6,503,035
(50.62 %)		 0
(0 %)		 1,261,338
(5.60 %)		 123,274
(4.17 %)		 23,159
(0.83 %)
78 sandblossoms (Phelan CA IGA184 alternate hap 2022)
GCA_023055565.1		 n/a n/a 14,138
(0.74 %)		 125,370
(12.27 %)		 n/a 40.18
(100.00 %)		 0
(0 %)		 149
(0.00 %)		 581
(100.00 %)		 655,331
(1.73 %)		 500,899
(4.88 %)		 7,172,490
(54.24 %)		 0
(0 %)		 1,964,428
(14.05 %)		 140,800
(5.87 %)		 37,685
(0.83 %)
79 sandblossoms (Phelan CA IGA184 primary hap 2022)
GCA_023055425.1		 n/a n/a 15,588
(0.93 %)		 117,831
(12.94 %)		 n/a 40.08
(100.00 %)		 0
(0 %)		 85
(0.00 %)		 123
(100.00 %)		 597,532
(1.81 %)		 430,194
(3.80 %)		 6,075,115
(49.91 %)		 0
(0 %)		 1,442,089
(12.90 %)		 129,512
(5.41 %)		 37,172
(1.01 %)
80 Savannah sparrow (FMNH 499929 alternate hap 2022)
GCA_022578375.1		 n/a n/a 16,954
(1.37 %)		 46,692
(2.27 %)		 n/a 43.66
(99.99 %)		 1,822
(0.01 %)		 1,822
(0.01 %)		 31,565
(99.99 %)		 680,766
(3.36 %)		 930,904
(8.76 %)		 7,502,726
(27.96 %)		 14
(0.00 %)		 1,172,923
(6.11 %)		 56,390
(5.99 %)		 34,310
(1.12 %)
81 Savannah sparrow (FMNH 499929 primary hap 2022)
GCA_022577445.1		 n/a n/a 12,665
(1.79 %)		 25,654
(2.40 %)		 n/a 43.10
(100.00 %)		 0
(0 %)		 339
(0.00 %)		 337
(100.00 %)		 428,675
(3.22 %)		 588,040
(7.38 %)		 6,466,447
(24.39 %)		 1
(0.00 %)		 659,720
(4.05 %)		 33,599
(4.75 %)		 24,129
(1.22 %)
82 song sparrow (gouldii PMB2087b alternate hap 2022)
GCA_022749775.1		 n/a n/a 15,672
(1.16 %)		 40,690
(1.82 %)		 n/a 45.19
(100.00 %)		 5
(0.00 %)		 5
(0.00 %)		 34,693
(100.00 %)		 1,068,703
(34.46 %)		 796,004
(19.02 %)		 6,315,990
(40.22 %)		 0
(0 %)		 2,681,702
(10.34 %)		 57,647
(3.95 %)		 31,590
(0.98 %)
83 song sparrow (gouldii PMB2087b primary hap 2022)
GCA_022749695.1		 n/a n/a 12,580
(1.53 %)		 24,737
(2.00 %)		 n/a 44.45
(100.00 %)		 0
(0 %)		 323
(0.00 %)		 501
(100.00 %)		 697,818
(28.44 %)		 510,301
(17.90 %)		 5,319,400
(34.64 %)		 0
(0 %)		 1,574,309
(8.28 %)		 36,632
(3.59 %)		 22,552
(0.99 %)
84 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 alternate hap 2022)
GCA_024509165.1		 n/a n/a 13,381
(1.17 %)		 19,541
(1.96 %)		 n/a 39.82
(100.00 %)		 0
(0 %)		 34
(0.00 %)		 340
(100.00 %)		 1,137,408
(8.97 %)		 740,163
(7.59 %)		 7,520,676
(44.43 %)		 0
(0 %)		 1,047,648
(4.87 %)		 47,268
(1.61 %)		 21,885
(0.78 %)
85 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 primary hap 2022)
GCA_024509115.1		 n/a n/a 12,626
(1.16 %)		 18,965
(1.95 %)		 n/a 40.05
(99.99 %)		 443
(0.01 %)		 443
(0.01 %)		 1,139
(99.99 %)		 1,095,605
(9.34 %)		 713,734
(8.45 %)		 6,942,208
