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VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics
This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of legacy/superseded assemblies)
See also: hub access, assembly statistics
Data resource links
NOTE: Click on the column headers to sort the table by that columnThe link to genome browser will attach only that single assembly to the genome browser.
The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
| count | common name link to genome browser |
ncbiRefSeq | ncbiGene | xenoRefGene | augustus genes |
Ensembl genes |
gc5 base | AGP gap |
all gaps |
assembly sequences |
Repeat Masker |
TRF simpleRepeat |
window Masker |
gap Overlap |
tandem Dups |
cpg unmasked |
cpg island |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | African grass rat (paternal X 2020) GCA_011762505.1 |
n/a | n/a | 20,933 (2.00 %) |
19,613 (1.43 %) |
37,929 (2.32 %) |
41.39 (99.19 %) |
0 (0 %) |
1,624 (0.81 %) |
1,596 (100.00 %) |
4,940,083 (37.33 %) |
1,674,970 (5.40 %) |
13,613,540 (32.71 %) |
2 (0.00 %) |
1,027,357 (2.09 %) |
17,767 (0.51 %) |
16,848 (0.46 %) |
| 2 | Atlantic halibut (genbank) GCA_009819705.1 |
n/a | n/a | 14,960 (3.20 %) |
45,365 (7.48 %) |
69,625 (10.94 %) |
42.21 (99.43 %) |
0 (0 %) |
290 (0.57 %) |
57 (100.00 %) |
428,421 (4.16 %) |
256,153 (3.73 %) |
3,725,979 (24.13 %) |
0 (0 %) |
240,110 (3.16 %) |
31,325 (2.25 %) |
20,749 (1.34 %) |
| 3 | Anna's hummingbird GCF_003957555.1 |
31,091 (4.24 %) |
n/a | 12,257 (1.95 %) |
14,633 (2.35 %) |
n/a | 41.49 (98.48 %) |
0 (0 %) |
429 (1.52 %) |
159 (100.00 %) |
535,315 (7.95 %) |
262,055 (1.51 %) |
6,092,276 (20.84 %) |
0 (0 %) |
152,103 (1.27 %) |
17,130 (1.48 %) |
15,125 (1.04 %) |
| 4 | barn swallow (bHirRus1 v2 primary hap 2021 refseq) GCF_015227805.1 |
43,374 (5.14 %) |
n/a | 12,385 (1.88 %) |
23,302 (2.31 %) |
n/a | 42.54 (97.69 %) |
0 (0 %) |
1,102 (2.31 %) |
617 (100.00 %) |
579,928 (6.20 %) |
364,636 (2.27 %) |
6,198,840 (21.01 %) |
0 (0 %) |
237,664 (1.56 %) |
36,546 (2.82 %) |
29,760 (1.66 %) |
| 5 | black rhinoceros (mBicDic1 primary hap 2021 genbank) GCA_020826845.1 |
n/a | n/a | 18,774 (1.38 %) |
22,346 (1.26 %) |
n/a | 41.59 (99.95 %) |
0 (0 %) |
215 (0.05 %) |
1,075 (100.00 %) |
4,200,385 (36.22 %) |
548,030 (8.34 %) |
14,347,639 (40.14 %) |
2 (0.00 %) |
984,722 (2.61 %) |
43,525 (1.14 %) |
33,963 (0.76 %) |
| 6 | black-legged kittiwake (bRisTri1.patW 2023 genbank) GCA_028500815.1 |
n/a | n/a | 13,211 (1.67 %) |
24,108 (1.99 %) |
n/a | 44.40 (99.94 %) |
0 (0 %) |
283 (0.06 %) |
716 (100.00 %) |
521,275 (5.36 %) |
236,727 (8.62 %) |
5,684,588 (26.70 %) |
8 (0.00 %) |
651,836 (3.67 %) |
45,318 (4.71 %) |
36,668 (1.67 %) |
| 7 | blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v2 2020) GCA_009873245.2 |
n/a | n/a | 19,164 (1.81 %) |
20,546 (1.41 %) |
34,210 (1.86 %) |
40.88 (98.91 %) |
0 (0 %) |
936 (1.09 %) |
130 (100.00 %) |
3,999,202 (44.22 %) |
581,540 (1.22 %) |
12,900,977 (34.62 %) |
2 (0.00 %) |
424,951 (1.36 %) |
67,189 (1.73 %) |
46,700 (1.41 %) |
| 8 | blue whale (alternate hap JJ_BM4_2016_0621 2019) GCA_008658375.1 |
n/a | n/a | 17,285 (1.80 %) |
21,295 (1.43 %) |
n/a | 41.22 (100.00 %) |
0 (0 %) |
n/a | 12,574 (100.00 %) |
3,196,354 (43.47 %) |
467,194 (1.26 %) |
10,176,588 (33.66 %) |
0 (0 %) |
306,308 (1.20 %) |
