VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics

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This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of legacy/superseded assemblies)

See also: hub access, assembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser		 ncbiRefSeq ncbiGene xenoRefGene augustus
genes		 Ensembl
genes		 gc5 base AGP
gap		 all
gaps		 assembly
sequences		 Repeat
Masker		 TRF
simpleRepeat		 window
Masker		 gap
Overlap		 tandem
Dups		 cpg
unmasked		 cpg
island
1 African grass rat (paternal X 2020)
GCA_011762505.1		 45,963
(36.56 %)		 n/a 20,933
(2.00 %)		 19,613
(1.43 %)		 37,929
(2.32 %)		 41.39
(99.19 %)		 0
(0 %)		 1,624
(0.81 %)		 1,596
(100.00 %)		 4,940,083
(37.33 %)		 1,674,970
(5.40 %)		 13,613,540
(32.71 %)		 2
(0.00 %)		 1,027,357
(2.09 %)		 17,767
(0.51 %)		 16,848
(0.46 %)
2 Atlantic halibut (genbank)
GCA_009819705.1		 52,117
(66.34 %)		 n/a 14,960
(3.20 %)		 45,365
(7.48 %)		 69,625
(10.94 %)		 42.21
(99.43 %)		 0
(0 %)		 290
(0.57 %)		 57
(100.00 %)		 428,421
(4.16 %)		 256,153
(3.73 %)		 3,725,979
(24.13 %)		 0
(0 %)		 240,110
(3.16 %)		 31,325
(2.25 %)		 20,749
(1.34 %)
3 Anna's hummingbird
GCA_003957555.2		 n/a n/a 12,258
(1.95 %)		 20,580
(2.26 %)		 n/a 41.49
(98.48 %)		 0
(0 %)		 429
(1.52 %)		 160
(100.00 %)		 535,315
(7.95 %)		 262,056
(1.51 %)		 6,092,351
(20.84 %)		 0
(0 %)		 152,105
(1.27 %)		 17,130
(1.48 %)		 15,125
(1.04 %)
4 barn swallow (bHirRus1 v2 primary hap 2021 refseq)
GCF_015227805.1		 43,374
(5.14 %)		 n/a 12,385
(1.88 %)		 23,302
(2.31 %)		 n/a 42.54
(97.69 %)		 0
(0 %)		 1,102
(2.31 %)		 617
(100.00 %)		 579,928
(6.20 %)		 364,636
(2.27 %)		 6,198,840
(21.01 %)		 0
(0 %)		 237,664
(1.56 %)		 36,546
(2.82 %)		 29,760
(1.66 %)
5 barn swallow (bHirRus1 v3 primary hap 2021 genbank)
GCA_015227805.3		 n/a n/a 12,395
(1.89 %)		 23,302
(2.31 %)		 n/a 42.54
(97.69 %)		 0
(0 %)		 1,102
(2.31 %)		 617
(100.00 %)		 664,757
(13.92 %)		 364,636
(2.27 %)		 6,198,840
(21.01 %)		 0
(0 %)		 237,664
(1.56 %)		 36,548
(2.85 %)		 29,760
(1.66 %)
6 black rhinoceros (mBicDic1 primary hap 2021 genbank)
GCA_020826845.1		 56,255
(36.51 %)		 n/a 18,774
(1.38 %)		 22,346
(1.26 %)		 n/a 41.59
(99.95 %)		 0
(0 %)		 215
(0.05 %)		 1,075
(100.00 %)		 4,200,385
(36.22 %)		 548,030
(8.34 %)		 14,347,639
(40.14 %)		 2
(0.00 %)		 984,722
(2.61 %)		 43,525
(1.14 %)		 33,963
(0.76 %)
7 black-legged kittiwake (bRisTri1.patW 2023 genbank)
GCA_028500815.1		 51,115
(48.16 %)		 n/a 13,211
(1.67 %)		 24,108
(1.99 %)		 n/a 44.40
(99.94 %)		 0
(0 %)		 283
(0.06 %)		 716
(100.00 %)		 521,275
(5.36 %)		 236,727
(8.62 %)		 5,684,588
(26.70 %)		 8
(0.00 %)		 651,836
(3.67 %)		 45,318
(4.71 %)		 36,668
(1.67 %)
8 blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v2 2020)
GCA_009873245.2		 n/a n/a 19,164
(1.81 %)		 20,546
(1.41 %)		 34,210
(1.86 %)		 40.88
(98.91 %)		 0
(0 %)		 936
(1.09 %)		 130
(100.00 %)		 3,999,202
(44.22 %)		 581,540
(1.22 %)		 12,900,977
(34.62 %)		 2
(0.00 %)		 424,951
(1.36 %)		 67,189
(1.73 %)		 46,700
(1.41 %)
9 blue whale (alternate hap JJ_BM4_2016_0621 2019)
GCA_008658375.1		 n/a n/a 17,285
(1.80 %)		 21,295
(1.43 %)		 n/a 41.22
(100.00 %)		 0
(0 %)		 n/a 12,574
(100.00 %)		 3,196,354
(43.47 %)		 467,194
(1.26 %)		 10,176,588
(33.66 %)		 0
(0 %)		 306,308
(1.20 %)		 56,916
(1.85 %)		 39,871
(1.51 %)
10 blunt-snouted clingfish (v1 2019 genbank)
GCA_900634775.1		 47,312
(59.52 %)		 n/a 14,496
(1.97 %)		 28,873
(5.58 %)		 60,981
(6.13 %)		 38.27
(98.47 %)		 0
(0 %)		 1,160
(1.53 %)		 441
(100.00 %)		 731,730
(4.21 %)		 471,620
(4.92 %)		 5,974,002
(42.88 %)		 0
(0 %)		 455,135
(4.01 %)		 29,050
(1.48 %)		 14,672
(0.63 %)
11 blunt-snouted clingfish (v1 2019 refseq)
GCF_900634775.1		 47,312
(7.12 %)		 n/a 14,496
(1.97 %)		 28,873
(5.58 %)		 60,981
(6.13 %)		 38.27
(98.47 %)		 0
(0 %)		 1,160
(1.53 %)		 441
(100.00 %)		 731,730
(4.21 %)		 471,620
(4.92 %)		 5,974,002
(42.88 %)		 0
(0 %)		 455,135
(4.01 %)		 29,050
(1.48 %)		 14,672
(0.63 %)
12 Bornean orangutan (v1 AG05252 alternate hap 2023 genbank)
GCA_028885525.1		 n/a n/a 19,820
(1.76 %)		 20,399
(1.15 %)		 n/a 40.98
(99.88 %)		 36
(0.12 %)		 36