(44.93 %)		 3
(0.00 %)		 1,092,536
(5.56 %)		 46,378
(2.04 %)		 21,510
(0.80 %)
86 Southwestern pond turtle (HBS135687 alternate hap 2022)
GCA_023634275.1		 n/a n/a 14,998
(0.98 %)		 20,146
(1.60 %)		 n/a 44.84
(100.00 %)		 64
(0.00 %)		 64
(0.00 %)		 324
(100.00 %)		 1,562,785
(12.68 %)		 484,638
(2.00 %)		 11,089,433
(36.29 %)		 0
(0 %)		 512,269
(2.30 %)		 143,601
(3.21 %)		 30,649
(0.71 %)
87 Southwestern pond turtle (HBS135687 primary hap 2022)
GCA_023634205.1		 n/a n/a 14,971
(0.99 %)		 19,756
(1.60 %)		 n/a 44.77
(100.00 %)		 53
(0.00 %)		 53
(0.00 %)		 106
(100.00 %)		 1,545,155
(12.63 %)		 465,697
(1.95 %)		 11,181,681
(36.13 %)		 0
(0 %)		 476,831
(2.14 %)		 142,383
(3.05 %)		 30,737
(0.72 %)
88 starburst anemone (CCGP_MDBC_AS_20200803 alternate hap 2022)
GCA_023349385.1		 n/a n/a 3,493
(0.86 %)		 16,502
(12.72 %)		 n/a 37.73
(100.00 %)		 0
(0 %)		 110
(0.00 %)		 556
(100.00 %)		 165,912
(5.45 %)		 167,426
(15.62 %)		 1,713,723
(35.27 %)		 1
(0.00 %)		 418,968
(11.24 %)		 3,596
(2.48 %)		 1,550
(0.24 %)
89 starburst anemone (CCGP_MDBC_AS_20200803 primary hap 2022)
GCA_023349425.1		 n/a n/a 3,234
(0.87 %)		 16,114
(12.90 %)		 n/a 37.68
(100.00 %)		 0
(0 %)		 98
(0.00 %)		 270
(100.00 %)		 156,950
(5.07 %)		 160,481
(15.24 %)		 1,630,122
(34.14 %)		 1
(0.00 %)		 396,357
(10.94 %)		 3,498
(2.09 %)		 1,417
(0.24 %)
90 starfish (M0D059179O alternate hap 2022)
GCA_023634265.1		 n/a n/a 4,164
(0.70 %)		 22,980
(8.01 %)		 n/a 39.54
(100.00 %)		 144
(0.00 %)		 144
(0.00 %)		 270
(100.00 %)		 182,992
(1.90 %)		 191,085
(11.43 %)		 2,972,705
(35.44 %)		 2
(0.00 %)		 424,602
(6.73 %)		 17,396
(1.60 %)		 9,288
(0.72 %)
91 starfish (M0D059179O primary hap 2022)
GCA_023634235.1		 n/a n/a 4,157
(0.65 %)		 24,415
(7.82 %)		 n/a 39.69
(100.00 %)		 170
(0.00 %)		 170
(0.00 %)		 683
(100.00 %)		 200,158
(1.93 %)		 207,470
(12.81 %)		 3,110,556
(37.19 %)		 0
(0 %)		 482,107
(7.15 %)		 20,323
(1.73 %)		 9,738
(0.69 %)
92 Steller's jay (frontalis alternate hap 2022)
GCA_026168045.1		 n/a n/a 12,217
(1.73 %)		 25,261
(2.32 %)		 n/a 44.10
(100.00 %)		 0
(0 %)		 200
(0.00 %)		 957
(100.00 %)		 423,239
(3.30 %)		 362,061
(4.83 %)		 4,954,262
(27.09 %)		 1
(0.00 %)		 401,578
(3.63 %)		 42,188
(4.05 %)		 23,201
(1.15 %)
93 Steller's jay (frontalis primary hap 2022)
GCA_026167965.1		 n/a n/a 12,789
(1.82 %)		 24,509
(2.35 %)		 n/a 43.18
(100.00 %)		 0
(0 %)		 223
(0.00 %)		 352
(100.00 %)		 413,598
(3.28 %)		 318,919
(3.99 %)		 5,977,564
(23.65 %)		 3
(0.00 %)		 301,786
(2.41 %)		 33,675