56,916 (1.85 %) |
39,871 (1.51 %) |
| 9 | blunt-snouted clingfish (v1 2019 genbank) GCA_900634775.1 |
n/a | n/a | 14,496 (1.97 %) |
28,873 (5.58 %) |
60,981 (6.13 %) |
38.27 (98.47 %) |
0 (0 %) |
1,160 (1.53 %) |
441 (100.00 %) |
731,730 (4.21 %) |
471,620 (4.92 %) |
5,974,002 (42.88 %) |
0 (0 %) |
455,135 (4.01 %) |
29,050 (1.48 %) |
14,672 (0.63 %) |
| 10 | blunt-snouted clingfish (v1 2019 refseq) GCF_900634775.1 |
47,312 (7.12 %) |
n/a | 14,496 (1.97 %) |
28,873 (5.58 %) |
60,981 (6.13 %) |
38.27 (98.47 %) |
0 (0 %) |
1,160 (1.53 %) |
441 (100.00 %) |
731,730 (4.21 %) |
471,620 (4.92 %) |
5,974,002 (42.88 %) |
0 (0 %) |
455,135 (4.01 %) |
29,050 (1.48 %) |
14,672 (0.63 %) |
| 11 | budgerigar GCA_012275295.1 |
n/a | n/a | 13,250 (1.87 %) |
23,063 (2.25 %) |
26,324 (3.11 %) |
41.80 (99.72 %) |
0 (0 %) |
284 (0.28 %) |
865 (100.00 %) |
539,059 (10.20 %) |
279,511 (3.12 %) |
5,874,608 (22.08 %) |
1 (0.00 %) |
324,823 (2.05 %) |
21,155 (1.61 %) |
17,590 (1.10 %) |
| 12 | California sea lion (v1 2019) GCA_009762305.1 |
n/a | n/a | 21,020 (1.79 %) |
20,045 (1.39 %) |
45,176 (2.15 %) |
41.40 (99.28 %) |
0 (0 %) |
122 (0.72 %) |
43 (100.00 %) |
4,529,949 (43.67 %) |
589,962 (1.24 %) |
13,266,465 (33.77 %) |
0 (0 %) |
491,959 (1.43 %) |
51,989 (1.50 %) |
48,284 (1.32 %) |
| 13 | California sea lion (alternate hap 2019) GCA_009762295.1 |
n/a | n/a | 18,348 (1.81 %) |
18,692 (1.47 %) |
n/a | 41.58 (100.00 %) |
0 (0 %) |
n/a | 3,093 (100.00 %) |
3,722,619 (42.89 %) |
488,086 (1.26 %) |
10,893,132 (33.14 %) |
0 (0 %) |
393,471 (1.40 %) |
44,449 (1.57 %) |
41,300 (1.38 %) |
| 14 | Canada lynx (LIC74 v1 2019) GCF_007474595.1 |
50,094 (2.69 %) |
n/a | 18,283 (1.66 %) |
19,326 (1.35 %) |
38,985 (1.96 %) |
41.70 (99.88 %) |
0 (0 %) |
848 (0.12 %) |
66 (100.00 %) |
5,016,399 (43.75 %) |
904,986 (1.75 %) |
13,476,288 (34.20 %) |
0 (0 %) |
572,992 (1.64 %) |
66,822 (2.52 %) |
60,494 (2.02 %) |
| 15 | Canada lynx (alternate hap LIC74 2019) GCA_007474575.1 |
n/a | n/a | 12,029 (1.42 %) |
15,171 (1.16 %) |
n/a | 41.46 (100.00 %) |
3 (0.00 %) |
3 (0.00 %) |
15,036 (100.00 %) |
2,937,491 (43.50 %) |
544,410 (1.76 %) |
7,641,565 (32.72 %) |
0 (0 %) |
294,221 (1.43 %) |
39,082 (2.44 %) |
34,616 (1.88 %) |
| 16 | channel bull blenny GCA_900634415.1 |
n/a | n/a | 14,472 (3.02 %) |
24,012 (6.59 %) |
60,720 (10.43 %) |
40.96 (99.58 %) |
0 (0 %) |
445 (0.42 %) |
322 (100.00 %) |
420,697 (5.49 %) |
320,518 (6.91 %) |
3,394,846 (28.67 %) |
0 (0 %) |
452,303 (4.62 %) |
20,453 (1.39 %) |
10,802 (0.65 %) |
| 17 | climbing perch (v1.2 2018 genbank) GCA_900324465.2 |
n/a | n/a | 15,239 (3.53 %) |
39,067 (7.54 %) |
63,908 (10.45 %) |
40.40 (99.35 %) |
0 (0 %) |
266 (0.65 %) |
50 (100.00 %) |
324,479 (2.66 %) |
130,248 (1.89 %) |
3,324,960 (21.31 %) |
0 (0 %) |
169,785 (2.72 %) |
10,500 (0.87 %) |
7,574 (0.57 %) |
| 18 | climbing perch (v1.2 2018 refseq) GCF_900324465.2 |
42,746 (13.53 %) |
n/a | 15,241 (3.53 %) |
39,067 (7.54 %) |
63,908 (10.45 %) |
40.40 (99.35 %) |
0 (0 %) |
266 (0.65 %) |
51 (100.00 %) |
324,324 (2.66 %) |
130,249 (1.89 %) |
3,325,009 (21.31 %) |
0 (0 %) |
169,785 (2.72 %) |
10,500 (0.87 %) |
7,574 (0.57 %) |
| 19 | common brushtail (genbank 2020) GCA_011100635.1 |
n/a | n/a | 18,681 (0.81 %) |
15,375 (0.86 %) |
n/a | 39.48 (99.44 %) |
0 (0 %) |
1,796 (0.56 %) |