(0.12 %)		 251
(99.88 %)		 5,232,617
(54.01 %)		 1,003,539
(10.19 %)		 14,858,575
(42.10 %)		 0
(0 %)		 2,511,941
(4.39 %)		 42,467
(1.24 %)		 29,563
(0.80 %)
13 Bornean orangutan (v1 AG05252 primary hap 2023 refseq)
GCF_028885625.1		 81,966
(2.93 %)		 n/a 20,794
(1.72 %)		 21,307
(1.13 %)		 n/a 41.13
(99.86 %)		 39
(0.14 %)		 39
(0.14 %)		 1,593
(99.86 %)		 5,651,267
(54.21 %)		 1,155,151
(9.33 %)		 16,242,823
(42.82 %)		 0
(0 %)		 2,513,241
(4.25 %)		 52,294
(2.02 %)		 36,160
(1.02 %)
14 budgerigar
GCA_012275295.1		 32,026
(47.01 %)		 n/a 13,250
(1.87 %)		 23,063
(2.25 %)		 26,324
(3.11 %)		 41.80
(99.72 %)		 0
(0 %)		 284
(0.28 %)		 865
(100.00 %)		 539,059
(10.20 %)		 279,511
(3.12 %)		 5,874,608
(22.08 %)		 1
(0.00 %)		 324,823
(2.05 %)		 21,155
(1.61 %)		 17,590
(1.10 %)
15 California sea lion (v1 2019)
GCA_009762305.1		 n/a n/a 21,020
(1.79 %)		 20,045
(1.39 %)		 45,176
(2.15 %)		 41.40
(99.28 %)		 0
(0 %)		 122
(0.72 %)		 43
(100.00 %)		 4,529,949
(43.67 %)		 589,962
(1.24 %)		 13,266,465
(33.77 %)		 0
(0 %)		 491,959
(1.43 %)		 51,989
(1.50 %)		 48,284
(1.32 %)
16 California sea lion (alternate hap 2019)
GCA_009762295.1		 n/a n/a 18,348
(1.81 %)		 18,692
(1.47 %)		 n/a 41.58
(100.00 %)		 0
(0 %)		 n/a 3,093
(100.00 %)		 3,722,619
(42.89 %)		 488,086
(1.26 %)		 10,893,132
(33.14 %)		 0
(0 %)		 393,471
(1.40 %)		 44,449
(1.57 %)		 41,300
(1.38 %)
17 Canada lynx (LIC74 v1 2019)
GCF_007474595.1		 50,094
(2.69 %)		 n/a 18,283
(1.66 %)		 19,326
(1.35 %)		 38,985
(1.96 %)		 41.70
(99.88 %)		 0
(0 %)		 848
(0.12 %)		 66
(100.00 %)		 5,016,399
(43.75 %)		 904,986
(1.75 %)		 13,476,288
(34.20 %)		 0
(0 %)		 572,992
(1.64 %)		 66,822
(2.52 %)		 60,494
(2.02 %)
18 Canada lynx (alternate hap LIC74 2019)
GCA_007474575.1		 n/a n/a 12,029
(1.42 %)		 15,171
(1.16 %)		 n/a 41.46
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 3
(0.00 %)		 15,036
(100.00 %)		 2,937,491
(43.50 %)		 544,410
(1.76 %)		 7,641,565
(32.72 %)		 0
(0 %)		 294,221
(1.43 %)		 39,082
(2.44 %)		 34,616
(1.88 %)
19 channel bull blenny
GCA_900634415.1		 40,788
(61.50 %)		 n/a 14,472
(3.02 %)		 24,012
(6.59 %)		 60,720
(10.43 %)		 40.96
(99.58 %)		 0
(0 %)		 445
(0.42 %)		 322
(100.00 %)		 420,697
(5.49 %)		 320,518
(6.91 %)		 3,394,846
(28.67 %)		 0
(0 %)		 452,303
(4.62 %)		 20,453
(1.39 %)		 10,802
(0.65 %)
20 chimpanzee (v1 AG18354 alternate hap 2023 genbank)
GCA_028858805.1		 n/a n/a 20,001
(1.79 %)		 21,230
(1.19 %)		 n/a 40.62
(99.78 %)		 22
(0.22 %)		 22
(0.22 %)		 141
(99.78 %)		 5,092,768
(48.83 %)		 946,933
(11.75 %)		 14,844,947
(42.39 %)		 0
(0 %)		 3,140,392
(5.61 %)		 47,662
(1.21 %)		 29,340
(0.82 %)
21 chimpanzee (v1 AG18354 primary hap 2023 refseq)
GCF_028858775.1		 111,282
(4.36 %)		 n/a 20,990
(1.75 %)		 21,705
(1.15 %)		 n/a 40.94
(99.90 %)		 29
(0.10 %)		 29
(0.10 %)		 1,500
(99.90 %)		 5,581,205
(50.06 %)		 1,158,792
(10.59 %)		 15,972,274
(43.09 %)		 0
(0 %)		 3,093,549
(5.27 %)		 61,901
(2.29 %)		 38,043
(1.17 %)
22 climbing perch (v1.2 2018 genbank)
GCA_900324465.2		 42,746
(63.74 %)		 n/a 15,239
(3.53 %)		 39,067
(7.54 %)		 63,908
(10.45 %)		 40.40
(99.35 %)		 0
(0 %)		 266
(0.65 %)		 50
(100.00 %)		 324,479
(2.66 %)		 130,248
(1.89 %)		 3,324,960
(21.31 %)		 0
(0 %)		 169,785
(2.72 %)		 10,500
(0.87 %)		 7,574
(0.57 %)
23 climbing perch (v1.2 2018 refseq)
GCF_900324465.2		 42,746
(13.53 %)		 n/a 15,241
(3.53 %)		 39,067
(7.54 %)		 63,908
(10.45 %)		 40.40
(99.35 %)		 0
(0 %)		 266
(0.65 %)		 51
(100.00 %)		 324,324
(2.66 %)		 130,249
(1.89 %)		 3,325,009
(21.31 %)		 0
(0 %)		 169,785
(2.72 %)		 10,500
(0.87 %)		 7,574
(0.57 %)
24 common brushtail (genbank 2020)
GCA_011100635.1		 37,661
(35.20 %)		 n/a 18,681
(0.81 %)		 15,375
(0.86 %)		 n/a 39.48
(99.44 %)		 0
(0 %)		 1,796
(0.56 %)		 212
(100.00 %)		 7,598,697
(38.92 %)		 1,259,434
(1.97 %)		 22,071,301
(40.56 %)		 0
(0 %)		 455,834
(1.17 %)		 17,762
(0.38 %)		 13,986
(0.24 %)
25 common bottlenose dolphin (maternal Y genbank 2020)
GCA_011762595.1		 67,207
(45.84 %)		 n/a 18,772
(1.77 %)		 20,527
(1.42 %)		 35,815
(1.58 %)		 41.44
(99.74 %)		 0
(0 %)		 674
(0.26 %)		 362
(100.00 %)		 4,067,521
(46.14 %)		 628,982