(3.21 %)		 24,057
(1.25 %)
94 tidewater goby (DKJ021-1_F 2022)
GCA_026437355.1		 n/a n/a 13,912
(1.87 %)		 62,727
(6.28 %)		 n/a 42.90
(99.99 %)		 0
(0 %)		 894
(0.01 %)		 755
(100.00 %)		 1,981,480
(37.86 %)		 652,950
(27.50 %)		 3,680,829
(47.75 %)		 2
(0.00 %)		 1,877,326
(11.62 %)		 96,414
(8.01 %)		 44,593
(2.17 %)
95 tidewater goby (DKJ021-1_F 2022)
GCA_026437365.1		 n/a n/a 14,276
(1.78 %)		 66,576
(6.32 %)		 n/a 42.96
(99.99 %)		 0
(0 %)		 794
(0.01 %)		 820
(100.00 %)		 2,127,818
(38.86 %)		 708,255
(30.28 %)		 3,809,452
(49.66 %)		 2
(0.00 %)		 2,111,836
(12.18 %)		 101,682
(8.04 %)		 46,739
(2.13 %)
96 Townsend's big-eared bat (haplotype 1 of 2 COTO_CA2020_CCGP 2022)
GCA_026230055.1		 n/a n/a 19,370
(1.77 %)		 21,062
(1.61 %)		 n/a 42.81
(100.00 %)		 219
(0.00 %)		 219
(0.00 %)		 610
(100.00 %)		 2,923,694
(25.49 %)		 772,382
(3.25 %)		 10,654,074
(37.41 %)		 2
(0.00 %)		 500,435
(1.74 %)		 48,226
(2.42 %)		 50,955
(1.88 %)
97 Townsend's big-eared bat (haplotype 2 of 2 COTO_CA2020_CCGP 2022)
GCA_026230045.1		 n/a n/a 18,627
(1.82 %)		 20,108
(1.67 %)		 n/a 42.95
(100.00 %)		 0
(0 %)		 217
(0.00 %)		 182
(100.00 %)		 2,733,927
(24.79 %)		 715,258
(3.17 %)		 10,099,456
(36.35 %)		 1
(0.00 %)		 459,634
(1.69 %)		 47,139
(2.58 %)		 49,626
(1.96 %)
98 toyon (HeAr 88 alternate hap 2022)
GCA_024363235.1		 n/a n/a 22,795
(3.47 %)		 67,418
(16.40 %)		 n/a 38.17
(100.00 %)		 0
(0 %)		 11
(0.00 %)		 75
(100.00 %)		 347,375
(3.07 %)		 304,988
(3.96 %)		 3,119,641
(40.22 %)		 0
(0 %)		 481,094
(9.09 %)		 30,300
(3.29 %)		 15,155
(0.98 %)
99 toyon (HeAr 88 primary hap 2022)
GCA_024362995.1		 n/a n/a 22,897
(3.50 %)		 67,595
(16.43 %)		 n/a 38.12
(100.00 %)		 0
(0 %)		 5
(0.00 %)		 118
(100.00 %)		 344,928
(2.90 %)		 299,566
(3.87 %)		 3,139,734
(39.86 %)		 0
(0 %)		 474,790
(8.82 %)		 30,533
(2.95 %)		 15,260
(0.99 %)
100 tricolored blackbird (1412-34295 alternate hap 2022)
GCA_023055385.1		 n/a n/a 12,203
(1.76 %)		 25,216
(2.40 %)		 n/a 43.65
(100.00 %)		 0
(0 %)		 97
(0.00 %)		 450
(100.00 %)		 430,792
(3.25 %)		 542,908
(5.67 %)		 5,289,916
(24.99 %)		 1
(0.00 %)		 493,641
(3.34 %)		 36,805
(3.52 %)		 22,961
(1.19 %)
101 tricolored blackbird (1412-34295 primary hap 2022)
GCA_023055355.1		 n/a n/a 12,867
(1.81 %)		 26,393
(2.48 %)		 n/a 42.85
(100.00 %)		 97
(0.00 %)		 97
(0.00 %)		 311
(100.00 %)		 429,011
(3.16 %)		 564,849
(5.52 %)		 6,336,716
(23.32 %)		 0
(0 %)		 439,278
(2.62 %)		 33,378
(2.70 %)		 23,687
(1.26 %)
102 valley gartersnake (HBS 135685 alternate hap 2023)