212 (100.00 %) |
7,598,697 (38.92 %) |
1,259,434 (1.97 %) |
22,071,301 (40.56 %) |
0 (0 %) |
455,834 (1.17 %) |
17,762 (0.38 %) |
13,986 (0.24 %) |
| 20 | common bottlenose dolphin (maternal Y genbank 2020) GCA_011762595.1 |
n/a | n/a | 18,772 (1.77 %) |
20,527 (1.42 %) |
35,815 (1.58 %) |
41.44 (99.74 %) |
0 (0 %) |
674 (0.26 %) |
362 (100.00 %) |
4,067,521 (46.14 %) |
628,982 (2.12 %) |
12,490,896 (35.29 %) |
1 (0.00 %) |
597,652 (1.78 %) |
65,551 (1.90 %) |
43,161 (1.35 %) |
| 21 | common cuckoo (bCucCan1 primary hap 2021 genbank) GCA_017976375.1 |
n/a | n/a | 13,179 (1.84 %) |
25,859 (2.41 %) |
n/a | 42.18 (99.58 %) |
0 (0 %) |
296 (0.42 %) |
151 (100.00 %) |
521,043 (9.61 %) |
310,469 (2.36 %) |
6,712,849 (21.76 %) |
0 (0 %) |
326,521 (1.83 %) |
25,267 (1.71 %) |
20,672 (1.05 %) |
| 22 | common swift (bApuApu2 2021 genbank) GCA_020740795.1 |
n/a | n/a | 12,277 (1.88 %) |
20,379 (2.16 %) |
n/a | 41.95 (99.84 %) |
0 (0 %) |
256 (0.16 %) |
109 (100.00 %) |
533,758 (8.66 %) |
199,748 (1.12 %) |
6,353,957 (21.19 %) |
1 (0.00 %) |
113,872 (0.91 %) |
20,393 (1.74 %) |
16,313 (0.88 %) |
| 23 | denticle herring (v1 2019) GCF_900700375.1 |
59,645 (12.74 %) |
n/a | 16,556 (3.78 %) |
37,861 (8.42 %) |
72,719 (10.66 %) |
43.69 (99.18 %) |
0 (0 %) |
464 (0.82 %) |
460 (100.00 %) |
403,512 (3.23 %) |
224,282 (4.61 %) |
2,948,671 (28.79 %) |
0 (0 %) |
306,165 (4.31 %) |
64,661 (9.49 %) |
52,867 (4.93 %) |
| 24 | downy woodpecker (bDryPub1 primary hap 2020) GCA_014839835.1 |
n/a | n/a | 12,405 (1.70 %) |
23,073 (2.18 %) |
n/a | 45.31 (99.66 %) |
0 (0 %) |
187 (0.34 %) |
181 (100.00 %) |
1,008,118 (21.51 %) |
378,537 (3.38 %) |
5,846,717 (32.04 %) |
0 (0 %) |
791,076 (4.25 %) |
26,005 (1.75 %) |
19,919 (1.16 %) |
| 25 | eastern happy (v2 2018) GCF_900246225.1 |
57,615 (9.59 %) |
n/a | 15,348 (2.22 %) |
28,518 (6.29 %) |
42,170 (8.31 %) |
41.07 (99.87 %) |
115 (0.00 %) |
490 (0.13 %) |
364 (100.00 %) |
527,486 (5.98 %) |
217,915 (1.89 %) |
4,547,443 (30.78 %) |
2 (0.00 %) |
212,425 (2.79 %) |
33,005 (1.88 %) |
16,748 (0.95 %) |
| 26 | emu (v1 ZJU1.0 2020) GCA_016128335.1 |
n/a | n/a | 13,181 (1.74 %) |
24,708 (2.10 %) |
33,433 (3.99 %) |
42.41 (100.00 %) |
0 (0 %) |
512 (0.00 %) |
802 (100.00 %) |
504,527 (4.38 %) |
259,276 (2.59 %) |
7,105,965 (19.15 %) |
8 (0.00 %) |
316,149 (1.79 %) |
41,784 (5.52 %) |
41,105 (3.30 %) |
| 27 | epaulette shark (sHemOce1 2021 genbank) GCA_020745735.1 |
n/a | n/a | 12,439 (0.39 %) |
19,520 (1.06 %) |
n/a | 42.76 (98.05 %) |
0 (0 %) |
3,716 (1.95 %) |
1,963 (100.00 %) |
9,211,963 (69.93 %) |
935,037 (6.51 %) |
20,660,613 (43.88 %) |
0 (0 %) |
2,903,274 (4.44 %) |
41,682 (1.08 %) |
13,048 (0.16 %) |
| 28 | Eurasian water vole (v1 2020) GCF_903992535.1 |
45,658 (2.52 %) |
n/a | 19,724 (1.77 %) |
19,069 (1.47 %) |
34,561 (2.01 %) |
42.15 (99.74 %) |
0 (0 %) |
872 (0.26 %) |
216 (100.00 %) |
4,098,151 (26.75 %) |
1,088,237 (2.91 %) |
12,853,776 (32.42 %) |
5 (0.00 %) |
518,686 (1.69 %) |
19,000 (0.58 %) |
16,851 (0.46 %) |
| 29 | European turtle dove (v1.1 primary hap 2019) GCA_901699155.1 |
n/a | n/a | 12,415 (1.77 %) |
23,484 (2.17 %) |
n/a | 41.84 (99.67 %) |
0 (0 %) |
894 (0.33 %) |
357 (100.00 %) |
539,737 (7.60 %) |
227,500 (1.16 %) |
6,768,805 (21.05 %) |
4 (0.00 %) |
181,333 (1.65 %) |
34,729 (2.65 %) |
30,692 (1.70 %) |