(2.12 %)		 12,490,896
(35.29 %)		 1
(0.00 %)		 597,652
(1.78 %)		 65,551
(1.90 %)		 43,161
(1.35 %)
26 common cuckoo (bCucCan1 primary hap 2021 genbank)
GCA_017976375.1		 50,206
(57.28 %)		 n/a 13,179
(1.84 %)		 25,859
(2.41 %)		 n/a 42.18
(99.58 %)		 0
(0 %)		 296
(0.42 %)		 151
(100.00 %)		 521,043
(9.61 %)		 310,469
(2.36 %)		 6,712,849
(21.76 %)		 0
(0 %)		 326,521
(1.83 %)		 25,267
(1.71 %)		 20,672
(1.05 %)
27 common swift (bApuApu2 2021 genbank)
GCA_020740795.1		 39,986
(53.94 %)		 n/a 12,277
(1.88 %)		 20,379
(2.16 %)		 n/a 41.95
(99.84 %)		 0
(0 %)		 256
(0.16 %)		 109
(100.00 %)		 533,758
(8.66 %)		 199,748
(1.12 %)		 6,353,957
(21.19 %)		 1
(0.00 %)		 113,872
(0.91 %)		 20,393
(1.74 %)		 16,313
(0.88 %)
28 denticle herring (v1 2019)
GCF_900700375.1		 59,645
(12.74 %)		 n/a 16,556
(3.78 %)		 37,861
(8.42 %)		 72,719
(10.66 %)		 43.69
(99.18 %)		 0
(0 %)		 464
(0.82 %)		 460
(100.00 %)		 403,512
(3.23 %)		 224,282
(4.61 %)		 2,948,671
(28.79 %)		 0
(0 %)		 306,165
(4.31 %)		 64,661
(9.49 %)		 52,867
(4.93 %)
29 downy woodpecker (bDryPub1 primary hap 2020)
GCA_014839835.1		 25,483
(48.39 %)		 n/a 12,405
(1.70 %)		 23,073
(2.18 %)		 n/a 45.31
(99.66 %)		 0
(0 %)		 187
(0.34 %)		 181
(100.00 %)		 1,008,118
(21.51 %)		 378,537
(3.38 %)		 5,846,717
(32.04 %)		 0
(0 %)		 791,076
(4.25 %)		 26,005
(1.75 %)		 19,919
(1.16 %)
30 eastern happy (v2 2018)
GCF_900246225.1		 57,615
(9.59 %)		 n/a 15,348
(2.22 %)		 28,518
(6.29 %)		 42,170
(8.31 %)		 41.07
(99.87 %)		 115
(0.00 %)		 490
(0.13 %)		 364
(100.00 %)		 527,486
(5.98 %)		 217,915
(1.89 %)		 4,547,443
(30.78 %)		 2
(0.00 %)		 212,425
(2.79 %)		 33,005
(1.88 %)		 16,748
(0.95 %)
31 emu (v1 ZJU1.0 2020)
GCA_016128335.1		 n/a n/a 13,181
(1.74 %)		 24,708
(2.10 %)		 33,433
(3.99 %)		 42.41
(100.00 %)		 0
(0 %)		 512
(0.00 %)		 802
(100.00 %)		 504,527
(4.38 %)		 259,276
(2.59 %)		 7,105,965
(19.15 %)		 8
(0.00 %)		 316,149
(1.79 %)		 41,784
(5.52 %)		 41,105
(3.30 %)
32 epaulette shark (sHemOce1 2021 genbank)
GCA_020745735.1		 43,156
(39.58 %)		 n/a 12,439
(0.39 %)		 19,520
(1.06 %)		 n/a 42.76
(98.05 %)		 0
(0 %)		 3,716
(1.95 %)		 1,963
(100.00 %)		 9,211,963
(69.93 %)		 935,037
(6.51 %)		 20,660,613
(43.88 %)		 0
(0 %)		 2,903,274
(4.44 %)		 41,682
(1.08 %)		 13,048
(0.16 %)
33 Eurasian red squirrel (v1.1 2019)
GCA_902686455.1		 n/a n/a 21,298
(1.58 %)		 21,024
(1.36 %)		 36,645
(1.54 %)		 40.08
(94.33 %)		 0
(0 %)		 1,177
(5.67 %)		 638
(100.00 %)		 4,680,964
(35.76 %)		 704,218
(1.42 %)		 14,991,981
(31.49 %)		 5
(0.00 %)		 419,662
(1.29 %)		 48,159
(1.04 %)		 45,455
(0.95 %)
34 Eurasian water vole (v1 2020)
GCF_903992535.1		 45,658
(2.52 %)		 n/a 19,724
(1.77 %)		 19,069
(1.47 %)		 34,561
(2.01 %)		 42.15
(99.74 %)		 0
(0 %)		 872
(0.26 %)		 216
(100.00 %)		 4,098,151
(26.75 %)		 1,088,237
(2.91 %)		 12,853,776
(32.42 %)		 5
(0.00 %)		 518,686
(1.69 %)		 19,000
(0.58 %)		 16,851
(0.46 %)
35 European turtle dove (v1.1 primary hap 2019)
GCA_901699155.1		 n/a n/a 12,415
(1.77 %)		 23,484
(2.17 %)		 n/a 41.84
(99.67 %)		 0
(0 %)		 894
(0.33 %)		 357
(100.00 %)		 539,737
(7.60 %)		 227,500
(1.16 %)		 6,768,805
(21.05 %)		 4
(0.00 %)		 181,333
(1.65 %)		 34,729
(2.65 %)		 30,692
(1.70 %)
36 European turtle dove
GCA_901699165.1		 n/a n/a 11,276
(1.79 %)		 21,238
(2.15 %)		 n/a 41.73
(100.00 %)		 0
(0 %)		 n/a 3,333
(100.00 %)		 466,567
(7.08 %)		 182,345
(0.97 %)		 6,037,183
(20.24 %)		 0
(0 %)		 110,549
(1.11 %)		 29,648
(2.35 %)		 26,084
(1.59 %)
37 European woodmouse (2022 genbank)
GCA_947179515.1		 54,113
(34.13 %)		 n/a 19,960
(1.65 %)		 19,954
(1.25 %)		 n/a 41.23
(99.99 %)		 0
(0 %)		 1,129
(0.01 %)		 498
(100.00 %)		 4,863,656
(37.41 %)		 1,795,997
(8.95 %)		 13,681,786
(40.58 %)		 17
(0.00 %)		 2,516,599
(5.37 %)		 23,961
(0.53 %)		 17,318
(0.36 %)
38 flier cichlid
GCA_007364275.2		 n/a n/a 15,436
(2.15 %)		 26,448
(5.90 %)		 64,657
(6.60 %)		 41.23
(98.19 %)		 0
(0 %)		 744
(1.81 %)		 189
(100.00 %)		 1,014,141
(16.95 %)		 287,037
(2.21 %)		 5,305,987
(30.67 %)		 0
(0 %)		 227,443
(2.84 %)		 24,130
(1.26 %)		 11,082
(0.48 %)
39 Gabon caecilian
GCA_902459505.1		 54,713
(61.19 %)		 n/a 14,267
(0.51 %)		 29,026
(1.40 %)		 n/a 43.24
(99.85 %)		 0
(0 %)		 433
(0.15 %)		 163
(100.00 %)		 1,311,113
(1.64 %)		 1,364,596
(3.83 %)		 19,589,738
(52.85 %)		 3
(0.00 %)		 1,182,977
(2.68 %)		 270,923
(4.52 %)		 38,622
(0.50 %)
40 gilthead seabream (v1 2019)
GCF_900880675.1		 59,027
(10.96 %)		 n/a 15,412
(2.36 %)		 31,802
(6.47 %)		 73,197
(7.97 %)		 41.94
(99.96 %)		 0
(0 %)		 1,050
(0.04 %)		 176
(100.00 %)		 531,360
(3.04 %)		 305,809
(3.03 %)		 4,701,694
(25.69 %)		 0
(0 %)		 355,475
(3.53 %)		 47,327
(2.41 %)		 23,697
(1.07 %)
41 golden eagle (2019)
GCF_900496995.1		 55,164
(5.86 %)		 n/a 13,226
(1.87 %)		 23,033
(2.15 %)		 25,921
(3.22 %)		 42.11
(99.61 %)		 0
(0 %)		 191
(0.39 %)		 142
(100.00 %)		 519,341
(5.86 %)		 180,990
(0.79 %)		 7,005,531
(19.25 %)		 1
(0.00 %)		 53,053
(0.51 %)		 37,343
(3.12 %)		 34,701
(1.97 %)
42 golden eagle (v1.2 alternate hap 2019)
GCA_902153765.1		 n/a n/a 9,334
(1.82 %)		 17,594
(2.12 %)		 n/a 42.53
(99.93 %)		 0
(0 %)		 39
(0.07 %)		 3,860
(100.00 %)		 356,284
(6.03 %)		 123,430
(0.80 %)		 4,417,887
(19.25 %)		 0
(0 %)		 53,254
(0.85 %)		 28,919
(3.52 %)		 25,970
(2.20 %)
43 greater horseshoe bat (v1 MPI-CBG 2019 genbank)
GCA_004115265.2		 53,353
(46.77 %)		 n/a 18,647
(1.97 %)		 20,359
(1.68 %)		 n/a 40.54
(99.64 %)		 0
(0 %)		 158
(0.36 %)		 135
(100.00 %)		 3,301,020
(34.99 %)		 564,790
(1.35 %)		 12,217,069
(29.39 %)		 0
(0 %)		 171,202
(0.67 %)		 32,445
(1.06 %)		 30,625
(0.98 %)
44 greater horseshoe bat (v1 MPI-CBG 2019 refseq)
GCF_004115265.1		 53,352
(3.13 %)		 n/a 18,647
(1.97 %)		 20,359
(1.68 %)		 n/a 40.54
(99.64 %)		 0
(0 %)		 158
(0.36 %)		 134
(100.00 %)		 3,300,836
(34.99 %)		 564,789
(1.35 %)		 12,217,020
(29.39 %)		 0
(0 %)		 171,202
(0.67 %)		 32,445
(1.06 %)		 30,627
(0.98 %)
45 greater pipefish
GCA_901709675.1		 n/a n/a 13,467
(5.26 %)		 42,380
(12.01 %)		 n/a 43.46
(100.00 %)		 0
(0 %)		 43
(0.00 %)		 87
(100.00 %)		 193,442
(3.05 %)		 125,716
(4.25 %)		 1,676,004
(25.93 %)		 0
(0 %)		 112,918
(3.25 %)		 46,340
(13.40 %)		 32,897
(5.93 %)
46 green sea turtle (v1 2020)
GCF_015237465.1		 56,917
(3.63 %)		 n/a 14,729
(1.06 %)		 17,439
(1.56 %)		 n/a 44.01
(99.44 %)		 0
(0 %)		 294
(0.56 %)		 99
(100.00 %)		 1,641,730
(15.08 %)		 304,356
(1.25 %)		 11,136,918
(31.96 %)		 0
(0 %)		 429,794
(1.68 %)		 49,035
(1.44 %)		 26,943
(0.68 %)
47 Indian glassy fish (v1 2019)
GCF_900634625.1		 44,096
(12.32 %)		 n/a 15,337
(3.60 %)		 23,988
(7.92 %)		 60,224
(10.41 %)		 42.38
(98.08 %)		 0
(0 %)		 1,523
(1.92 %)		 156
(100.00 %)		 346,406
(3.02 %)		 163,522
(3.00 %)		 2,755,229
(25.07 %)		 0
(0 %)		 235,504
(4.25 %)		 17,930
(1.47 %)		 9,748
(0.74 %)
48 kakapo
GCA_004027225.2		 49,757
(54.33 %)		 n/a 13,112
(1.92 %)		 17,637
(2.48 %)		 n/a 41.97
(99.08 %)		 0
(0 %)		 373
(0.92 %)		 90
(100.00 %)		 507,072
(7.85 %)		 208,180
(1.08 %)		 6,258,178
(20.50 %)		 0
(0 %)		 165,532
(1.34 %)		 22,278
(1.77 %)		 19,230
(1.21 %)
49 Korean giant-fin mudskipper (v1 primary hap 2020 genbank)
GCA_009829125.1		 29,504
(53.56 %)		 n/a 14,221
(2.37 %)		 44,144
(5.80 %)		 41,384
(6.20 %)		 40.22
(99.05 %)		 0
(0 %)		 700
(0.95 %)		 124
(100.00 %)		 423,338
(4.48 %)		 551,472
(7.22 %)		 4,887,148
(38.97 %)		 5
(0.00 %)		 523,224
(4.75 %)		 37,287
(2.58 %)		 18,380
(0.95 %)
50 Korean giant-fin mudskipper (v1 primary hap 2020 refseq)
GCF_009829125.1		 29,517
(6.48 %)		 n/a 14,243
(2.37 %)		 44,144
(5.80 %)		 41,421
(6.20 %)		 40.22
(99.05 %)		 0
(0 %)		 700
(0.95 %)		 124
(100.00 %)		 423,274
(4.48 %)		 551,472
(7.22 %)		 4,887,142
(38.97 %)		 5
(0.00 %)		 523,224
(4.75 %)		 37,287
(2.58 %)		 18,380
(0.95 %)
51 lanner falcon (bFalBia1 primary hap 2022 genbank)
GCA_023638135.1		 48,561
(51.20 %)		 n/a 12,862
(1.69 %)		 21,562
(1.92 %)		 n/a 43.03
(99.83 %)		 0
(0 %)		 158
(0.17 %)		 397
(100.00 %)		 439,975
(3.77 %)		 203,640
(6.96 %)		 6,921,438
(23.57 %)		 2
(0.00 %)		 479,269
(2.67 %)		 32,398
(2.65 %)		 19,870
(0.89 %)
52 leatherback sea turtle (v1 2019 genbank G10K)
GCA_009764565.1		 n/a n/a 14,572
(1.03 %)		 16,165
(1.42 %)		 n/a 43.36
(99.74 %)		 0
(0 %)		 558
(0.26 %)		 55
(100.00 %)		 1,631,923
(15.09 %)		 303,440
(1.14 %)		 11,122,938
(34.12 %)		 1
(0.00 %)		 664,235
(2.49 %)		 35,505
(1.37 %)		 19,641
(0.51 %)
53 leatherback sea turtle (v3 2020 refseq G10K)
GCF_009764565.2		 62,576
(3.50 %)		 n/a 14,610
(1.03 %)		 16,359
(1.45 %)		 n/a 43.35
(99.74 %)		 0
(0 %)		 667
(0.26 %)		 40
(100.00 %)		 1,637,236
(15.13 %)		 304,730
(1.14 %)		 11,121,967
(34.21 %)		 3
(0.00 %)		 670,755
(2.51 %)		 35,485
(1.36 %)		 19,615
(0.51 %)
54 leatherback sea turtle (v1 alternate hap 2020)
GCA_009762595.1		 n/a n/a 10,857
(1.01 %)		 15,585
(1.46 %)		 n/a 43.54
(100.00 %)		 0
(0 %)		 n/a 8,982
(100.00 %)		 1,090,219
(15.03 %)		 206,192
(1.19 %)		 7,154,939
(33.03 %)		 0
(0 %)		 432,559
(2.40 %)		 25,155
(1.42 %)		 14,585
(0.57 %)
55 lesser kestrel (v1 2021)
GCF_017639655.1		 47,420
(5.64 %)		 n/a 13,097
(1.80 %)		 22,203
(2.07 %)		 n/a 42.30
(99.66 %)		 0
(0 %)		 298
(0.34 %)		 291
(100.00 %)		 516,498
(5.58 %)		 210,236
(1.26 %)		 7,133,927
(19.19 %)		 1
(0.00 %)		 132,959
(0.79 %)		 27,558
(2.21 %)		 21,862
(1.03 %)
56 lesser rhea (bPtePen1 primary hap 2023 genbank)
GCA_028389875.1		 39,024
(47.65 %)		 n/a 13,358
(1.72 %)		 23,870
(2.13 %)		 n/a 42.45
(99.89 %)		 0
(0 %)		 128
(0.11 %)		 179
(100.00 %)		 674,141
(6.73 %)		 329,122
(5.34 %)		 6,820,211
(22.78 %)		 1
(0.00 %)		 266,226
(1.85 %)		 45,073
(5.83 %)		 38,575
(2.59 %)
57 live sharksucker (v1 2019)
GCF_900963305.1		 40,255
(11.91 %)		 n/a 14,975
(3.53 %)		 22,304
(7.09 %)		 56,266
(9.51 %)		 41.43
(99.89 %)		 0
(0 %)		 140
(0.11 %)		 38
(100.00 %)		 448,828
(3.61 %)		 146,353
(1.65 %)		 3,204,476
(21.79 %)		 0
(0 %)		 109,664
(1.83 %)		 16,807
(1.33 %)		 12,095
(0.89 %)
58 lumpfish (genbank)
GCA_009769545.1		 41,612
(58.17 %)		 n/a 14,748
(3.32 %)		 49,223
(8.10 %)		 52,721
(8.34 %)		 42.83
(98.22 %)		 0
(0 %)		 347
(1.78 %)		 49
(100.00 %)		 478,416
(6.02 %)		 421,634
(11.07 %)		 2,928,668
(27.98 %)		 1
(0.00 %)		 655,785
(6.31 %)		 53,323
(5.09 %)		 32,724
(2.40 %)
59 mute swan (2019)
GCA_009769625.1		 n/a n/a 12,973
(1.97 %)		 22,300
(2.18 %)		 n/a 41.92
(99.06 %)		 0
(0 %)		 446
(0.94 %)		 181
(100.00 %)		 688,720
(7.65 %)		 301,358
(1.34 %)		 6,775,217
(21.21 %)		 1
(0.00 %)		 78,646
(0.75 %)		 31,271
(3.60 %)		 29,996
(2.02 %)
60 mute swan (bCygOlo1 v1 alternate hap 2019)
GCA_009769485.1		 n/a n/a 10,083
(1.97 %)		 18,350
(2.23 %)		 n/a 42.22
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 3
(0.00 %)		 5,616
(100.00 %)		 485,827
(7.06 %)		 212,892
(1.28 %)		 4,756,962
(19.95 %)		 0
(0 %)		 53,808
(0.72 %)		 25,670
(3.87 %)		 24,319
(2.23 %)
61 Nelson's sparrow (bAmmNel1 primary hap 2023 genbank)
GCA_027579445.1		 31,033
(46.15 %)		 n/a 12,385
(1.72 %)		 24,339
(2.24 %)		 n/a 43.01
(99.57 %)		 0
(0 %)		 215
(0.43 %)		 77
(100.00 %)		 479,994
(3.33 %)		 443,098
(9.18 %)		 6,350,593
(25.82 %)		 5
(0.00 %)		 478,923
(3.35 %)		 31,693
(3.88 %)		 22,817
(1.16 %)
62 New Zealand spotty (genbank)
GCA_009762535.1		 n/a n/a 14,609
(2.22 %)		 43,262
(5.33 %)		 60,241
(8.02 %)		 40.86
(98.32 %)		 0
(0 %)		 1,135
(1.69 %)		 468
(100.00 %)		 519,324
(4.65 %)		 393,329
(5.54 %)		 4,522,265
(33.34 %)		 4
(0.00 %)		 548,988
(4.42 %)		 18,302
(0.85 %)		 8,002
(0.35 %)
63 Nicobar pigeon (hap1 2024 genbank)
GCA_036013445.1		 n/a n/a 13,359
(1.72 %)		 24,921
(2.13 %)		 n/a 44.64
(100.00 %)		 0
(0 %)		 117
(0.00 %)		 807
(100.00 %)		 705,078
(18.28 %)		 342,299
(9.55 %)		 6,410,095
(28.06 %)		 0
(0 %)		 778,929
(4.34 %)		 38,589
(9.40 %)		 31,814
(1.47 %)
64 North Atlantic right whale (hap2 2023 genbank)
GCA_028564815.1		 n/a n/a 19,541
(1.47 %)		 21,516
(1.25 %)		 n/a 41.69
(99.83 %)		 0
(0 %)		 363
(0.17 %)		 779
(100.00 %)		 1,361,117
(2.23 %)		 836,632
(13.12 %)		 12,597,969
(44.00 %)		 11
(0.00 %)		 1,395,565
(3.89 %)		 93,862
(1.92 %)		 40,806
(0.95 %)
65 northern pike
GCA_011004845.1		 63,720
(60.35 %)		 n/a 16,616
(2.41 %)		 55,784
(5.64 %)		 82,918
(8.82 %)		 42.22
(99.89 %)		 0
(0 %)		 112
(0.11 %)		 53
(100.00 %)		 1,039,521
(30.93 %)		 524,708
(7.32 %)		 4,691,094
(32.91 %)		 1
(0.00 %)		 602,569
(4.43 %)		 42,910
(2.52 %)		 22,099
(1.02 %)
66 pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v1 2019)
GCF_004126475.1		 35,529
(2.39 %)		 n/a 18,185
(1.70 %)		 20,184
(1.64 %)		 41,094
(3.29 %)		 42.38
(98.92 %)		 0
(0 %)		 831
(1.08 %)		 141
(100.00 %)		 3,072,951
(30.02 %)		 385,608
(0.80 %)		 12,060,365
(30.47 %)		 1
(0.00 %)		 173,548
(0.73 %)		 64,081
(4.30 %)		 66,821
(4.05 %)
67 pale spear-nosed bat (alternate hap MPI-MPIP 2019)
GCA_004115245.1		 n/a n/a 18,118
(1.63 %)		 23,536
(1.65 %)		 n/a 42.48
(100.00 %)		 38
(0.00 %)		 38
(0.00 %)		 10,873
(100.00 %)		 3,001,130
(29.46 %)		 375,042
(0.79 %)		 11,813,971
(29.64 %)		 0
(0 %)		 140,066
(0.57 %)		 67,712
(4.23 %)		 70,108
(3.94 %)
68 peregrine falcon (bFalPer1 primary hap 2022 genbank)
GCA_023634155.1		 49,100
(50.44 %)		 n/a 13,025
(1.67 %)		 24,167
(2.02 %)		 n/a 42.65
(99.69 %)		 0
(0 %)		 232
(0.31 %)		 124
(100.00 %)		 586,316
(11.83 %)		 335,214
(8.05 %)		 7,038,700
(24.65 %)		 0
(0 %)		 405,444
(2.46 %)		 26,085
(2.25 %)		 20,023
(0.87 %)
69 platypus (Pmale09 v3 2020)
GCA_004115215.3		 n/a n/a 14,805
(1.26 %)		 18,888
(1.63 %)		 n/a 46.14
(99.18 %)		 0
(0 %)		 515
(0.82 %)		 322
(100.00 %)		 5,101,303
(51.62 %)		 578,617
(2.89 %)		 9,113,847
(48.93 %)		 0
(0 %)		 1,130,252
(3.59 %)		 87,861
(7.92 %)		 74,107
(2.86 %)
70 prehistoric monster fish
GCA_902500255.1		 45,404
(55.83 %)		 n/a 14,654
(0.76 %)		 72,609
(2.41 %)		 57,391
(2.04 %)		 41.99
(99.49 %)		 0
(0 %)		 2,554
(0.51 %)		 464
(100.00 %)		 1,311,131
(2.79 %)		 786,401
(3.65 %)		 9,901,286
(59.90 %)		 3
(0.00 %)		 1,623,656
(7.33 %)		 172,199
(5.45 %)		 18,080
(0.31 %)
71 pygmy chimpanzee (v1 primary hap 2023)
GCF_029289425.1		 84,858
(3.73 %)		 n/a 20,765
(1.73 %)		 22,666
(1.18 %)		 n/a 40.49
(99.96 %)		 0
(0 %)		 8
(0.04 %)		 443
(100.00 %)		 5,487,575
(50.65 %)		 1,054,555
(12.79 %)		 15,952,698
(43.80 %)		 0
(0 %)		 3,830,835
(6.42 %)		 53,329
(1.37 %)		 27,996
(0.60 %)
72 pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 1 2022 genbank)
GCA_026419965.1		 56,261
(41.31 %)		 n/a 18,495
(1.55 %)		 20,718
(1.32 %)		 n/a 42.05
(99.81 %)		 0
(0 %)		 143
(0.19 %)		 580
(100.00 %)		 3,817,653
(34.51 %)		 758,297
(7.42 %)		 12,196,926
(39.96 %)		 0
(0 %)		 1,197,918
(3.53 %)		 101,353
(2.90 %)		 50,216
(1.47 %)
73 red-fronted tinkerbird (primary hap 2020 genbank)
GCA_015220805.1		 n/a n/a 12,345
(1.60 %)		 23,206
(2.02 %)		 n/a 45.96
(99.53 %)		 0
(0 %)		 307
(0.47 %)		 253
(100.00 %)		 1,082,064
(22.90 %)		 378,866
(4.28 %)		 6,003,548
(35.88 %)		 0
(0 %)		 1,148,448
(6.01 %)		 26,519
(1.76 %)		 21,399
(1.21 %)
74 reedfish (v1 alternate hap 2019)
GCA_900700845.2		 n/a n/a 9,950
(0.37 %)		 31,611
(1.22 %)		 n/a 39.44
(100.00 %)		 5
(0.00 %)		 5
(0.00 %)		 38,598
(100.00 %)		 1,300,565
(2.57 %)		 685,834
(2.21 %)		 14,691,576
(45.66 %)		 0
(0 %)		 588,794
(1.83 %)		 63,365
(1.11 %)		 17,365
(0.32 %)
75 reedfish (2019)
GCF_900747795.1		 40,545
(1.73 %)		 n/a 13,154
(0.46 %)		 24,028
(1.29 %)		 34,856
(1.34 %)		 39.44
(93.75 %)		 0
(0 %)		 5,614
(6.25 %)		 1,885
(100.00 %)		 1,834,613
(2.79 %)		 1,018,031
(2.36 %)		 20,081,632
(44.56 %)		 4
(0.00 %)		 1,039,686
(2.44 %)		 88,254
(1.06 %)		 22,510
(0.28 %)
76 river trout (v1 2019)
GCF_901001165.1		 102,772
(6.02 %)		 n/a 27,413
(1.62 %)		 51,424
(4.17 %)		 121,979
(5.28 %)		 43.36
(96.90 %)		 0
(0 %)		 3,941
(3.10 %)		 1,441
(100.00 %)		 1,438,988
(5.72 %)		 1,789,507
(15.87 %)		 9,819,761
(52.37 %)		 2
(0.00 %)		 3,428,195
(8.64 %)		 70,821
(1.77 %)		 18,627
(0.33 %)
77 rock pigeon (v1 racing homer 2024)
GCA_036013475.1		 n/a n/a 13,145
(1.66 %)		 28,883
(2.53 %)		 n/a 42.00
(100.00 %)		 0
(0 %)		 248
(0.00 %)		 870
(100.00 %)		 656,923
(11.76 %)		 412,678
(12.92 %)		 6,047,578
(29.90 %)		 0
(0 %)		 1,266,126
(5.89 %)		 36,847
(3.12 %)		 31,114
(1.65 %)
78 rock pigeon (v2 racing homer 2024 genbank)
GCA_036013475.2		 n/a n/a 13,146
(1.66 %)		 25,463
(2.12 %)		 n/a 42.00
(100.00 %)		 0
(0 %)		 249
(0.00 %)		 870
(100.00 %)		 656,969
(11.76 %)		 412,670
(12.92 %)		 6,047,584
(29.90 %)		 0
(0 %)		 1,266,456
(5.89 %)		 36,847
(3.12 %)		 31,115
(1.65 %)
79 Saker falcon (bFalChe1 primary hap 2022 genbank)
GCA_023634085.1		 50,290
(50.75 %)		 n/a 12,971
(1.67 %)		 23,351
(2.02 %)		 n/a 43.15
(99.70 %)		 0
(0 %)		 258
(0.30 %)		 282