GCA_029207655.1		 n/a n/a 13,267
(1.12 %)		 21,667
(2.38 %)		 n/a 41.05
(100.00 %)		 0
(0 %)		 403
(0.00 %)		 226
(100.00 %)		 1,344,601
(8.29 %)		 1,035,785
(7.00 %)		 8,436,473
(45.10 %)		 2
(0.00 %)		 993,545
(4.30 %)		 82,750
(2.69 %)		 24,526
(0.78 %)
103 valley gartersnake (HBS 135685 primary hap 2023)
GCA_029207665.1		 n/a n/a 12,430
(1.10 %)		 20,286
(2.36 %)		 n/a 41.12
(100.00 %)		 0
(0 %)		 446
(0.00 %)		 413
(100.00 %)		 1,299,478
(9.62 %)		 1,018,398
(8.41 %)		 7,790,758
(46.28 %)		 2
(0.00 %)		 1,063,878
(4.69 %)		 81,352
(2.71 %)		 23,653
(0.79 %)
104 Van Houtte's columbine (alt alternate hap PFEx6 2022)
GCA_023053535.1		 n/a n/a 13,357
(3.39 %)		 37,446
(17.24 %)		 n/a 37.56
(100.00 %)		 0
(0 %)		 63
(0.00 %)		 249
(100.00 %)		 244,573
(10.74 %)		 180,141
(13.98 %)		 1,184,686
(42.28 %)		 0
(0 %)		 428,570
(12.48 %)		 6,470
(2.86 %)		 617
(0.10 %)
105 Van Houtte's columbine (PFEx6 primary hap 2022)
GCA_023053565.1		 n/a n/a 13,575
(3.44 %)		 38,113
(17.59 %)		 n/a 37.58
(100.00 %)		 0
(0 %)		 62
(0.00 %)		 463
(100.00 %)		 245,892
(11.25 %)		 158,855
(13.35 %)		 1,221,056
(41.58 %)		 0
(0 %)		 400,137
(11.97 %)		 6,436
(2.63 %)		 718
(0.10 %)
106 vernal pool fairy shrimp B.lindahli (BRLI_1 2022)
GCA_023053555.1		 n/a n/a 3,102
(0.68 %)		 17,977
(7.76 %)		 n/a 41.92
(99.99 %)		 0
(0 %)		 241
(0.01 %)		 55
(100.00 %)		 119,585
(1.20 %)		 199,104
(7.20 %)		 1,836,958
(45.05 %)		 1
(0.00 %)		 222,340
(4.95 %)		 39,441
(4.47 %)		 10,139
(1.01 %)
107 vernal pool fairy shrimp B.lynchi (BRLY_001 2022)
GCA_023053575.1		 n/a n/a 3,070
(0.45 %)		 18,582
(5.80 %)		 n/a 41.38
(99.98 %)		 0
(0 %)		 1,087
(0.02 %)		 217
(100.00 %)		 210,908
(1.67 %)		 227,493
(8.65 %)		 2,995,916
(52.42 %)		 7
(0.00 %)		 439,956
(6.56 %)		 41,064
(2.68 %)		 10,897
(0.73 %)
108 vernal pool tadpole shrimp L.packardi (LEPA_1 2022)
GCA_023053545.1		 n/a n/a 3,989
(3.15 %)		 13,738
(21.55 %)		 n/a 40.94
(99.99 %)		 0
(0 %)		 89
(0.01 %)		 355
(100.00 %)		 26,912
(1.93 %)		 34,682
(12.48 %)		 374,516
(23.09 %)		 0
(0 %)		 91,307
(7.26 %)		 8,193
(6.10 %)		 6,869
(4.76 %)
109 Virginia rail (171378401 alternate hap 2022)
GCA_022605895.1		 n/a n/a 12,732
(1.51 %)		 23,395
(1.91 %)		 n/a 44.28
(99.99 %)		 0
(0 %)		 668
(0.00 %)		 4,450
(100.00 %)		 526,500
(5.75 %)		 269,598
(14.29 %)		 4,825,913
(32.19 %)		 7
(0.00 %)		 893,612
(4.56 %)		 27,465
(2.18 %)		 19,393
(1.06 %)
110 Virginia rail (171378401 primary hap 2022)
GCA_022605955.1		 n/a n/a 12,760
(1.53 %)		 23,262
(2.16 %)		 n/a 44.16
(100.00 %)		 197
(0.00 %)		 197