| 30 | European turtle dove GCA_901699165.1 |
n/a | n/a | 11,276 (1.79 %) |
21,238 (2.15 %) |
n/a | 41.73 (100.00 %) |
0 (0 %) |
n/a | 3,333 (100.00 %) |
466,567 (7.08 %) |
182,345 (0.97 %) |
6,037,183 (20.24 %) |
0 (0 %) |
110,549 (1.11 %) |
29,648 (2.35 %) |
26,084 (1.59 %) |
| 31 | European woodmouse (2022 genbank) GCA_947179515.1 |
n/a | n/a | 19,960 (1.65 %) |
19,954 (1.25 %) |
n/a | 41.23 (99.99 %) |
0 (0 %) |
1,129 (0.01 %) |
498 (100.00 %) |
4,863,656 (37.41 %) |
1,795,997 (8.95 %) |
13,681,786 (40.58 %) |
17 (0.00 %) |
2,516,599 (5.37 %) |
23,961 (0.53 %) |
17,318 (0.36 %) |
| 32 | flier cichlid GCA_007364275.2 |
n/a | n/a | 15,436 (2.15 %) |
26,448 (5.90 %) |
64,657 (6.60 %) |
41.23 (98.19 %) |
0 (0 %) |
744 (1.81 %) |
189 (100.00 %) |
1,014,141 (16.95 %) |
287,037 (2.21 %) |
5,305,987 (30.67 %) |
0 (0 %) |
227,443 (2.84 %) |
24,130 (1.26 %) |
11,082 (0.48 %) |
| 33 | Gabon caecilian GCA_902459505.1 |
n/a | n/a | 14,267 (0.51 %) |
29,026 (1.40 %) |
n/a | 43.24 (99.85 %) |
0 (0 %) |
433 (0.15 %) |
163 (100.00 %) |
1,311,113 (1.64 %) |
1,364,596 (3.83 %) |
19,589,738 (52.85 %) |
3 (0.00 %) |
1,182,977 (2.68 %) |
270,923 (4.52 %) |
38,622 (0.50 %) |
| 34 | gilthead seabream (v1 2019) GCF_900880675.1 |
59,027 (10.96 %) |
n/a | 15,412 (2.36 %) |
31,802 (6.47 %) |
73,197 (7.97 %) |
41.94 (99.96 %) |
0 (0 %) |
1,050 (0.04 %) |
176 (100.00 %) |
531,360 (3.04 %) |
305,809 (3.03 %) |
4,701,694 (25.69 %) |
0 (0 %) |
355,475 (3.53 %) |
47,327 (2.41 %) |
23,697 (1.07 %) |
| 35 | golden eagle (2019) GCF_900496995.1 |
55,164 (5.86 %) |
n/a | 13,226 (1.87 %) |
23,033 (2.15 %) |
25,921 (3.22 %) |
42.11 (99.61 %) |
0 (0 %) |
191 (0.39 %) |
142 (100.00 %) |
519,341 (5.86 %) |
180,990 (0.79 %) |
7,005,531 (19.25 %) |
1 (0.00 %) |
53,053 (0.51 %) |
37,343 (3.12 %) |
34,701 (1.97 %) |
| 36 | golden eagle (v1.2 alternate hap 2019) GCA_902153765.1 |
n/a | n/a | 9,334 (1.82 %) |
17,594 (2.12 %) |
n/a | 42.53 (99.93 %) |
0 (0 %) |
39 (0.07 %) |
3,860 (100.00 %) |
356,284 (6.03 %) |
123,430 (0.80 %) |
4,417,887 (19.25 %) |
0 (0 %) |
53,254 (0.85 %) |
28,919 (3.52 %) |
25,970 (2.20 %) |
| 37 | greater horseshoe bat (v1 MPI-CBG 2019 genbank) GCA_004115265.2 |
n/a | n/a | 18,647 (1.97 %) |
20,359 (1.68 %) |
n/a | 40.54 (99.64 %) |
0 (0 %) |
158 (0.36 %) |
135 (100.00 %) |
3,301,020 (34.99 %) |
564,790 (1.35 %) |
12,217,069 (29.39 %) |
0 (0 %) |
171,202 (0.67 %) |
32,445 (1.06 %) |
30,625 (0.98 %) |
| 38 | greater horseshoe bat (v1 MPI-CBG 2019 refseq) GCF_004115265.1 |
53,352 (3.13 %) |
n/a | 18,647 (1.97 %) |
20,359 (1.68 %) |
n/a | 40.54 (99.64 %) |
0 (0 %) |
158 (0.36 %) |
134 (100.00 %) |
3,300,836 (34.99 %) |
564,789 (1.35 %) |
12,217,020 (29.39 %) |
0 (0 %) |
171,202 (0.67 %) |
32,445 (1.06 %) |
30,627 (0.98 %) |
| 39 | greater pipefish GCA_901709675.1 |
n/a | n/a | 13,467 (5.26 %) |
42,380 (12.01 %) |
n/a | 43.46 (100.00 %) |
0 (0 %) |
43 (0.00 %) |
87 (100.00 %) |
193,442 (3.05 %) |
125,716 (4.25 %) |
1,676,004 (25.93 %) |
0 (0 %) |
112,918 (3.25 %) |
46,340 (13.40 %) |
32,897 (5.93 %) |
| 40 | green sea turtle (v1 2020) GCF_015237465.1 |
56,917 (3.63 %) |
n/a | 14,729 (1.06 %) |
17,439 (1.56 %) |
n/a | 44.01 (99.44 %) |
0 (0 %) |
294 (0.56 %) |
99 (100.00 %) |
1,641,730 (15.08 %) |
304,356 (1.25 %) |
11,136,918 (31.96 %) |
0 (0 %) |
429,794 (1.68 %) |
49,035 (1.44 %) |
26,943 (0.68 %) |
| 41 | Indian glassy fish (v1 2019) GCF_900634625.1 |
44,096 (12.32 %) |
n/a | 15,337 (3.60 %) |
23,988 (7.92 %) |
60,224 (10.41 %) |
42.38 (98.08 %) |
0 (0 %) |
1,523 (1.92 %) |
156 (100.00 %) |
346,406 (3.02 %) |
163,522 (3.00 %) |
2,755,229 (25.07 %) |
0 (0 %) |
235,504 (4.25 %) |
17,930 (1.47 %) |
9,748 (0.74 %) |
| 42 | kakapo GCA_004027225.2 |
n/a | n/a | 13,112 (1.92 %) |
17,637 (2.48 %) |
n/a | 41.97 (99.08 %) |
0 (0 %) |
373 (0.92 %) |
90 (100.00 %) |
507,072 (7.85 %) |
208,180 (1.08 %) |
6,258,178 (20.50 %) |
0 (0 %) |
165,532 (1.34 %) |
22,278 (1.77 %) |
19,230 (1.21 %) |
| 43 | Korean giant-fin mudskipper (v1 primary hap 2020 genbank) GCA_009829125.1 |
n/a | n/a | 14,221 (2.37 %) |
44,144 (5.80 %) |
41,384 (6.20 %) |
40.22 (99.05 %) |
0 (0 %) |
700 (0.95 %) |
124 (100.00 %) |
423,338 (4.48 %) |
551,472 (7.22 %) |
4,887,148 (38.97 %) |
5 (0.00 %) |
523,224 (4.75 %) |
37,287 (2.58 %) |
18,380 (0.95 %) |
| 44 | Korean giant-fin mudskipper (v1 primary hap 2020 refseq) GCF_009829125.1 |
29,517 (6.48 %) |
n/a | 14,243 (2.37 %) |
44,144 (5.80 %) |
41,421 (6.20 %) |
40.22 (99.05 %) |
0 (0 %) |
700 (0.95 %) |
124 (100.00 %) |
423,274 (4.48 %) |
551,472 (7.22 %) |
4,887,142 (38.97 %) |
5 (0.00 %) |
523,224 (4.75 %) |
37,287 (2.58 %) |
18,380 (0.95 %) |
| 45 | lanner falcon (bFalBia1 primary hap 2022 genbank) GCA_023638135.1 |
n/a | n/a | 12,862 (1.69 %) |
21,562 (1.92 %) |
n/a | 43.03 (99.83 %) |
0 (0 %) |
158 (0.17 %) |
397 (100.00 %) |
439,975 (3.77 %) |
203,640 (6.96 %) |
6,921,438 (23.57 %) |
2 (0.00 %) |
479,269 (2.67 %) |
32,398 (2.65 %) |
19,870 (0.89 %) |
| 46 | leatherback sea turtle (v1 2019 genbank G10K) GCA_009764565.1 |
n/a | n/a | 14,572 (1.03 %) |
16,165 (1.42 %) |
n/a | 43.36 (99.74 %) |
0 (0 %) |
558 (0.26 %) |
55 (100.00 %) |
1,631,923 (15.09 %) |
303,440 (1.14 %) |
11,122,938 (34.12 %) |
1 (0.00 %) |
664,235 (2.49 %) |
35,505 (1.37 %) |
19,641 (0.51 %) |
| 47 | leatherback sea turtle (v3 2020 refseq G10K) GCF_009764565.2 |
62,576 (3.50 %) |
n/a | 14,610 (1.03 %) |
16,359 (1.45 %) |
n/a | 43.35 (99.74 %) |
0 (0 %) |
667 (0.26 %) |
40 (100.00 %) |
1,637,236 (15.13 %) |
304,730 (1.14 %) |
11,121,967 (34.21 %) |
3 (0.00 %) |
670,755 (2.51 %) |
35,485 (1.36 %) |
19,615 (0.51 %) |
| 48 | lesser kestrel (v1 2021) GCF_017639655.1 |
47,420 (5.64 %) |
n/a | 13,097 (1.80 %) |
22,203 (2.07 %) |
n/a | 42.30 (99.66 %) |
0 (0 %) |
298 (0.34 %) |
291 (100.00 %) |
516,498 (5.58 %) |
210,236 (1.26 %) |
7,133,927 (19.19 %) |
1 (0.00 %) |
132,959 (0.79 %) |
27,558 (2.21 %) |
21,862 (1.03 %) |
| 49 | live sharksucker (v1 2019) GCF_900963305.1 |
40,255 (11.91 %) |
n/a | 14,975 (3.53 %) |
22,304 (7.09 %) |
56,266 (9.51 %) |
41.43 (99.89 %) |
0 (0 %) |
140 (0.11 %) |
38 (100.00 %) |
448,828 (3.61 %) |
146,353 (1.65 %) |
3,204,476 (21.79 %) |
0 (0 %) |
109,664 (1.83 %) |
16,807 (1.33 %) |
12,095 (0.89 %) |
| 50 | lumpfish (genbank) GCA_009769545.1 |
n/a | n/a | 14,748 (3.32 %) |
49,223 (8.10 %) |
52,721 (8.34 %) |
42.83 (98.22 %) |
0 (0 %) |
347 (1.78 %) |
49 (100.00 %) |
478,416 (6.02 %) |
421,634 (11.07 %) |
2,928,668 (27.98 %) |
1 (0.00 %) |
655,785 (6.31 %) |
53,323 (5.09 %) |
32,724 (2.40 %) |
| 51 | mute swan (2019) GCA_009769625.1 |
n/a | n/a | 12,973 (1.97 %) |
22,300 (2.18 %) |
n/a | 41.92 (99.06 %) |
0 (0 %) |