(100.00 %)		 548,087
(7.21 %)		 201,482
(8.55 %)		 7,030,761
(24.94 %)		 0
(0 %)		 469,777
(2.60 %)		 31,791
(2.57 %)		 20,215
(0.89 %)
80 saltmarsh sparrow (bAmmCau1 primary hap 2023 genbank)
GCA_027887145.1		 27,528
(42.80 %)		 n/a 12,832
(1.69 %)		 25,514
(2.23 %)		 n/a 43.50
(99.76 %)		 0
(0 %)		 363
(0.24 %)		 282
(100.00 %)		 541,958
(3.43 %)		 566,692
(13.38 %)		 6,205,274
(28.98 %)		 1
(0.00 %)		 651,029
(4.07 %)		 35,549
(5.05 %)		 23,802
(1.15 %)
81 San Diego alligator lizard (v1.0 HBS135686 primary hap 2022)
GCA_023053635.1		 n/a n/a 14,075
(1.15 %)		 19,587
(1.99 %)		 n/a 43.52
(100.00 %)		 0
(0 %)		 23
(0.00 %)		 85
(100.00 %)		 1,577,744
(7.81 %)		 774,690
(3.78 %)		 9,248,062
(40.42 %)		 0
(0 %)		 832,326
(3.45 %)		 80,183
(2.48 %)		 27,587
(0.82 %)
82 San Diego alligator lizard (v1.1 HBS135686 primary hap 2024 genbank)
GCA_023053635.2		 n/a n/a 14,093
(1.15 %)		 19,338
(1.96 %)		 n/a 43.52
(100.00 %)		 0
(0 %)		 73
(0.00 %)		 35
(100.00 %)		 1,577,751
(7.81 %)		 774,117
(3.78 %)		 9,248,069
(40.42 %)		 1
(0.00 %)		 823,656
(3.44 %)		 80,183
(2.48 %)		 27,586
(0.82 %)
83 siamang (v1 Jambi primary hap 2023)
GCF_028878055.1		 79,118
(2.62 %)		 n/a 20,139
(1.70 %)		 21,232
(1.14 %)		 n/a 40.62
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 1
(0.00 %)		 606
(100.00 %)		 5,278,880
(55.89 %)		 946,219
(14.68 %)		 14,395,605
(46.26 %)		 0
(0 %)		 2,376,584
(4.99 %)		 95,573
(1.75 %)		 30,053
(0.74 %)
84 Siamese fighting fish (v1 alternate hap 2019)
GCA_900651605.1		 n/a n/a 14,510
(4.12 %)		 60,058
(10.77 %)		 n/a 45.51
(100.00 %)		 0
(0 %)		 2
(0.00 %)		 3,705
(100.00 %)		 249,671
(3.68 %)		 182,366
(4.87 %)		 1,939,533
(22.55 %)		 0
(0 %)		 223,835
(4.10 %)		 72,474
(13.55 %)		 56,347
(7.50 %)
85 Siamese fighting fish (v2 primary hap 2019)
GCF_900634795.2		 54,389
(16.95 %)		 n/a 14,745
(4.21 %)		 34,348
(10.09 %)		 62,673
(13.02 %)		 45.30
(99.99 %)		 0
(0 %)		 328
(0.01 %)		 70
(100.00 %)		 252,955
(3.51 %)		 184,269
(4.62 %)		 2,010,934
(23.88 %)		 0
(0 %)		 232,426
(4.41 %)		 72,126
(13.08 %)		 55,959
(7.25 %)
86 Siamese fighting fish (v3 primary hap 2020)
GCF_900634795.3		 54,864
(17.78 %)		 n/a 14,745
(4.20 %)		 56,808
(10.87 %)		 69,466
(16.34 %)		 45.30
(99.99 %)		 0
(0 %)		 328
(0.01 %)		 70
(100.00 %)		 255,550
(3.51 %)		 184,269
(4.62 %)		 2,010,934
(23.88 %)		 0
(0 %)		 232,435
(4.41 %)		 72,126
(13.08 %)		 55,959
(7.25 %)
87 smalltooth sawfish (v2 2019 genbank)
GCA_009764475.1		 n/a n/a 11,828
(0.66 %)		 18,627
(1.55 %)		 n/a 42.38
(99.09 %)		 0
(0 %)		 698
(0.91 %)		 173
(100.00 %)		 405,021
(1.14 %)		 391,531
(1.52 %)		 11,282,302
(38.19 %)		 0
(0 %)		 471,290
(1.50 %)		 45,398
(1.34 %)		 18,572
(0.38 %)
88 sterlet (paternal 2020)
GCA_902713435.1		 n/a n/a 22,718
(1.81 %)		 34,093
(4.15 %)		 57,768
(4.88 %)		 39.60
(100.00 %)		 0
(0 %)		 422
(0.01 %)		 224
(100.00 %)		 1,145,503
(3.39 %)		 912,936
(6.84 %)		 8,839,174
(39.17 %)		 4
(0.00 %)		 1,099,124
(5.35 %)		 52,560
(1.82 %)		 14,166
(0.36 %)
89 Sumatran orangutan (v1 AG06213 primary hap 2023)
GCF_028885655.1		 98,046
(3.46 %)		 n/a 21,162
(1.68 %)		 21,714
(1.13 %)		 n/a 41.13
(99.79 %)		 59
(0.21 %)		 59
(0.21 %)		 2,670
(99.79 %)		 5,730,768
(55.05 %)		 1,175,314
(11.19 %)		 16,323,507
(44.05 %)		 0
(0 %)		 2,553,363
(4.41 %)		 55,799
(2.08 %)		 39,159
(1.10 %)
90 Swainson's thrush (v1 2019)
GCF_009819885.1		 40,128
(5.45 %)		 n/a 13,016
(1.88 %)		 24,787
(2.41 %)		 30,064
(2.94 %)		 42.48
(98.86 %)		 0
(0 %)		 428
(1.14 %)		 161
(100.00 %)		 483,978
(5.85 %)		 589,859
(4.32 %)		 6,708,638
(22.44 %)		 1
(0.00 %)		 449,585
(2.41 %)		 49,404
(3.53 %)		 22,206
(1.16 %)
91 Swainson's thrush (bCatUst1 v1 alternate hap 2019)
GCA_009819505.1		 n/a n/a 13,403
(1.85 %)		 27,456
(2.48 %)		 n/a 42.86
(100.00 %)		 0
(0 %)		 13
(0.00 %)		 3,601
(100.00 %)		 497,374
(5.78 %)		 649,859
(4.89 %)		 6,740,713
(22.65 %)		 0
(0 %)		 505,741
(2.66 %)		 49,076
(3.54 %)		 23,486
(1.21 %)
92 swamp sparrow (bMelGeo1 primary hap 2023 genbank)
GCA_028018845.1		 29,544
(46.92 %)		 n/a 12,375
(1.75 %)		 24,577
(2.31 %)		 n/a 43.08
(99.89 %)		 0
(0 %)		 236
(0.11 %)		 40
(100.00 %)		 419,473
(3.09 %)		 439,909