(0.00 %)		 1,299
(100.00 %)		 497,104
(5.09 %)		 271,530
(15.72 %)		 5,291,065
(32.37 %)		 3
(0.00 %)		 655,677
(3.62 %)		 24,669
(1.78 %)		 19,147
(1.06 %)
111 western fence lizard (IW3139 2022)
GCA_023333635.1		 n/a n/a 26,067
(1.12 %)		 46,795
(2.72 %)		 n/a 41.28
(100.00 %)		 0
(0 %)		 51
(0.00 %)		 1,771
(100.00 %)		 2,075,491
(6.60 %)		 1,603,401
(7.34 %)		 15,565,775
(40.61 %)		 0
(0 %)		 1,972,426
(5.50 %)		 184,134
(3.16 %)		 51,018
(0.93 %)
112 western fence lizard (IW3139 primary hap 2022)
GCA_023333645.1		 n/a n/a 24,835
(1.20 %)		 42,146
(2.78 %)		 n/a 41.16
(100.00 %)		 51
(0.00 %)		 51
(0.00 %)		 659
(100.00 %)		 1,842,497
(6.34 %)		 1,335,245
(6.14 %)		 15,103,683
(37.84 %)		 1
(0.00 %)		 1,360,948
(3.93 %)		 158,311
(2.92 %)		 45,330
(0.92 %)
113 western red-tailed skink (HBS 135693 alternate hap 2022)
GCA_026170595.1		 n/a n/a 14,019
(1.31 %)		 17,620
(2.13 %)		 n/a 45.76
(100.00 %)		 0
(0 %)		 15
(0.00 %)		 39
(100.00 %)		 862,216
(4.87 %)		 557,627
(3.17 %)		 8,002,559
(36.95 %)		 0
(0 %)		 377,483
(2.25 %)		 183,292
(4.74 %)		 24,223
(0.81 %)
114 western red-tailed skink (HBS 135693 primary hap 2022)
GCA_026170395.1		 n/a n/a 13,064
(1.32 %)		 16,407
(2.16 %)		 n/a 45.81
(100.00 %)		 0
(0 %)		 12
(0.00 %)		 50
(100.00 %)		 794,996
(4.86 %)		 514,021
(3.46 %)		 7,339,914
(37.02 %)		 1
(0.00 %)		 359,036
(2.32 %)		 168,847
(4.76 %)		 22,885
(0.83 %)
115 western scrub-jay (CA MVZ Bird 193978 2023)
GCA_028536645.1		 n/a n/a 12,480
(1.72 %)		 22,915
(2.17 %)		 n/a 44.29
(100.00 %)		 0
(0 %)		 168
(0.00 %)		 1,631
(100.00 %)		 394,733
(2.99 %)		 364,498
(6.04 %)		 4,803,453
(27.52 %)		 4
(0.00 %)		 428,688
(5.10 %)		 42,022
(4.90 %)		 23,813
(1.19 %)
116 western scrub-jay (CA MVZ Bird 193978 2023)
GCA_028536675.1		 n/a n/a 13,128
(1.62 %)		 25,648
(2.11 %)		 n/a 44.58
(100.00 %)		 0
(0 %)		 272
(0.00 %)		 1,393
(100.00 %)		 449,314
(3.08 %)		 505,129
(6.52 %)		 4,634,925
(31.99 %)		 1
(0.00 %)		 648,800
(6.06 %)		 51,884
(4.81 %)		 24,198
(1.04 %)
117 western spadefoot toad (HBS 135690 2023)
GCA_029215705.1		 n/a n/a 13,914
(1.72 %)		 27,496
(4.28 %)		 n/a 40.81
(100.00 %)		 198
(0.00 %)		 198
(0.00 %)		 677
(100.00 %)		 600,622
(4.04 %)		 783,931
(10.70 %)		 5,362,245
(41.82 %)		 0
(0 %)		 1,069,443
(8.38 %)		 100,334
(5.41 %)		 37,012
(1.96 %)
118 western spadefoot toad (HBS 135690 2023)
GCA_029215755.1		 n/a n/a 13,991
(1.72 %)		 27,685
(4.24 %)		 n/a 40.90
(100.00 %)		 190
(0.00 %)		 190
(0.00 %)		 541
(100.00 %)		 620,188
(5.00 %)		 800,411
(11.19 %)		 5,338,766
(42.25 %)		 1
(0.00 %)		 1,135,530
(8.81 %)		 101,603
(5.32 %)		 37,398
(1.95 %)
119 woolly sculpin (CAN_PGR_092001 alternate hap 2022)
GCA_023055415.1		 n/a n/a 14,753
(3.49 %)		 49,516
(8.47 %)		 n/a 43.00
(100.00 %)		 0
(0 %)		 222
(0.00 %)		 171
(100.00 %)		 458,382
(5.18 %)		 420,718
(8.01 %)		 3,146,054
(25.71 %)		 0
(0 %)		 390,050
(4.18 %)		 69,817
(7.20 %)		 44,403
(3.53 %)
120 woolly sculpin (CAN_PGR_092001 primary hap 2022)
GCA_023055335.1		 n/a n/a 14,847
(3.48 %)		 50,136
(8.43 %)		 n/a 42.99
(100.00 %)		 0
(0 %)		 219
(0.00 %)		 443
(100.00 %)		 461,903
(5.20 %)		 422,251
(8.03 %)		 3,180,804
(25.81 %)		 1
(0.00 %)		 392,635
(4.18 %)		 70,183
(7.15 %)		 44,599
(3.52 %)
121 wrentit (frontalis MVZ Bird 193981 alternate hap 2023)
GCA_029207785.1		 n/a n/a 13,053
(1.78 %)		 24,963
(2.30 %)		 n/a 43.93
(100.00 %)		 0
(0 %)		 342
(0.00 %)		 1,350
(100.00 %)		 444,809
(3.08 %)		 473,154
(7.96 %)		 5,336,472
(25.82 %)		 4
(0.00 %)		 848,335
(5.29 %)		 37,198
(3.14 %)		 26,590
(1.31 %)
122 wrentit (frontalis MVZ Bird 193981 primary hap 2023)
GCA_029207755.1		 n/a n/a 13,052
(1.78 %)		 24,950
(2.30 %)		 n/a 43.93
(100.00 %)		 353
(0.00 %)		 353
(0.00 %)		 1,695
(100.00 %)		 444,866
(3.08 %)		 473,471
(7.97 %)		 5,336,498
(25.82 %)		 4
(0.00 %)		 847,256
(5.29 %)		 37,210
(3.14 %)		 26,585
(1.31 %)
123 yellow warbler (LACM:Birds122168 alternate hap 2022)
GCA_024372515.1		 n/a n/a 12,426
(1.63 %)		 27,565
(2.37 %)		 n/a 43.59
(100.00 %)		 246
(0.00 %)		 246
(0.00 %)		 776
(100.00 %)		 447,274
(3.06 %)		 612,008
(10.28 %)		 5,606,168
(28.79 %)		 1
(0.00 %)		 796,032
(4.97 %)		 39,449
(2.66 %)		 23,987
(1.17 %)
124 yellow warbler (LACM:Birds122168 primary hap 2022)
GCA_024362935.1		 n/a n/a 12,556
(1.69 %)		 26,545
(2.35 %)		 n/a 43.09
(100.00 %)		 284
(0.00 %)		 284
(0.00 %)		 971
(100.00 %)		 440,673
(3.12 %)		 581,112
(9.17 %)		 6,158,372
(26.15 %)		 2
(0.00 %)		 739,193
(4.60 %)		 35,577
(2.57 %)		 23,767
(1.19 %)
125 Yuma myotis (MYYU_CA2020_CCGP alternate hap 2023)
GCA_028536395.1		 n/a n/a 19,188
(1.79 %)		 21,673
(1.72 %)		 n/a 43.03
(100.00 %)		 0
(0 %)		 215
(0.00 %)		 250
(100.00 %)		 3,043,589
(24.76 %)		 773,853
(4.49 %)		 10,648,494
(37.26 %)		 2
(0.00 %)		 684,501
(2.39 %)		 61,910
(2.52 %)		 51,884
(1.68 %)
126 Yuma myotis (MYYU_CA2020_CCGP primary hap 2023)
GCA_028538775.1		 n/a n/a 18,587
(1.82 %)		 21,049
(1.76 %)		 n/a 43.22
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(0.00 %)		 209
(0.00 %)		 685
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