446 (0.94 %) |
181 (100.00 %) |
688,720 (7.65 %) |
301,358 (1.34 %) |
6,775,217 (21.21 %) |
1 (0.00 %) |
78,646 (0.75 %) |
31,271 (3.60 %) |
29,996 (2.02 %) |
| 52 | mute swan (bCygOlo1 v1 alternate hap 2019) GCA_009769485.1 |
n/a | n/a | 10,083 (1.97 %) |
18,350 (2.23 %) |
n/a | 42.22 (100.00 %) |
3 (0.00 %) |
3 (0.00 %) |
5,616 (100.00 %) |
485,827 (7.06 %) |
212,892 (1.28 %) |
4,756,962 (19.95 %) |
0 (0 %) |
53,808 (0.72 %) |
25,670 (3.87 %) |
24,319 (2.23 %) |
| 53 | Nelson's sparrow (bAmmNel1 primary hap 2023 genbank) GCA_027579445.1 |
n/a | n/a | 12,385 (1.72 %) |
24,339 (2.24 %) |
n/a | 43.01 (99.57 %) |
0 (0 %) |
215 (0.43 %) |
77 (100.00 %) |
479,994 (3.33 %) |
443,098 (9.18 %) |
6,350,593 (25.82 %) |
5 (0.00 %) |
478,923 (3.35 %) |
31,693 (3.88 %) |
22,817 (1.16 %) |
| 54 | New Zealand spotty (genbank) GCA_009762535.1 |
n/a | n/a | 14,609 (2.22 %) |
43,262 (5.33 %) |
60,241 (8.02 %) |
40.86 (98.32 %) |
0 (0 %) |
1,135 (1.69 %) |
468 (100.00 %) |
519,324 (4.65 %) |
393,329 (5.54 %) |
4,522,265 (33.34 %) |
4 (0.00 %) |
548,988 (4.42 %) |
18,302 (0.85 %) |
8,002 (0.35 %) |
| 55 | North Atlantic right whale (hap2 2023 genbank) GCA_028564815.1 |
n/a | n/a | 19,541 (1.47 %) |
21,516 (1.25 %) |
n/a | 41.69 (99.83 %) |
0 (0 %) |
363 (0.17 %) |
779 (100.00 %) |
1,361,117 (2.23 %) |
836,632 (13.12 %) |
12,597,969 (44.00 %) |
11 (0.00 %) |
1,395,565 (3.89 %) |
93,862 (1.92 %) |
40,806 (0.95 %) |
| 56 | northern pike GCA_011004845.1 |
n/a | n/a | 16,616 (2.41 %) |
55,784 (5.64 %) |
82,918 (8.82 %) |
42.22 (99.89 %) |
0 (0 %) |
112 (0.11 %) |
53 (100.00 %) |
1,039,521 (30.93 %) |
524,708 (7.32 %) |
4,691,094 (32.91 %) |
1 (0.00 %) |
602,569 (4.43 %) |
42,910 (2.52 %) |
22,099 (1.02 %) |
| 57 | pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v1 2019) GCF_004126475.1 |
35,529 (2.39 %) |
n/a | 18,185 (1.70 %) |
20,184 (1.64 %) |
41,094 (3.29 %) |
42.38 (98.92 %) |
0 (0 %) |
831 (1.08 %) |
141 (100.00 %) |
3,072,951 (30.02 %) |
385,608 (0.80 %) |
12,060,365 (30.47 %) |
1 (0.00 %) |
173,548 (0.73 %) |
64,081 (4.30 %) |
66,821 (4.05 %) |
| 58 | pale spear-nosed bat (alternate hap MPI-MPIP 2019) GCA_004115245.1 |
n/a | n/a | 18,118 (1.63 %) |
23,536 (1.65 %) |
n/a | 42.48 (100.00 %) |
38 (0.00 %) |
38 (0.00 %) |
10,873 (100.00 %) |
3,001,130 (29.46 %) |
375,042 (0.79 %) |
11,813,971 (29.64 %) |
0 (0 %) |
140,066 (0.57 %) |
67,712 (4.23 %) |
70,108 (3.94 %) |
| 59 | peregrine falcon (bFalPer1 primary hap 2022 genbank) GCA_023634155.1 |
n/a | n/a | 13,025 (1.67 %) |
24,167 (2.02 %) |
n/a | 42.65 (99.69 %) |
0 (0 %) |
232 (0.31 %) |
124 (100.00 %) |
586,316 (11.83 %) |
335,214 (8.05 %) |
7,038,700 (24.65 %) |
0 (0 %) |
405,444 (2.46 %) |
26,085 (2.25 %) |
20,023 (0.87 %) |
| 60 | platypus (Pmale09 v3 2020) GCA_004115215.3 |
n/a | n/a | 14,805 (1.26 %) |
18,888 (1.63 %) |
n/a | 46.14 (99.18 %) |
0 (0 %) |
515 (0.82 %) |
322 (100.00 %) |
5,101,303 (51.62 %) |
578,617 (2.89 %) |
9,113,847 (48.93 %) |
0 (0 %) |
1,130,252 (3.59 %) |
87,861 (7.92 %) |
74,107 (2.86 %) |
| 61 | prehistoric monster fish GCA_902500255.1 |
n/a | n/a | 14,654 (0.76 %) |
72,609 (2.41 %) |
57,391 (2.04 %) |
41.99 (99.49 %) |
0 (0 %) |
2,554 (0.51 %) |
464 (100.00 %) |
1,311,131 (2.79 %) |
786,401 (3.65 %) |
9,901,286 (59.90 %) |
3 (0.00 %) |
1,623,656 (7.33 %) |
172,199 (5.45 %) |
18,080 (0.31 %) |
| 62 | pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 1 2022 genbank) GCA_026419965.1 |
n/a | n/a | 18,495 (1.55 %) |
20,718 (1.32 %) |
n/a | 42.05 (99.81 %) |
0 (0 %) |
143 (0.19 %) |
580 (100.00 %) |
3,817,653 (34.51 %) |
758,297 (7.42 %) |
12,196,926 (39.96 %) |
0 (0 %) |
1,197,918 (3.53 %) |
101,353 (2.90 %) |
50,216 (1.47 %) |
| 63 | reedfish (2019) GCF_900747795.1 |
40,545 (1.73 %) |
n/a | 13,154 (0.46 %) |
24,028 (1.29 %) |
34,856 (1.34 %) |
39.44 (93.75 %) |
0 (0 %) |
5,614 (6.25 %) |
1,885 (100.00 %) |
1,834,613 (2.79 %) |
1,018,031 (2.36 %) |
20,081,632 (44.56 %) |
4 (0.00 %) |
1,039,686 (2.44 %) |
88,254 (1.06 %) |
22,510 (0.28 %) |
| 64 | river trout (v1 2019) GCF_901001165.1 |
102,772 (6.02 %) |
n/a | 27,413 (1.62 %) |
51,424 (4.17 %) |
121,979 (5.28 %) |
43.36 (96.90 %) |
0 (0 %) |
3,941 (3.10 %) |
1,441 (100.00 %) |
1,438,988 (5.72 %) |
1,789,507 (15.87 %) |
9,819,761 (52.37 %) |
2 (0.00 %) |
3,428,195 (8.64 %) |
70,821 (1.77 %) |
18,627 (0.33 %) |
| 65 | Saker falcon (bFalChe1 primary hap 2022 genbank) GCA_023634085.1 |
n/a | n/a | 12,971 (1.67 %) |
23,351 (2.02 %) |
n/a | 43.15 (99.70 %) |
0 (0 %) |
258 (0.30 %) |
282 (100.00 %) |
548,087 (7.21 %) |
201,482 (8.55 %) |
7,030,761 (24.94 %) |
0 (0 %) |
469,777 (2.60 %) |
31,791 (2.57 %) |
20,215 (0.89 %) |
| 66 | saltmarsh sparrow (bAmmCau1 primary hap 2023 genbank) GCA_027887145.1 |
n/a | n/a | 12,832 (1.69 %) |
25,514 (2.23 %) |
n/a | 43.50 (99.76 %) |
0 (0 %) |
363 (0.24 %) |
282 (100.00 %) |
541,958 (3.43 %) |
566,692 (13.38 %) |
6,205,274 (28.98 %) |
1 (0.00 %) |
651,029 (4.07 %) |
35,549 (5.05 %) |
23,802 (1.15 %) |
| 67 | smalltooth sawfish (v2 2019 genbank) GCA_009764475.1 |
n/a | n/a | 11,828 (0.66 %) |
18,627 (1.55 %) |
n/a | 42.38 (99.09 %) |
0 (0 %) |
698 (0.91 %) |
173 (100.00 %) |
405,021 (1.14 %) |
391,531 (1.52 %) |
11,282,302 (38.19 %) |
0 (0 %) |
471,290 (1.50 %) |
45,398 (1.34 %) |
18,572 (0.38 %) |
| 68 | Siamese fighting fish (2019) GCF_900634795.2 |
54,389 (16.95 %) |
n/a | 14,745 (4.21 %) |
34,348 (10.09 %) |
62,673 (13.02 %) |
45.30 (99.99 %) |
0 (0 %) |
328 (0.01 %) |
70 (100.00 %) |
252,955 (3.51 %) |
184,269 (4.62 %) |
2,010,934 (23.88 %) |
0 (0 %) |
232,426 (4.41 %) |
72,126 (13.08 %) |
55,959 (7.25 %) |
| 69 | Swainson's thrush (v1 2019) GCF_009819885.1 |
40,128 (5.45 %) |
n/a | 13,016 (1.88 %) |
24,787 (2.41 %) |
30,064 (2.94 %) |
42.48 (98.86 %) |
0 (0 %) |
428 (1.14 %) |
161 (100.00 %) |
483,978 (5.85 %) |
589,859 (4.32 %) |
6,708,638 (22.44 %) |
1 (0.00 %) |
449,585 (2.41 %) |
49,404 (3.53 %) |
22,206 (1.16 %) |
| 70 | Swainson's thrush (bCatUst1 v1 alternate hap 2019) GCA_009819505.1 |
n/a | n/a | 13,403 (1.85 %) |
27,456 (2.48 %) |
n/a | 42.86 (100.00 %) |
0 (0 %) |
13 (0.00 %) |
3,601 (100.00 %) |
497,374 (5.78 %) |
649,859 (4.89 %) |
6,740,713 (22.65 %) |
0 (0 %) |
505,741 (2.66 %) |
49,076 (3.54 %) |
23,486 (1.21 %) |
| 71 | swamp sparrow (bMelGeo1 primary hap 2023 genbank) GCA_028018845.1 |
n/a | n/a | 12,375 (1.75 %) |
24,577 (2.31 %) |
n/a | 43.08 (99.89 %) |
0 (0 %) |
236 (0.11 %) |
40 (100.00 %) |
419,473 (3.09 %) |
439,909 (7.61 %) |
6,077,743 (24.47 %) |
1 (0.00 %) |
578,723 (3.93 %) |
32,064 (3.27 %) |
22,996 (1.19 %) |
| 72 | thorny skate (genbank 2020) GCA_010909765.1 |
n/a | n/a | 11,434 (0.60 %) |
26,342 (1.72 %) |
32,017 (1.87 %) |
44.30 (92.54 %) |
0 (0 %) |
3,753 (7.46 %) |
958 (100.00 %) |
866,598 (2.58 %) |
1,176,350 (3.79 %) |
9,964,083 (52.25 %) |
26 (0.00 %) |
1,634,657 (4.98 %) |
242,676 (4.73 %) |
31,030 (0.57 %) |
| 73 | thorny skate (v1 2020) GCF_010909765.1 |
45,969 (2.40 %) |
n/a | 11,433 (0.60 %) |
26,341 (1.72 %) |
32,017 (1.87 %) |
44.30 (92.54 %) |
0 (0 %) |
3,753 (7.46 %) |
957 (100.00 %) |
865,711 (2.57 %) |
1,176,348 (3.79 %) |
9,964,038 (52.25 %) |
26 (0.00 %) |
1,634,657 (4.98 %) |
242,676 (4.73 %) |
31,030 (0.57 %) |
| 74 | torafugu (fTakRub1.2 2019 refseq) GCF_901000725.2 |
53,479 (18.31 %) |
n/a | 14,527 (4.79 %) |
28,597 (10.65 %) |
55,587 (14.38 %) |
45.67 (99.04 %) |
0 (0 %) |
402 (0.96 %) |
128 (100.00 %) |
281,011 (10.36 %) |
178,921 (5.32 %) |
1,642,756 (20.86 %) |
1 (0.02 %) |
281,981 (5.43 %) |
49,975 (9.63 %) |
37,920 (5.08 %) |
| 75 | village indigobird (merged hap OUT-0048 2022 genbank) GCA_026979565.1 |
n/a | n/a | 12,819 (1.94 %) |
24,247 (2.44 %) |
n/a | 42.23 (99.98 %) |
0 (0 %) |
458 (0.02 %) |
178 (100.00 %) |
616,749 (11.96 %) |
411,917 (3.56 %) |
6,385,102 (20.91 %) |
6 (0.00 %) |
306,942 (1.90 %) |
37,940 (2.83 %) |
24,967 (1.41 %) |
| 76 | zebra finch (genbank 2020 Blue55 female) GCA_009859065.2 |
n/a | n/a | 12,796 (1.92 %) |
24,658 (2.44 %) |
n/a | 41.91 (98.03 %) |
0 (0 %) |
789 (1.97 %) |
541 (100.00 %) |
554,338 (9.67 %) |
339,851 (2.27 %) |
6,613,146 (20.04 %) |
1 (0.00 %) |
220,583 (1.45 %) |
28,678 (2.32 %) |
22,455 (1.18 %) |
| 77 | zebra finch (refseq 2019 Black17 male) GCF_003957565.1 |
51,472 (7.16 %) |
n/a | 13,211 (2.02 %) |
17,812 (2.70 %) |
38,655 (7.10 %) |
42.04 (99.78 %) |
0 (0 %) |
312 (0.22 %) |
135 (100.00 %) |
535,521 (8.50 %) |
550,118 (4.01 %) |
6,519,872 (21.47 %) |
1 (0.00 %) |
381,676 (2.04 %) |
30,053 (2.58 %) |
22,898 (1.24 %) |
| 78 | zebra finch (genbank 2019 Black17 male) GCA_003957565.2 |
n/a | n/a | 13,212 (2.02 %) |
25,117 (2.57 %) |
38,655 (7.10 %) |
42.04 (99.78 %) |
0 (0 %) |
312 (0.22 %) |
135 (100.00 %) |
535,521 (8.50 %) |
550,118 (4.01 %) |
6,519,872 (21.47 %) |
1 (0.00 %) |
381,676 (2.04 %) |
30,053 (2.58 %) |
22,898 (1.24 %) |
| 79 | zebra finch (alternate hap Black17 2018) GCA_003957525.1 |
n/a | n/a | 11,340 (1.85 %) |
22,921 (2.37 %) |
n/a | 41.73 (99.98 %) |
45 (0.01 %) |
45 (0.01 %) |
5,381 (99.99 %) |
480,647 (8.44 %) |
365,668 (2.89 %) |
5,859,698 (20.27 %) |
0 (0 %) |
235,418 (1.48 %) |
24,649 (2.35 %) |
19,753 (1.21 %) |
| 80 | zig-zag eel (v1.2 2019 refseq) GCF_900324485.2 |
44,988 (12.00 %) |
n/a | 15,037 (3.35 %) |
40,235 (7.28 %) |
60,496 (9.39 %) |
40.66 (97.76 %) |
0 (0 %) |
238 (2.24 %) |
123 (100.00 %) |
348,230 (2.87 %) |
157,728 (2.01 %) |
3,180,025 (23.44 %) |
0 (0 %) |
175,881 (3.08 %) |
12,807 (1.08 %) |
8,703 (0.67 %) |
| TOTALS: | total assembly count 80 | ||||||||||||||||
| Alternate sets of VGP assemblies | NCBI Refseq | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| Index pages: | primary assembly | alternate/haplotype | trio mat/pat | legacy/superseded | other NCBI Refseq assemblies |
| Assembly statistics: | primary assembly | alternate/haplotype | trio mat/pat | legacy/superseded | other NCBI Refseq assemblies |
| Track statistics: | primary assembly | alternate/haplotype | trio mat/pat | legacy/superseded | other NCBI Refseq assemblies |