(7.61 %)		 6,077,743
(24.47 %)		 1
(0.00 %)		 578,723
(3.93 %)		 32,064
(3.27 %)		 22,996
(1.19 %)
93 thorny skate (genbank 2020)
GCA_010909765.1		 45,969
(46.35 %)		 n/a 11,434
(0.60 %)		 26,342
(1.72 %)		 32,017
(1.87 %)		 44.30
(92.54 %)		 0
(0 %)		 3,753
(7.46 %)		 958
(100.00 %)		 866,598
(2.58 %)		 1,176,350
(3.79 %)		 9,964,083
(52.25 %)		 26
(0.00 %)		 1,634,657
(4.98 %)		 242,676
(4.73 %)		 31,030
(0.57 %)
94 thorny skate (v1 2020)
GCF_010909765.1		 45,969
(2.40 %)		 n/a 11,433
(0.60 %)		 26,341
(1.72 %)		 32,017
(1.87 %)		 44.30
(92.54 %)		 0
(0 %)		 3,753
(7.46 %)		 957
(100.00 %)		 865,711
(2.57 %)		 1,176,348
(3.79 %)		 9,964,038
(52.25 %)		 26
(0.00 %)		 1,634,657
(4.98 %)		 242,676
(4.73 %)		 31,030
(0.57 %)
95 torafugu (fTakRub1.2 2019 refseq)
GCF_901000725.2		 53,479
(18.31 %)		 n/a 14,527
(4.79 %)		 28,597
(10.65 %)		 55,587
(14.38 %)		 45.67
(99.04 %)		 0
(0 %)		 402
(0.96 %)		 128
(100.00 %)		 281,011
(10.36 %)		 178,921
(5.32 %)		 1,642,756
(20.86 %)		 1
(0.02 %)		 281,981
(5.43 %)		 49,975
(9.63 %)		 37,920
(5.08 %)
96 village indigobird (merged hap OUT-0048 2022 genbank)
GCA_026979565.1		 n/a n/a 12,819
(1.94 %)		 24,247
(2.44 %)		 n/a 42.23
(99.98 %)		 0
(0 %)		 458
(0.02 %)		 178
(100.00 %)		 616,749
(11.96 %)		 411,917
(3.56 %)		 6,385,102
(20.91 %)		 6
(0.00 %)		 306,942
(1.90 %)		 37,940
(2.83 %)		 24,967
(1.41 %)
97 western lowland gorilla (v1 KB3781 2023)
GCF_029281585.1		 101,242
(3.18 %)		 n/a 20,994
(1.57 %)		 41,945
(1.53 %)		 n/a 40.59
(99.85 %)		 0
(0 %)		 38
(0.15 %)		 637
(100.00 %)		 5,526,927
(51.16 %)		 1,080,693
(20.38 %)		 15,929,020
(48.46 %)		 0
(0 %)		 5,690,867
(9.25 %)		 76,432
(1.35 %)		 30,764
(0.70 %)
98 white leghorn X broiler chicken (v1 leghorn haplotype v1 2021)
GCF_016700215.1		 55,865
(8.86 %)		 n/a 12,310
(2.41 %)		 22,056
(2.57 %)		 n/a 42.20
(99.65 %)		 254
(0.35 %)		 254
(0.35 %)		 509
(99.65 %)		 604,452
(10.76 %)		 232,416
(2.03 %)		 5,541,059
(20.23 %)		 2
(0.00 %)		 203,559
(1.88 %)		 22,185
(2.62 %)		 19,239
(1.58 %)
99 white-tufted-ear marmoset (v1 paternal 2020)
GCA_011100535.1		 n/a n/a 20,939
(1.94 %)		 20,416
(1.31 %)		 n/a 41.04
(99.58 %)		 0
(0 %)		 788
(0.42 %)		 336
(100.00 %)		 4,869,007
(49.39 %)		 746,577
(2.68 %)		 14,347,286
(37.59 %)		 0
(0 %)		 1,026,338
(2.34 %)		 35,222
(0.94 %)		 25,795
(0.75 %)
100 zebra finch (genbank 2020 Blue55 female)
GCA_009859065.2		 n/a n/a 12,796
(1.92 %)		 24,658
(2.44 %)		 n/a 41.91
(98.03 %)		 0
(0 %)		 789
(1.97 %)		 541
(100.00 %)		 554,338
(9.67 %)		 339,851
(2.27 %)		 6,613,146
(20.04 %)		 1
(0.00 %)		 220,583
(1.45 %)		 28,678
(2.32 %)		 22,455
(1.18 %)
101 zebra finch (refseq 2019 Black17 male)
GCF_003957565.1		 51,472
(7.16 %)		 n/a 13,211
(2.02 %)		 17,812
(2.70 %)		 38,655
(7.10 %)		 42.04
(99.78 %)		 0
(0 %)		 312
(0.22 %)		 135
(100.00 %)		 535,521
(8.50 %)		 550,118
(4.01 %)		 6,519,872
(21.47 %)		 1
(0.00 %)		 381,676
(2.04 %)		 30,053
(2.58 %)		 22,898
(1.24 %)
102 zebra finch (genbank 2019 Black17 male)
GCA_003957565.2		 n/a n/a 13,212
(2.02 %)		 25,117
(2.57 %)		 38,655
(7.10 %)		 42.04
(99.78 %)		 0
(0 %)		 312
(0.22 %)		 135
(100.00 %)		 535,521
(8.50 %)		 550,118
(4.01 %)		 6,519,872
(21.47 %)		 1
(0.00 %)		 381,676
(2.04 %)		 30,053
(2.58 %)		 22,898
(1.24 %)
103 zebra finch (alternate hap Black17 2018)
GCA_003957525.1		 n/a n/a 11,340
(1.85 %)		 22,921
(2.37 %)		 n/a 41.73
(99.98 %)		 45
(0.01 %)		 45
(0.01 %)		 5,381
(99.99 %)		 480,647
(8.44 %)		 365,668
(2.89 %)		 5,859,698
(20.27 %)		 0
(0 %)		 235,418
(1.48 %)		 24,649
(2.35 %)		 19,753
(1.21 %)
104 zig-zag eel (v1.2 2019 refseq)
GCF_900324485.2		 44,988
(12.00 %)		 n/a 15,037
(3.35 %)		 40,235
(7.28 %)		 60,496
(9.39 %)		 40.66
(97.76 %)		 0
(0 %)		 238
(2.24 %)		 123
(100.00 %)		 348,230
(2.87 %)		 157,728
(2.01 %)		 3,180,025
(23.44 %)		 0
(0 %)		 175,881
(3.08 %)		 12,807
(1.08 %)		 8,703
(0.67 %)
TOTALS:total assembly count 104

Alternate sets of VGP assembliesNCBI Refseq
Index pages:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Assembly statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Track statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies