VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics

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This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of legacy/superseded assemblies)

See also: hub accessassembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq ncbiGene xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base AGP
gap
all
gaps
assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
gap
Overlap
tandem
Dups
cpg
unmasked
cpg
island
1 African grass rat
GCA_011762505.1
n/a n/a 20,908
(1.99 %)
19,747
(1.45 %)
n/a 41.39
(99.19 %)
0
(0 %)
1,624
(0.81 %)
1,596
(100.00 %)
4,940,080
(37.33 %)
1,674,970
(5.40 %)
13,613,540
(32.71 %)
2
(0.00 %)
1,065,249
(2.09 %)
17,767
(0.51 %)
16,848
(0.46 %)
2 Atlantic halibut (genbank)
GCA_009819705.1
n/a n/a 14,962
(3.19 %)
27,576
(7.25 %)
n/a 42.21
(99.43 %)
0
(0 %)
290
(0.57 %)
57
(100.00 %)
428,418
(4.16 %)
256,153
(3.73 %)
3,725,979
(24.13 %)
0
(0 %)
240,110
(3.16 %)
31,325
(2.25 %)
20,749
(1.34 %)
3 Anna's hummingbird
GCF_003957555.1
31,091
(4.24 %)
29,929
(4.12 %)
12,248
(1.95 %)
20,821
(2.30 %)
n/a 41.49
(98.48 %)
0
(0 %)
429
(1.52 %)
159
(100.00 %)
547,346
(7.89 %)
262,055
(1.51 %)
6,092,276
(20.84 %)
0
(0 %)
152,103
(1.27 %)
17,130
(1.48 %)
15,125
(1.04 %)
4 blue whale
GCA_009873245.2
n/a n/a 19,181
(1.80 %)
20,867
(1.44 %)
34,459
(1.86 %)
40.88
(98.91 %)
0
(0 %)
936
(1.09 %)
130
(100.00 %)
3,999,199
(44.22 %)
581,540
(1.22 %)
12,900,977
(34.62 %)
2
(0.00 %)
424,951
(1.36 %)
67,189
(1.73 %)
46,700
(1.41 %)
5 blunt-snouted clingfish
GCA_900634775.1
n/a n/a 14,502
(1.97 %)
28,865
(5.58 %)
60,993
(6.13 %)
38.27
(98.47 %)
0
(0 %)
1,160
(1.53 %)
441
(100.00 %)
731,727
(4.21 %)
471,620
(4.92 %)
5,974,002
(42.88 %)
0
(0 %)
455,135
(4.01 %)
29,050
(1.48 %)
14,672
(0.63 %)
6 budgerigar
GCA_012275295.1
n/a n/a 13,243
(1.87 %)
19,393
(2.66 %)
n/a 41.80
(99.72 %)
0
(0 %)
284
(0.28 %)
865
(100.00 %)
539,056
(10.20 %)
279,511
(3.12 %)
5,874,608
(22.08 %)
1
(0.00 %)
324,798
(2.05 %)
21,155
(1.61 %)
17,590
(1.10 %)
7 California sea lion
GCA_009762305.1
n/a n/a 21,009
(1.78 %)
20,758
(1.45 %)
45,454
(2.15 %)
41.40
(99.28 %)
0
(0 %)
122
(0.72 %)
43
(100.00 %)
4,529,946
(43.67 %)
589,962
(1.24 %)
13,266,465
(33.77 %)
0
(0 %)
491,959
(1.43 %)
51,989
(1.50 %)
48,284
(1.32 %)
8 Canada lynx
GCF_007474595.1
50,094
(2.69 %)
46,934
(2.46 %)
18,273
(1.65 %)
20,245
(1.42 %)
39,235
(1.96 %)
41.70
(99.88 %)
0
(0 %)
848
(0.12 %)
66
(100.00 %)
4,941,326
(43.36 %)
904,986
(1.75 %)
13,476,288
(34.20 %)
0
(0 %)
572,994
(1.64 %)
66,816
(2.48 %)
60,664
(2.03 %)
9 channel bull blenny
GCA_900634415.1
n/a n/a 14,475
(3.02 %)
24,012
(6.59 %)
60,811
(10.44 %)
40.96
(99.58 %)
0
(0 %)
445
(0.42 %)
322
(100.00 %)
420,694
(5.49 %)
320,518
(6.91 %)
3,394,846
(28.67 %)
0
(0 %)
452,303
(4.62 %)
20,453
(1.39 %)
10,802
(0.65 %)
10 climbing perch
GCA_900324465.2
n/a n/a 15,241
(3.53 %)
22,713
(7.45 %)
64,006
(10.45 %)
40.40
(99.35 %)
0
(0 %)
266
(0.65 %)
50
(100.00 %)
324,476
(2.66 %)
130,248
(1.89 %)
3,324,960
(21.31 %)
0
(0 %)
169,785
(2.72 %)
10,500
(0.87 %)
7,574
(0.57 %)
11 common brushtail
GCA_011100635.1
n/a n/a 18,662
(0.80 %)
17,576
(0.98 %)
n/a 39.48
(99.44 %)
0
(0 %)
1,796
(0.56 %)
212
(100.00 %)
7,598,694
(38.92 %)
1,259,434
(1.97 %)
22,071,301
(40.56 %)
0
(0 %)
455,717
(1.17 %)
17,762
(0.38 %)
13,986
(0.24 %)
12 common bottlenose dolphin
GCA_011762595.1
n/a n/a 18,784
(1.76 %)
21,417
(1.48 %)
n/a 41.44
(99.74 %)
0
(0 %)
674
(0.26 %)
362
(100.00 %)
4,067,518
(46.14 %)
628,982
(2.12 %)
12,490,896
(35.29 %)
1
(0.00 %)
635,729
(1.85 %)
65,551
(1.90 %)
43,161
(1.35 %)
13 Eurasian water vole (2020)
GCF_903992535.1
45,658
(2.52 %)
n/a 19,724
(1.77 %)
19,069
(1.47 %)
n/a 42.15
(99.74 %)
0
(0 %)
872
(0.26 %)
216
(100.00 %)
4,098,151
(26.75 %)
1,088,237
(2.91 %)
12,853,776
(32.42 %)
5
(0.00 %)
518,686
(1.69 %)
19,000
(0.58 %)
16,851
(0.46 %)
14 European turtle dove (v1.1 2019 VGP)
GCA_901699155.1
n/a n/a 12,398
(1.76 %)
18,558
(2.54 %)
n/a 41.84
(99.67 %)
0
(0 %)
894
(0.33 %)
357
(100.00 %)
539,734
(7.60 %)
227,500
(1.16 %)
6,768,805
(21.05 %)
4
(0.00 %)
181,323
(1.65 %)
34,725
(2.57 %)
30,691
(1.68 %)
15 flier cichlid
GCA_007364275.2
n/a n/a 15,435
(2.15 %)
26,443
(5.90 %)
n/a 41.23
(98.19 %)
0
(0 %)
744
(1.81 %)
189
(100.00 %)
1,014,138
(16.95 %)
287,037
(2.21 %)
5,305,987
(30.67 %)
0
(0 %)
227,443
(2.84 %)
24,130
(1.26 %)
11,082
(0.48 %)
16 Gabon caecilian
GCA_902459505.1
n/a n/a 14,264
(0.51 %)
30,710
(1.49 %)
n/a 43.24
(99.85 %)
0
(0 %)
433
(0.15 %)
163
(100.00 %)
1,311,110
(1.64 %)
1,364,596
(3.83 %)
19,589,738
(52.85 %)
3
(0.00 %)
1,183,011
(2.68 %)
270,923
(4.52 %)
38,622
(0.50 %)
17 golden eagle (2019)
GCF_900496995.1
55,164
(5.86 %)
n/a 13,204
(1.86 %)
17,250
(2.40 %)
26,055
(3.22 %)
42.11
(99.61 %)
0
(0 %)
191
(0.39 %)
142
(100.00 %)
528,354
(5.71 %)
180,990
(0.79 %)
7,005,531
(19.25 %)
1
(0.00 %)
53,056
(0.51 %)
37,343
(3.12 %)
34,701
(1.97 %)
18 greater horseshoe bat
GCF_004115265.1
53,352
(3.13 %)
n/a 18,648
(1.96 %)
20,392
(1.68 %)
36,525
(2.28 %)
40.54
(99.64 %)
0
(0 %)
158
(0.36 %)
134
(100.00 %)
3,232,363
(34.57 %)
564,789
(1.35 %)
12,217,020
(29.39 %)
0
(0 %)
171,202
(0.67 %)
32,445
(1.06 %)
30,647
(0.98 %)
19 greater pipefish
GCA_901709675.1
n/a n/a 13,483
(5.26 %)
28,626
(12.15 %)
n/a 43.46
(100.00 %)
0
(0 %)
43
(0.00 %)
87
(100.00 %)
193,439
(3.05 %)
125,716
(4.25 %)
1,676,004
(25.93 %)
0
(0 %)
112,918
(3.25 %)
46,327
(10.97 %)
32,897
(5.93 %)
20 green sea turtle (v1 2020)
GCF_015237465.1
56,917
(3.63 %)
n/a 14,729
(1.06 %)
17,439
(1.56 %)
n/a 44.01
(99.44 %)
0
(0 %)
294
(0.56 %)
99
(100.00 %)
1,641,730
(15.08 %)
304,356
(1.25 %)
11,136,918
(31.96 %)
0
(0 %)
429,794
(1.68 %)
49,035
(1.44 %)
26,943
(0.68 %)
21 kakapo
GCA_004027225.2
n/a n/a 13,101
(1.92 %)
17,782
(2.51 %)
n/a 41.97
(99.08 %)
0
(0 %)
373
(0.92 %)
90
(100.00 %)
507,069
(7.85 %)
208,180
(1.08 %)
6,258,178
(20.50 %)
0
(0 %)
165,532
(1.34 %)
22,279
(1.79 %)
19,230
(1.21 %)
22 Korean giant-fin mudskipper (genbank)
GCA_009829125.1
n/a n/a 14,249
(2.37 %)
25,908
(5.85 %)
n/a 40.22
(99.05 %)
0
(0 %)
700
(0.95 %)
124
(100.00 %)
423,335
(4.48 %)
551,472
(7.22 %)
4,887,148
(38.97 %)
5
(0.00 %)
523,224
(4.75 %)
37,287
(2.58 %)
18,380
(0.95 %)
23 leatherback sea turtle (v1 2019 genbank G10K VGP)
GCA_009764565.1
n/a n/a 14,579
(1.03 %)
16,750
(1.48 %)
n/a 43.36
(99.74 %)
0
(0 %)
558
(0.26 %)
55
(100.00 %)
1,631,920
(15.09 %)
303,440
(1.14 %)
11,122,938
(34.12 %)
1
(0.00 %)
664,232
(2.49 %)
35,505
(1.37 %)
19,641
(0.51 %)
24 leatherback sea turtle (v3 2020 refseq G10K VGP)
GCF_009764565.2
62,576
(3.50 %)
n/a 14,610
(1.03 %)
16,359
(1.45 %)
n/a 43.35
(99.74 %)
0
(0 %)
667
(0.26 %)
40
(100.00 %)
1,637,236
(15.13 %)
304,730
(1.14 %)
11,121,967
(34.21 %)
3
(0.00 %)
670,755
(2.51 %)
35,485
(1.36 %)
19,615
(0.51 %)
25 lumpfish (genbank)
GCA_009769545.1
n/a n/a 14,759
(3.32 %)
31,519
(7.89 %)
52,794
(8.34 %)
42.83
(98.22 %)
0
(0 %)
347
(1.78 %)
49
(100.00 %)
478,413
(6.02 %)
421,634
(11.07 %)
2,928,668
(27.98 %)
1
(0.00 %)
655,785
(6.31 %)
53,323
(5.09 %)
32,724
(2.40 %)
26 mute swan (2019)
GCA_009769625.1
n/a n/a 12,963
(1.97 %)
16,107
(2.42 %)
n/a 41.92
(99.06 %)
0
(0 %)
446
(0.94 %)
181
(100.00 %)
688,717
(7.65 %)
301,358
(1.34 %)
6,775,217
(21.21 %)
1
(0.00 %)
78,646
(0.75 %)
31,250
(3.03 %)
29,996
(2.02 %)
27 New Zealand spotty (genbank)
GCA_009762535.1
n/a n/a 14,621
(2.22 %)
23,355
(5.18 %)
n/a 40.86
(98.32 %)
0
(0 %)
1,135
(1.69 %)
468
(100.00 %)
519,321
(4.65 %)
393,329
(5.54 %)
4,522,265
(33.34 %)
4
(0.00 %)
548,987
(4.42 %)
18,302
(0.85 %)
8,002
(0.35 %)
28 northern pike
GCA_011004845.1
n/a n/a 16,628
(2.41 %)
26,450
(5.50 %)
n/a 42.22
(99.89 %)
0
(0 %)
112
(0.11 %)
53
(100.00 %)
1,039,518
(30.93 %)
524,708
(7.32 %)
4,691,094
(32.91 %)
1
(0.00 %)
602,569
(4.43 %)
42,910
(2.52 %)
22,099
(1.02 %)
29 pale spear-nosed bat
GCF_004126475.1
35,529
(2.39 %)
33,912
(2.35 %)
18,193
(1.69 %)
20,427
(1.67 %)
n/a 42.38
(98.92 %)
0
(0 %)
831
(1.08 %)
141
(100.00 %)
3,000,874
(29.59 %)
385,608
(0.80 %)
12,060,365
(30.47 %)
1
(0.00 %)
173,548
(0.73 %)
64,065
(3.55 %)
66,790
(3.33 %)
30 platypus (v3 2020)
GCA_004115215.3
n/a n/a 14,790
(1.26 %)
19,367
(1.68 %)
n/a 46.14
(99.18 %)
0
(0 %)
515
(0.82 %)
322
(100.00 %)
5,101,300
(51.62 %)
578,617
(2.89 %)
9,113,847
(48.93 %)
0
(0 %)
1,130,252
(3.59 %)
87,796
(6.47 %)
74,107
(2.86 %)
31 prehistoric monster fish
GCA_902500255.1
n/a n/a 14,667
(0.76 %)
31,672
(2.47 %)
n/a 41.99
(99.49 %)
0
(0 %)
2,554
(0.51 %)
464
(100.00 %)
1,311,128
(2.79 %)
786,401
(3.65 %)
9,901,286
(59.90 %)
3
(0.00 %)
1,746,915
(7.91 %)
172,199
(5.45 %)
18,080
(0.31 %)
32 Siamese fighting fish (2019)
GCF_900634795.2
54,389
(16.95 %)
53,744
(16.42 %)
14,751
(4.20 %)
56,791
(10.87 %)
62,753
(13.02 %)
45.30
(99.99 %)
0
(0 %)
328
(0.01 %)
70
(100.00 %)
255,553
(3.51 %)
184,269
(4.62 %)
2,010,934
(23.88 %)
0
(0 %)
232,426
(4.41 %)
72,126
(13.08 %)
55,959
(7.25 %)
33 Swainson's thrush (v1 2019 VGP)
GCF_009819885.1
40,128
(5.45 %)
n/a 13,005
(1.87 %)
18,005
(2.60 %)
30,197
(2.94 %)
42.48
(98.86 %)
0
(0 %)
428
(1.14 %)
161
(100.00 %)
493,073
(5.80 %)
589,859
(4.32 %)
6,708,638
(22.44 %)
1
(0.00 %)
449,585
(2.41 %)
49,404
(3.53 %)
22,206
(1.16 %)
34 thorny skate (genbank 2020)
GCA_010909765.1
n/a n/a 11,443
(0.60 %)
26,743
(1.75 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
0
(0 %)
3,753
(7.46 %)
958
(100.00 %)
866,595
(2.58 %)
1,176,350
(3.79 %)
9,964,083
(52.25 %)
26
(0.00 %)
1,634,606
(4.98 %)
242,676
(4.73 %)
31,030
(0.57 %)
35 thorny skate (v1 2020)
GCF_010909765.1
45,969
(2.40 %)
n/a 11,443
(0.60 %)
26,742
(1.75 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
0
(0 %)
3,753
(7.46 %)
957
(100.00 %)
888,163
(2.58 %)
1,176,348
(3.79 %)
9,964,038
(52.25 %)
26
(0.00 %)
1,634,606
(4.98 %)
242,676
(4.73 %)
31,030
(0.57 %)
36 zebra finch (genbank 2020 Blue55 female)
GCA_009859065.2
n/a n/a 12,787
(1.92 %)
18,164
(2.63 %)
n/a 41.91
(98.03 %)
0
(0 %)
789
(1.97 %)
541
(100.00 %)
554,335
(9.67 %)
339,851
(2.27 %)
6,613,146
(20.04 %)
1
(0.00 %)
220,583
(1.45 %)
28,678
(2.32 %)
22,455
(1.18 %)
37 zebra finch (refseq 2019 Black17 male)
GCF_003957565.1
51,472
(7.16 %)
46,022
(6.22 %)
13,210
(2.01 %)
25,575
(2.63 %)
38,869
(7.10 %)
42.04
(99.78 %)
0
(0 %)
312
(0.22 %)
135
(100.00 %)
545,004
(8.45 %)
550,118
(4.01 %)
6,519,872
(21.47 %)
1
(0.00 %)
381,676
(2.04 %)
30,053
(2.56 %)
22,898
(1.24 %)
38 zebra finch (genbank 2019 Black17 male)
GCA_003957565.2
n/a n/a 13,209
(2.01 %)
18,119
(2.76 %)
38,869
(7.10 %)
42.04
(99.78 %)
0
(0 %)
312
(0.22 %)
135
(100.00 %)
535,518
(8.50 %)
550,118
(4.01 %)
6,519,872
(21.47 %)
1
(0.00 %)
381,676
(2.04 %)
30,053
(2.56 %)
22,898
(1.24 %)
TOTALS:total assembly count 38

Alternate sets of VGP assembliesNCBI Refseq
Index pages:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Assembly statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Track statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies